Acidobacteria

Acidobacteria
	Acidobacterium
Vědecká klasifikace
Doména	bakterie (Bacteria);
Kmen	Acidobacteria;
Řád	Acidobacteriales;
Čeleď	Acidobacteriaceae;
Rody
	Acidobacterium; Acidicapsa; Edaphobacter; Geothrix; Granulicella; Holophaga; Chloracidobacterium; Terriglobus
	Některá data mohou pocházet z datové položky.

Acidobacteria, podle nového názvosloví Acidobacteriota,^[1]^[2] je kmen bakterií.^[3]^[4] Jak naznačuje jméno, jsou především acidofilní (žijí v kyselém prostředí). Tento kmen byl popsán teprve v roce 1997 ^[5] a první genom byl osekvenován v roce 2007. ^[6] Díky náročné kultivaci zástupců Acidobacteria nebylo získáno větší množství izolovaných druhů i přesto, že se jedná o diverzní kmen. V roce 2016 bylo popsáno 23 typových druhů v taxonomických podskupinách GP 1, 3, 4, 8, 10, 23.^[7] Genomová analýza naznačuje jejich význam při rozkladu uhlíkatých sloučenin a význam v cyklu dusíku.^[8]

Zdá se však, že acidobakterie mají významnou roli v nejrůznějších ekosystémech, ve kterých se vyskytují ve vyšších počtech. Jedná se např. o půdu ^[9] nebo rozkládající se dřevo.^[10]

Druh acidobakterie Silvibacterium bohemicum pocházející ze Šumavy byl popsán v Česku.^[11]

Externí odkazy

Obrázky, zvuky či videa k tématu Acidobacteria na Wikimedia Commons

(anglicky)Genom acidobakterie Acidobacteria bacterium Ellin345
(anglicky)Článek na Science Daily
(anglicky)Článek v Scientific American

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku Acidobacteria na anglické Wikipedii.

↑ OREN, Aharon; GARRITY, George M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-10-20 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 10. DOI 10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. (anglicky)
↑ LPSN. Domain Bacteria. Dostupné online (anglicky)
↑ Barns SM, Cain EC, Sommerville L, Kuske CR. Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. Appl. Environ. Microbiol.. 2007, čís. 9, s. 3113–6. Dostupné online.
↑ Quaiser A, Ochsenreiter T, Lanz C, et al. Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. Mol. Microbiol.. 2003, roč. 50, čís. 2, s. 563–75.
↑ Kuske CR, Barns SM, Busch JD. Appl. Environ. Microbiol.. 1997, roč. 63, čís. 9, s. 3614–21. Dostupné online.
↑ WARD, Naomi L.; CHALLACOMBE, Jean F.; JANSSEN, Peter H. Three Genomes from the Phylum Acidobacteria Provide Insight into the Lifestyles of These Microorganisms in Soils. Applied and Environmental Microbiology. 2009-02-05, roč. 75, čís. 7, s. 2046–2056. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 0099-2240. DOI 10.1128/aem.02294-08.
↑ KIELAK, Anna M.; BARRETO, Cristine C.; KOWALCHUK, George A. The Ecology of Acidobacteria: Moving beyond Genes and Genomes. Frontiers in Microbiology. 2016-05-31, roč. 7. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1664-302X. DOI 10.3389/fmicb.2016.00744. PMID 27303369.
↑ EICHORST, Stephanie A.; TROJAN, Daniela; ROUX, Simon. Genomic insights into the Acidobacteria reveal strategies for their success in terrestrial environments: Genomic insights into acidobacteria. Environmental Microbiology. 2018-03, roč. 20, čís. 3, s. 1041–1063. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. DOI 10.1111/1462-2920.14043. PMID 29327410. (anglicky)
↑ SAIT, Michelle; HUGENHOLTZ, Philip; JANSSEN, Peter H. Cultivation of globally distributed soil bacteria from phylogenetic lineages previously only detected in cultivation-independent surveys. Environmental Microbiology. 2002-12-09, roč. 4, čís. 11, s. 654–666. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1462-2912. DOI 10.1046/j.1462-2920.2002.00352.x.
↑ KULICHEVSKAYA, Irina S.; KOSTINA, Lilia A.; VALÁŠKOVÁ, Vendula. Acidicapsa borealis gen. nov., sp. nov. and Acidicapsa ligni sp. nov., subdivision 1 Acidobacteria from Sphagnum peat and decaying wood. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2012-07-01, roč. 62, čís. Pt_7, s. 1512–1520. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1466-5026. DOI 10.1099/ijs.0.034819-0. (anglicky)
↑ LLADÓ, Salvador; BENADA, Oldrich; CAJTHAML, Tomáš. Silvibacterium bohemicum gen. nov. sp. nov., an acidobacterium isolated from coniferous soil in the Bohemian Forest National Park. Systematic and Applied Microbiology. 2016-02, roč. 39, čís. 1, s. 14–19. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. DOI 10.1016/j.syapm.2015.12.005. (anglicky)

