ChemSpider

ChemSpider
Charakter stránkychemická databáze, biologická databáze a data library
MajitelRoyal Society of Chemistry
URLwww.chemspider.com
Datum spuštěníúnor 2007
Některá data mohou pocházet z datové položky.

ChemSpider je chemická databáze spravovaná Královskou společností chemie.

Databáze

Databáze obsahuje více než 100 milionů molekul společně s jejich vlastnostmi z více než 270 zdrojů,[1] mezi které patří například FDA, Web of Science, NIH, EPA a jiné.

Každá chemická látka má jedinečný identifikátor, který tvoří součást URL záznamu. Například kofein má ID rovno 2424, a má tedy URL: http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.2424.html.

Přispívání do databáze

Uživatelé mohou do databáze vkládat například chemické struktury, ale i jiná data, jako jsou spektra, vlastnosti látek nebo prodejci. Rovněž jsou uživatele vedeni k přidávání nebo doplňování referencí. Jedná se tedy o crowdsourcingové pojetí vývoje chemické databáze. Tento přístup dal za vznik rozsáhlému slovníku zahrnující chemické názvy a chemické struktury. To lze využít například pro text-mining v biomedicínské a chemické literatuře.[2]

I přes otevřený přístup databáze se tvůrci nezříkávají práv. Přímý výpis dat není k dispozici, v často kladených otázkách je dokonce uvedeno, že je povoleno pouze omezené stahování.[3] Projekt tedy není ryze open-sourcový.

Vyhledávání

Pro hledání v databázi jsou k dispozici dva základní přístupy:

  • Základní vyhledávání umožňuje dotazování na systematické, triviální a alternativní (např. obchodní) názvy chemikální, společně s registračními čísly látek.
  • Pokročilé vyhledávání zpřístupňuje interaktivní hledání podle chemické struktury, substruktury, vzorce, molární hmotnosti, dodavatelů atd. Vyhledávání lze dodatečně použít k rozšíření nebo omezení již nalezených běžných výsledků.

Značkování chemických dokumentů

Databáze ChemSpider se využívá v kombinaci s dolováním textu jako základ pro mark-upování chemických dokumentů. Systém ChemMantis algoritmicky identifikuje chemické názvy z webových dokumentů a stránek, a převádí názvy látek na chemické struktury pomocí slovníkového vyhledávání v této databázi. Výsledkem je potom systém zajišťující vazbu mezi chemickými dokumenty a vyhledáváním informací ve zdrojích zahrnutých v ChemSpideru.

Historie

ChemSpider byl poprvé spuštěn v beta verzi v březnu 2007 pod vlastnictvím soukromé organizace ChemZoo Incorporated. O rok později byl nasazen oficiálně. V květnu roku 2009 ChemSpider odkoupila Královská chemická společnost (anglicky Royal Society of Chemistry).[4]

Odkazy

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku ChemSpider na anglické Wikipedii.

  1. ↑ chemspider.com. Data sources [online]. [cit. 2024-02-19]. Dostupné online. 
  2. ↑ HETTNE, Kristina M; WILLIAMS, Antony J; VAN MULLIGEN, Erik M. Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining. Journal of Cheminformatics. 2010-12, roč. 2, čís. 1. Dostupné online [cit. 2024-02-19]. ISSN 1758-2946. DOI 10.1186/1758-2946-2-3. PMID 20331846. (anglicky) 
  3. ↑ Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database? [online]. [cit. 2022-11-15]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2015-09-24. (anglicky) 
  4. ↑ RSC acquires ChemSpider. Royal Society of Chemistry [online]. [cit. 2022-11-27]. Dostupné online. (anglicky) 

Související články

Externí odkazy