Bioconductor
| Aktuální verze | 3.6 (31. října 2017) |
|---|---|
| Operační systém | Linux, macOS, Windows |
| Vyvíjeno v | R |
| Typ softwaru | Bioinformatický analytický nástroj |
| Licence | Artistic License 2.0 |
| Web | www |
| Některá data mohou pocházet z datové položky. | |
Bioconductor je bioinformatický software vyvinutý pro analýzu velkoobjemových genomických dat. Jedná se o nástavbu využívající programovací jazyk R, která je, stejně jako R, open-source s možností vytvoření vlastních uživatelsky specifických balíčků (packages), kterých bylo (k únoru 2018) dostupných celkem 1473. Každý rok vychází dvě nové verze Bioconductoru, na kterých spolupracuje široká uživatelská komunita[1].
Využití
K nejčastějšímu využití softwaru Bioconductor patří analýza genové exprese (microarray), manipulace s DNA a RNA sekvenčními daty (např. anotace, variant calling), vyhodnocování dat z průtokové cytometrie, dále se využívá i v epigenetice (metylace, vazba transkripčních faktorů) nebo proteomice s důrazem na možnosti zpracování velkého množství dat získaného např. sekvenováním nové generace nebo již zmíněnou průtokovou cytometrií[2].
Dokumentace a workflow
Kromě dokumentace s popisem funkcí jednotlivých balíčků existuje ke každému z nich také soubor s příklady k vyzkoušení. Dokumentace i testovací soubor jsou umístěné ve složce „doc“ daného balíčku[3]. K nejčastěji využívaným analýzám byla vytvořena specifická workflow – metodický postup provádějící uživatele analýzou dat od jejich importování až po finální výsledky s využitím vhodných balíčků Bioconductoru[2]. Některé postupy jsou dokonce zveřejněné ve formě videí na portálu YouTube[4]. Další manuály a možnosti využití softwaru Bioconductor jsou zveřejněny např. na stránkách Kalifornské univerzity[5] nebo laboratoře EMBL[6]. V případě problémů je možné také využít stránky poskytující uživatelskou podporu projektu[7].
Balíčky
Většina komponent softwaru Bioconductor sestává z bioinformatických balíčků pro programovací jazyk R uchovávaných na vlastním repozitáři[1]. Balíčky se specializují na práci s velkým množstvím biologických dat, typicky genomických nebo microarray dat. Oproti R má Bioconductor vlastní metodu pro stahování balíčků – používají se příkazy:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("název balíčku"))
místo příkazu využívaného v programu R:
install.packages("název balíčku")
Související články
Reference
- ↑ a b Bioconductor - Home. www.bioconductor.org [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ a b Bioconductor - Workflows. www.bioconductor.org [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ Bioconductor - Package Vignettes. www.bioconductor.org [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ Bioconductor. YouTube [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné online.
- ↑ R & Bioconductor - Manuals. manuals.bioinformatics.ucr.edu [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2018-02-25.
- ↑ Bioconductor packages for short read analysis- An Overview. EMBL-EBI Train online. 2011-12-06. Dostupné online [cit. 2018-02-27]. (anglicky)
- ↑ Latest Posts. support.bioconductor.org [online]. [cit. 2018-02-27]. Dostupné online. (anglicky)