[Oren_2021a-1] OREN, Aharon; GARRITY, George M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-10-20 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 10. DOI 10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. (anglicky)

[2] LPSN. Domain Bacteria. Dostupné online (anglicky)

[3] Barns SM, Cain EC, Sommerville L, Kuske CR. Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. Appl. Environ. Microbiol.. 2007, čís. 9, s. 3113–6. Dostupné online.

[Quaiser-4] Quaiser A, Ochsenreiter T, Lanz C, et al. Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. Mol. Microbiol.. 2003, roč. 50, čís. 2, s. 563–75.

[5] Kuske CR, Barns SM, Busch JD. Appl. Environ. Microbiol.. 1997, roč. 63, čís. 9, s. 3614–21. Dostupné online.

[6] WARD, Naomi L.; CHALLACOMBE, Jean F.; JANSSEN, Peter H. Three Genomes from the Phylum Acidobacteria Provide Insight into the Lifestyles of These Microorganisms in Soils. Applied and Environmental Microbiology. 2009-02-05, roč. 75, čís. 7, s. 2046–2056. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 0099-2240. DOI 10.1128/aem.02294-08.

[7] KIELAK, Anna M.; BARRETO, Cristine C.; KOWALCHUK, George A. The Ecology of Acidobacteria: Moving beyond Genes and Genomes. Frontiers in Microbiology. 2016-05-31, roč. 7. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1664-302X. DOI 10.3389/fmicb.2016.00744. PMID 27303369.

[8] EICHORST, Stephanie A.; TROJAN, Daniela; ROUX, Simon. Genomic insights into the Acidobacteria reveal strategies for their success in terrestrial environments: Genomic insights into acidobacteria. Environmental Microbiology. 2018-03, roč. 20, čís. 3, s. 1041–1063. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. DOI 10.1111/1462-2920.14043. PMID 29327410. (anglicky)

[9] SAIT, Michelle; HUGENHOLTZ, Philip; JANSSEN, Peter H. Cultivation of globally distributed soil bacteria from phylogenetic lineages previously only detected in cultivation-independent surveys. Environmental Microbiology. 2002-12-09, roč. 4, čís. 11, s. 654–666. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1462-2912. DOI 10.1046/j.1462-2920.2002.00352.x.

[10] KULICHEVSKAYA, Irina S.; KOSTINA, Lilia A.; VALÁŠKOVÁ, Vendula. Acidicapsa borealis gen. nov., sp. nov. and Acidicapsa ligni sp. nov., subdivision 1 Acidobacteria from Sphagnum peat and decaying wood. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2012-07-01, roč. 62, čís. Pt_7, s. 1512–1520. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. ISSN 1466-5026. DOI 10.1099/ijs.0.034819-0. (anglicky)

[11] LLADÓ, Salvador; BENADA, Oldrich; CAJTHAML, Tomáš. Silvibacterium bohemicum gen. nov. sp. nov., an acidobacterium isolated from coniferous soil in the Bohemian Forest National Park. Systematic and Applied Microbiology. 2016-02, roč. 39, čís. 1, s. 14–19. Dostupné online [cit. 2021-01-10]. DOI 10.1016/j.syapm.2015.12.005. (anglicky)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

Navigation

Navigace

Tématické portály

Acidobacteria

Externí odkazy

Reference

Média použitá na této stránce