Klasifikace bakterií

Fylogenetický strom, který ukazuje bohatost současně známých bakteriálních linií (v horní části obrázku).[1].

Klasifikace bakterií prodělala v prvních dekádách 21. století zásadní změny. Genomickými analýzami byla odhalena velká diverzita stávajících skupin a popsáno či alespoň geneticky identifikováno mnoho nových bakteriálních linií, aniž by k nim ve většině případů byly kultivované vzorky.[2][3]

Úroveň kmene, do konce roku 2023 nejvyšší taxonomická úroveň v doméně Bacteria, se stala standardní taxonomickou úrovní dle Mezinárodní kód nomenklatury prokaryot[4][5] a v r. 2021 byla stanovena pro tuto úroveň jednotná přípona -ota. Současně s novými názvy se však v mikrobiologických publikacích nadále používají i názvy staré.

Na konci roku 2023 byla pro bakterie oficiálně navržena[pozn. 1] další vyšší taxonomická úroveň – říše (angl. kingdom, lat. regnum), pro kterou je stanovena jednotná přípona -ati.[6]

Seznam bakteriálních kmenů

Neexistuje závazné kritérium, podle kterého by daná bakteriální linie měla být postavena na taxonomickou úroveň kmene. Uváděnou pracovní definicí je, že bakteriální kmen je monofyletická linie bakterií, jejichž geny 16S rRNA sdílejí párovou sekvenční shodu v párech bazí ~ 75 % nebo méně vzhledem k zástupcům jiných bakteriálních kmenů. Odhaduje se, že existuje přibližně 1 300 takto definovaných bakteriálních kmenů.[7]

Seznam vychází z publikovaného přehledu nových názvů bakteriálních kmenů po stanovení jednotné přípony -ota.[8][9] Současná taxonomie nemůže pomíjet ani taxony bakteriálních linií, které nemají kultivované vzorky a jejichž úplný popis pro uznání oficiálního pojmenování podle názvoslovného kódu tak není možné. Takové taxony mají status „Candidatus“ a představují více než 70 % známých linií. Seznam kmenů je proto doplněn i o tyto kmeny, jejichž seznam byl publikován v r. 2023.[10]

Seznam je aktualizován ke květnu 2024 podle seznamu prokaryotních kmenů[11] databáze LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, která eviduje platně publikované popisy prokaryotických taxonů.[12]

Ke každému novému názvu kmene v souladu s platným názvoslovným kódem jsou uvedena i starší synonyma a používaná nevalidně publikovaná jména, a v předposledním sloupci i typový rod (u kmenů typu Candidatus se jedná o návrhy dle [10]).

Poté, co byla v r. 2023 pro prokaryota oficiálně navržena taxonomická úroveň říší[6] a na počátku r. 2024 navrženy první čtyři takové říše[13], jsou v posledním sloupci tabulky u příslušných kmenů uvedené navržené říše.

