Iniciační faktor

IF-1, IF-2 a iniciační tRNA ve společném komplexu (E. coli), na základě dat získaných mj. pomocí kryo-EM

Iniciační faktory (IF, resp. eIF u eukaryot) jsou cytoplazmatické proteiny, které se účastní tzv. iniciační fáze translace, tzn. spouští začátek výroby bílkoviny na ribozomu.[1] Cílem iniciace je dostat do vzájemné blízkosti ribozomální podjednotky,iniciační tRNA (nesoucí methionin nebo formylnethionin) a AUG startkodon někde na začátku mRNA.[2]

Bakteriální IF

U bakterií se vyskytují tři základní iniciační faktory, IF-1, IF-2 a IF-3. IF-1 je bazický protein, který stimuluje zbylé dva iniciační faktory. IF-2 vzniká nejprve jako kyselý nestabilní protein (IF-2a), jenž je řízeně rozkládán na IF-2b. IF-2b váže GTP a chrání formylmethionin-tRNA před hydrolýzou, dále navozuje vazbu této tRNA do správného místa na 30S ribozomální podjednotce . Díky hydrolýze GTP na GDP se však také dále podílí na skládání obou podjednotek dohromady za vzniku bakteriálního ribozomu (70S). IF-3 se váže na prázdné ribozomy a způsobuje jejich disociaci na podjednotky, čímž zvyšuje dostupnost 30S podjednotek nutných pro iniciaci. Všechny tři iniciační faktory se tedy vážou na 30S podjednotku (poblíž 16S rRNA). Po navázání formylmethionin-tRNA se uvolní IF-3 a po připojení 50S podjednotky se uvolní i zbylé iniciační faktory.[1]

Eukaryotické IF

Eukaryotické organismy (např. lidé) mají nejméně deset iniciačních faktorů, označovaných zkratkou eIF.[3] Patří k nim eIF-1, eIF-2, eIF-3, eIF-4A, eIF-4B, eIF-4C, eIF-4D, eIF-5, Co.eIF-2 a cap vázající protein.[1] Z toho je zřejmé, že celý proces je poněkud komplikovanější. Již v úvodní fázi iniciace se váže na malou podjednotku faktor eIF-2a. Následně se další faktory vážou na poly(A) ocas na mRNA a posléze ji nasměrují k malé ribozomální podjednotce. K tomuto „preiniciačnímu“ komplexu se váže první tRNA na AUG startkodon a až tehdy se může přiložit i velká ribozomální podjednotka, což v podstatě znamená začátek elongace, další fáze translace.[2]

Reference

  1. ↑ a b c Oxford dictionary of biochemistry and molecular biology; revised edition. Příprava vydání R. Cammack et al. New York: Oxford university press, 2006. ISBN 0-19-852917-1. 
  2. ↑ a b POLLARD, Thomas D; EARNSHAW, William C. Cell Biology. 2. vyd. [s.l.]: Saunders, 2007. ISBN 1416022554. S. 928. 
  3. ↑ MURRAY, Robert K., Daryl K. Granner, Peter A. Mayes, Victor W. Rodwell. Harper's Illustrated Biochemistry. [s.l.]: Lange Medical Books/McGraw-Hill; Medical Publishing Division, 2003. ISBN 0-07-138901-6. 

Média použitá na této stránce

PDB 1zo1 EBI.jpg
Cartoon representation of the molecular structure of protein registered with 1zo1 code.