Doména (protein)

SH2 doména, typický příklad strukturní domény proteinů

Doména je strukturní část proteinu, definovaná na základě stability a soudržnosti, přítomnosti hydrofobního jádra a schopnosti zaujmout konkrétní tvar nezávisle na zbytku proteinu.[1] Jedná se o základní stavební složku proteinů – ty jsou často vystavěny právě z řady strukturních domén spojených méně uspořádanými ohebnými oblastmi.[2] Doménám je často možno přiřadit konkrétní funkci či vazebnou schopnost, ale jedna doména může v různých proteinech fungovat v poměrně rozmanitém kontextu.[3]

Vznikly rozsáhlé databáze proteinových domén, standardem jsou SCOP (Structural Classification of Proteins) a CATH (Class, Architecture, Topology, Homology).[4] Existují i aplikace umožňující předpovědět přítomnost konkrétních domén na základě aminokyselinové sekvence proteinu.[5]

Reference

  1. ↑ VERETNIK, Stella; GU, Jenny; WODAK, Shoshana. Structural Bioinformatics [online]. Příprava vydání Jenny Gu and Philip E. Bourne. 2. vyd. John Wiley & Sons, 2009 [cit. 2014-10-16]. Kapitola IDENTIFYING STRUCTURAL DOMAINS IN PROTEINS. Dostupné online. 
  2. ↑ Oxford dictionary of biochemistry and molecular biology; revised edition. Příprava vydání R. Cammack et al. New York: Oxford university press, 2006. ISBN 0-19-852917-1. 
  3. ↑ What are protein domains? [online]. EMBL-EBI [cit. 2014-10-16]. Dostupné online. 
  4. ↑ SCHAEFFER, R. D.; JONSSON, A. L.; SIMMS, A. M., et al. Generation of a consensus protein domain dictionary. Bioinformatics.. 2011, roč. 27, čís. 1, s. 46–54. Dostupné online. ISSN 1367-4811. 
  5. ↑ NCBI Conserved Domain Search [online]. NCBI [cit. 2014-10-16]. Dostupné online. 

Externí odkazy

Média použitá na této stránce

1lkkA SH2 domain.png
Autor: Original uploader was WillowW at en.wikipedia, Licence: CC BY-SA 3.0
Ribbon diagram of the SH2 domain from P56-Lck tyrosine kinase (PDB accession code 1lkk, chain A). Made with MOLMOL.