A-forma
A-DNA, nebo také A-forma, je jedna z mnoha možných dvoušroubovicových struktur nukleových kyselin zaujímaná DNA nebo RNA. S nejhojnějším typem helikálního uspořádání - tzv. B-DNA - ji spojuje pravotočivé uspořádání, naopak se liší širším a poněkud více plochým tvarem. Vyznačuje se např. tím, že v jednom závitu je 11 bází, přičemž ty svírají s rovinou dvoušroubovice úhel 20 stupňů. Uvnitř dvoušroubovice vzniká poměrně výrazná axiální dutina.[1]
Voet uvádí, že není zcela jisté, zda se A-DNA vyskytuje za normálních okolností v živých buňkách.[1] Minimálně dvouvláknová RNA a také hybridní DNA/RNA helix však zaujímají A-formu dvoušroubovice, které je velmi podobná A-DNA.[2] Co se týče dvoušroubovice A-DNA, zřejmě v této konformaci existuje většina oligonukleotidů o délce menší než 10 párů bází, což jsou na buňku neobvykle malé a spíše vzácné molekuly.[1] Lokální přeměny z B-DNA na A-DNA však pravděpodobně probíhají i v rámci dlouhých DNA molekul tvořících genomy organismů.[3] A-DNA by mohla např. vznikat v TATA oblasti navázáním transkripčního faktoru TBP[4] či u bakterií pomocí tzv. SASP proteinů.[1] Kompletní přechod z B-DNA na A-DNA nicméně probíhá při poměrně extrémních podmínkách, jako je např. 75% relativní obsah vody.[1]
| Atribut | A-DNA | B-DNA | Z-DNA |
| Točivá tendence šroubovice (chiralita) | pravotočivá | pravotočivá | levotočivá |
| Opakování | po každém páru | po každém páru | po každých dvou párech |
| Otočení po každém opakování | 32,7° | 34,3° | -60°/2 páry |
| Průměrný počet párů na jedno otočení šroubovice | 11 | 10,5 | 12 |
| Sklon páru k ose | 20° | −1,2° | -9° |
| Vzestup vůči ose na jeden pár | 2,3 Å (0,25 nm) | 3,32 Å (0,34 nm) | 3,8 Å (0,37 nm) |
| Vzestup vůči ose na jednu otočku | 28,2 Å (2,82 nm) | 33,2 Å (3,32 nm) | 45,6 Å (4,56 nm) |
| Průměr | 23 Å (2,3 nm) | 20 Å (2,0 nm) | 18 Å (1,8 nm) |
| Konformace nukleosidu | anti | anti | C: anti, G: syn |
| Konformace ribofuranózy | C3'-endo | C2'-endo | C: C2'-endo, G: C3'-endo |
Odkazy
Reference
- ↑ a b c d e VOET, Donald; VOET, Judith. Biochemie. 1.. vyd. Praha: Victoria Publishing, 1995. ISBN 80-85605-44-9.
- ↑ NOLAN, Jim. DNA Structure [online]. Dostupné online.
- ↑ DUKE, Tom, et al. Multiple aspects of DNA and RNA: from Biophysics to Bioinformatics. Příprava vydání Didier Chatenay, et al. [s.l.]: Elsevier, 2005. ISBN 0-444-52081-3.
- ↑ VARGASON, J. M.; HENDERSON, K.; HO, P. S. A crystallographic map of the transition from B-DNA to A-DNA. Proc Natl Acad Sci U S A.. 2001, roč. 98, čís. 13, s. 7265–70. Dostupné online. ISSN 0027-8424.
Související články
Externí odkazy
Obrázky, zvuky či videa k tématu A-DNA na Wikimedia Commons
Média použitá na této stránce
(c) Zephyris from en.wikipedia.org, CC BY-SA 3.0
A-DNA orbit animated
(c) Zephyris, CC BY-SA 3.0
From left to right, the structures of A-, B- and Z-DNA. The structure a DNA molecule depends on its environment. In aqueous enviromnents, including the majority of DNA in a cell, B-DNA is the most common structure. The A-DNA structure is dominates in dehydrated samples and is similar to the double-stranded RNA and DNA/RNA hybrids. Z-DNA is a rarer structure found in DNA bound to certain proteins.