Doména Bacteria – seznam kmenů
Validní jménoSynonyma a nevalidně publikovaná jménaTypový rodŘíše (návrh)
Candidatus AbawacaibacteriotaAbawacabacteriaCandidatus Abawacaibacterium (návrh)
AbditibacteriotaAbditibacterium Tahon et al. 2018Pseudomonadati
Candidatus AbsconditibacteriotaAbsconditabacteriaCandidatus Absconditibacterium (návrh)
Candidatus AcetithermotaAcetothermiaCandidatus Acetithermum corrig. Takami et al. 2010
AcidobacteriotaAcidobacteriaAcidobacterium Kishimoto et al. 1991Pseudomonadati
ActinomycetotaActinobacteriaActinomyces Harz 1877Bacillati
Candidatus AdleribacteriotaAdlerbacteriaCandidatus Adleribacterium (návrh)
Candidatus AerophobotaAerophobetesCandidatus Aerophobus Rinke et al. 2013
Candidatus AltimarinotaGracilibacteriaCandidatus Altimarinus Rinke et al. 2013
Candidatus AmesiibacteriotaAmesbacteriaCandidatus Amesiibacterium (návrh)
Candidatus AminanaerobiotaAminanaerobiaCandidatus Aminanaerobium (návrh)
Candidatus AminicenantotaAminicenantesCandidatus Aminicenans Rinke et al. 2013
Candidatus AnderseniibacteriotaAndersenbacteriaCandidatus Anderseniibacterium (návrh)
AquificotaAquificae, ThermosulfidibacterotaAquifex Huber and Stetter 1992Pseudomonadati
ArmatimonadotaArmatimonadetesArmatimonas Tamaki et al. 2011Bacillati
AtribacterotaAtribacteriaAtribacter Katayama et al. 2021Pseudomonadati
Candidatus AuribacterotaCandidatus Auribacter Williams et al. 2022
Candidatus AurifodinibacteriotaAureabacteriaCandidatus Aurifodinibacterium (návrh)
Candidatus AzamiibacteriotaAzambacteriaCandidatus Azamiibacterium (návrh)
Candidatus BabelotaDependentiaeCandidatus Babela Cohen et al. 2011
BacillotaFirmicutes, ThermodesulfobiotaBacillus Cohn 1872Bacillati
BacteroidotaBacteroidetesBacteroides Castellani and Chalmers 1919Pseudomonadati
BalneolotaBalneolaeotaBalneola Urios et al. 2006.Pseudomonadati
Candidatus BeckwithiibacteriotaBeckwithbacteriaCandidatus Beckwithiibacterium (návrh)
Candidatus BerkeliibacteriotaBerkelbacteriaCandidatus Berkeliibacterium (návrh)
Candidatus BinatotaCandidatus Binatus Chuvochina et al. 2019
Candidatus BipolaricaulotaCandidatus Bipolaricaulis Hao et al. 2018
Candidatus BlackalliibacteriotaBlackallbacteriaCandidatus Blackalliibacterium (návrh)
Candidatus BlackburniibacteriotaBlackburnbacteriaCandidatus Blackburniibacterium (návrh)
Candidatus BrenneribacteriotaBrennerbacteriaCandidatus Brenneribacterium (návrh)
Candidatus BrowniibacteriotaBrownbacteriaCandidatus Browniibacterium (návrh)
Candidatus BuchananiibacteriotaBuchananbacteriaCandidatus Buchananiibacterium (návrh)
Candidatus CaldatribacteriotaCandidatus Caldatribacterium Dodsworth et al. 2013
Candidatus CaldipriscotaPyropristinusCandidatus Caldipriscus Colman et al. 2016
CaldisericotaCaldisericaCaldisericum Mori et al. 2009Pseudomonadati
CalditrichotaCalditrichaeotaCaldithrix Miroshnichenko et al. 2003Pseudomonadati
Candidatus CalescibacteriotaCalescamantesCandidatus Calescibacterium Rinke et al. 2013
Candidatus CampbelliibacteriotaCampbellbacteriaCandidatus Campbelliibacterium (návrh)
Candidatus CanglongiotaCandidatus Canglongia Zhang et al. 2022
Candidatus CloacimonadotaCloacimonetesCandidatus Cloacimonas corrig. Pelletier et al. 2008
