Městys Hengersberg byl založen v roce 997 opatem Gotthardem z Niederalteichu pod názvem Helmgeresberg.[2] V roce 1009 král Jindřich II. udělil opatství Niederaltaich právo zde pořádat trhy a zřídil celní a mýtní úřad. Avšak změna toku Dunaje v letech 1343 až 1353 snížila význam Hengersbergu jako místa pro vybírání cla a mýta.[2]
V roce 1430 mu vévoda Jindřich XVI. Bavorský přidal dva trhy, které později vzrostly na šest. Městys získal tržní práva, svobody a stal se sídlem ošetřovatelského úřadu. Během třicetileté války a války o rakouské dědictví utrpěl několik rabování a požárů (1513, 1796, 1823). V 19. století byl zřízen nový okresní soud, který fungoval do roku 1969. V Hengersbergu bylo roku 1913 vybudováno železniční spojení, které nyní slouží jako nákladní trať a část cyklostezky Dunaj-Ilz.