Candidatus CoatesiibacteriotaCoatesbacteriaCandidatus Coatesiibacterium (návrh)
Candidatus CollieribacteriotaCollierbacteriaCandidatus Collieribacterium (návrh)
Candidatus ColwelliibacteriotaColwellbacteriaCandidatus Colwelliibacterium (návrh)
CoprothermobacterotaCoprothermobacter Rainey and Stackebrandt 1993Pseudomonadati
Candidatus CosmopoliotaCandidatus Cosmopolitia Zhang et al. 2023
Candidatus CryosericotaCandidatus Cryosericum Martinez et al. 2019
Cyanobacteriota Cyanobacteria, CyanophyceaeCyanobacterium Rippka and Cohen-Bazire 2022Bacillati
Candidatus CurtissiibacteriotaCurtissbacteriaCandidatus Curtissiibacterium (návrh)
Candidatus DadaibacteriotaDadabacteriaCandidatus Dadaibacterium (návrh)
Candidatus DaviesiibacteriotaDaviesbacteriaCandidatus Daviesiibacterium (návrh)
DeferribacterotaDeferribacteresDeferribacter Greene et al. 1997Pseudomonadati
Candidatus DeferrimicrobiotaCandidatus Deferrimicrobium Begmatov et al. 2022
DeinococcotaDeinococcus-ThermusDeinococcus Brooks and Murray 1981Thermotogati
Candidatus DelongiibacteriotaDelongbacteriaCandidatus Delongiibacterium (návrh)
Candidatus DelphinibacteriotaDelphibacteriaCandidatus Delphinibacterium (návrh)
Candidatus DesantisiibacteriotaDesantisbacteriaCandidatus Desantisiibacterium (návrh)
DictyoglomerotaDictyoglomi, DictyoglomotaDictyoglomus Saiki et al. 1985Pseudomonadati
Candidatus DojkaibacteriotaDojkabacteriaCandidatus Dojkaibacterium (návrh)
Candidatus DormiibacterotaDormibacteraeotaCandidatus Dormiibacter corrig. Ji et al. 2017
Candidatus DoudnaibacteriotaDoudnabacteriaCandidatus Doudnaibacterium (návrh)
Candidatus EdwardsiibacteriotaEdwardsbacteriaCandidatus Edwardsiibacterium (návrh)
Candidatus EiseniibacteriotaEisenbacteriaCandidatus Eiseniibacterium (návrh)
Candidatus ElectryoneotaCandidatus Electryonea Williams et al. 2022
Candidatus ElulimicrobiotaElulotaCandidatus Elulota Rodriguez-R et al. 2020
ElusimicrobiotaElusimicrobiaElusimicrobium Geissinger et al. 2010Pseudomonadati
Candidatus FalkowiibacteriotaFalkowbacteriaCandidatus Falkowiibacterium (návrh)
Candidatus FallacibacteriotaFertabacteriaCandidatus Fallacibacterium (návrh)
Candidatus FermentibacterotaFermentibacteriaCandidatus Fermentibacter Kirkegaard et al. 2016
Candidatus FervidibacterotaFervidibacteriaCandidatus Fervidibacter Rinke et al. 2013
FibrobacterotaFibrobacteresFibrobacter Montgomery et al. 1988Pseudomonadati
Candidatus FirestoneibacteriotaFirestonebacteriaCandidatus Firestoneibacterium (návrh)
Candidatus FischeribacteriotaFischerbacteriaCandidatus Fischeribacterium (návrh)
Candidatus FraseribacteriotaFraserbacteriaCandidatus Fraseribacterium (návrh)
FusobacteriotaFusobacteriaFusobacterium Knorr 1922Fusobacteriati
GemmatimonadotaGemmatimonadetesGemmatimonas Zhang et al. 2003Pseudomonadati
Candidatus GenasciibacteriotaGenascibacteriaCandidatus Genasciibacterium (návrh)
Candidatus GiovannoniibacteriotaGiovannonibacteriaCandidatus Giovannoniibacterium (návrh)
Candidatus GlassiibacteriotaGlassbacteriaCandidatus Glassiibacterium (návrh)
Candidatus GoldiibacteriotaGoldbacteriaCandidatus Goldiibacterium (návrh)
Candidatus GottesmaniibacteriotaGottesmanbacteriaCandidatus Gottesmaniibacterium (návrh)
Candidatus GribaldonibacteriotaGribaldobacteriaCandidatus Gribaldonibacterium (návrh)
Candidatus HalobacterotaCandidatus Halobacter (návrh)
Candidatus HandelsmaniibacteriotaHandelsmanbacteriaCandidatus Handelsmaniibacterim (návrh)
Candidatus HarrisoniibacteriotaHarrisonbacteriaCandidatus Harrisoniibacterium (návrh)
Candidatus HeilongiotaCandidatus Heilongia Zhang et al. 2022
Candidatus HinthialibacterotaCandidatus Hinthialibacter Williams et al. 2022
Candidatus HugiibacteriotaHugbacteriaCandidatus Hugiibacterium (návrh)
Candidatus HydrogenedentotaHydrogenedentesCandidatus Hydrogenedens Rinke et al. 2013
Candidatus HydrothermotaHydrothermaeCandidatus Hydrothermus Chuvochina et al. 2019
Candidatus ChisholmiibacteriotaChisholmbacteriaCandidatus Chisholmiibacterium (návrh)
ChlamydiotaChlamydiaeChlamydia Jones et al. 1945Pseudomonadati
ChlorobiotaChlorobi, IgnavibacteriotaChlorobium Nadson 1906Pseudomonadati
ChloroflexotaChloroflexiChloroflexus Pierson and Castenholz 1974Bacillati
ChrysiogenotaChrysiogenetesChrysiogenes Macy et al. 1996Pseudomonadati
Candidatus JacksoniibacteriotaJacksonbacteriaCandidatus Jacksoniibacterium (návrh)
Candidatus JoergenseniibacteriotaJorgensenbacteriaCandidatus Joergenseniibacterium (návrh)
Candidatus KaiseribacteriotaKaiserbacteriaCandidatus Kaiseribacterium (návrh)
Candidatus KapaibacteriotaKapabacteria, KapaibacteriaCandidatus Kapaibacterium corrig. Kantor et al. 2015
Candidatus KatanibacteriotaKatanobacteriaCandidatus Katanibacterium (návrh)
Candidatus KerfeldiibacteriotaKerfeldbacteriaCandidatus Kerfeldiibacterium (návrh)
KiritimatiellotaKiritimatiellaeotaKiritimatiella Spring et al. 2017Pseudomonadati
Candidatus KomeiliibacteriotaKomeilibacteriaCandidatus Komeiliibacterium (návrh)
Candidatus KrumholzibacteriotaCandidatus Krumholzibacterium Youssef et al. 2019
Candidatus KryptoniotaKryptoniaCandidatus Kryptonium Eloe-Fadrosh et al. 2016
Candidatus KueneniibacteriotaKuenenbacteriaCandidatus Kueneniibacterium (návrh)
Candidatus LatescibacterotaLatescibacteriaCandidatus Latescibacter Rinke et al. 2013
LentisphaerotaLentisphaeraeLentisphaera Cho et al. 2004Pseudomonadati
Candidatus LernaellotaCandidatus Lernaella Williams et al. 2022
Candidatus LevyibacteriotaLevybacteriaCandidatus Levyibacterium (návrh)
Candidatus LindowiibacteriotaLindowbacteriaCandidatus Lindowiibacterium (návrh)
Candidatus LiptoniibacteriotaLiptonbacteriaCandidatus Liptoniibacterium (návrh)
Candidatus LithacetigenotaCandidatus Lithacetigena Nobu et al. 2023
Candidatus LloydiibacteriotaLloydbacteriaCandidatus Lloydiibacterium (návrh)
Candidatus MacinerneyibacteriotaMcinerneyibacteriotaCandidatus Macinerneyibacterium corrig. Yadav et al. 2020
Candidatus MagasanikiibacteriotaMagasanikbacteriaCandidatus Magasanikiibacterium (návrh)
Candidatus MargulisiibacteriotaMargulisbacteriaCandidatus Margulisiibacterium (návrh)
Candidatus MelainobacteriotaMelainabacteriaCandidatus Melainobacterium (návrh)
Candidatus MethanomethylicotaVerstraetearchaeotaCandidatus Methanomethylicus Vanwonterghem et al. 2016
Candidatus MethylomirabilotaCandidatus Methylomirabilis Chuvochina et al. 2023
Candidatus MicrogenomatotaMicrogenomatesCandidatus Microgenomatus Rinke et al. 2013
Candidatus ModuliflexotaModulibacteriaCandidatus Moduliflexus Sekiguchi et al. 2015
Candidatus MoissliibacteriotaMoisslbacteriaCandidatus Moissliibacterium (návrh)
Candidatus MontesoliibacteriotaMontesolbacteriaCandidatus Montesoliibacterium (návrh)
Candidatus MoraniibacteriotaMoranbacteriaCandidatus Moraniibacterium (návrh)
Candidatus MuiribacteriotaMuirbacteriaCandidatus Muiribacterium Barnum et al. 2018
MycoplasmatotaTenericutesMycoplasma Nowak 1929Bacillati
Candidatus NealsoniibacteriotaNealsonbacteriaCandidatus Nealsoniibacterium (návrh)
Candidatus NeomarinimicrobiotaMarinimicrobiaCandidatus Neomarinimicrobium corrig. Rinke et al. 2013
Candidatus NitrosediminicolotaCandidatus Nitrosediminicola Zhao et al. 2024
NitrospinotaNitrospinaeNitrospina Watson and Waterbury 1971Pseudomonadati
NitrospirotaNitrospiraeNitrospira Watson et al. 1986Pseudomonadati
Candidatus NiyogiibacteriotaNiyogibacteriaCandidatus Niyogiibacterium (návrh)
Candidatus NomuraibacteriotaNomurabacteriaCandidatus Nomuraibacterium (návrh)
Candidatus OmnitrophotaOmnitrophicaCandidatus Omnitrophus Rinke et al. 2013
Candidatus PaceibacterotaPacebacteriaCandidatus Paceibacter Rinke et al. 2013
Candidatus ParcunitrobacterotaParcunitrobacteriaCandidatus Parcunitrobacter Castelle et al. 2017
Candidatus PeregrinibacteriotaPeregrinibacteriaCandidatus Peregrinibacterium (návrh)
PlanctomycetotaPlanctomycetesPlanctomyces Gimesi 1924Pseudomonadati
Candidatus PoribacteriotaPoribacteriaCandidatus Poribacterium (návrh)
Candidatus PortnoyibacteriotaPortnoybacteriaCandidatus Portnoyibacterium (návrh)
PseudomonadotaBdellovibrionota, Campylobacterota, Desulfobacterota, Epsilonbacteraeota, Myxococcota, ProteobacteriaPseudomonas Orla Jensen 1921Pseudomonadati
Candidatus QinglongiotaCandidatus Qinglongia Zhang et al. 2022
Candidatus RatteibacteriotaRatteibacteriaCandidatus Ratteibacterium (návrh)
Candidatus RaymondiibacteriotaRaymondbacteriaCandidatus Raymondiibacterium (návrh)
RhodothermotaRhodothermaeotaRhodothermus Alfredsson et al. 1995Pseudomonadati
Candidatus RifleibacteriotaRiflebacteriaCandidatus Rifleibacterium Kadnikov et al. 2020
Candidatus RoizmaniibacteriotaRoizmanbacteriaCandidatus Roizmaniibacterium (návrh)
Candidatus RokuibacteriotaRokubacteriaCandidatus Rokuibacterium (návrh)
Candidatus RyaniibacteriotaRyanbacteriaCandidatus Ryaniibacterium (návrh)
Candidatus SaccharimonadotaSaccharibacteriaCandidatus Saccharimonas Albertsen et al. 2013
Candidatus SaganiibacteriotaSaganbacteriaCandidatus Saganiibacterium (návrh)
Candidatus ShapironibacteriotaShapirobacteriaCandidatus Shapironibacterium (návrh)
Candidatus SchekmaniibacteriotaSchekmanbacteriaCandidatus Schekmaniibacterium (návrh)
Candidatus SpechtiibacteriotaSpechtbacteriaCandidatus Spechtiibacterium (návrh)
SpirochaetotaSpirochaetesSpirochaeta Ehrenberg 1835Pseudomonadati
Candidatus StahliibacteriotaStahlbacteriaCandidatus Stahliibacterium (návrh)
Candidatus StaskawicziibacteriotaStaskawiczbacteriaCandidatus Staskawicziibacterium (návrh)
Candidatus SumerlaeotaCandidatus Sumerlaea Kadnikov et al. 2010
Candidatus SungiibacteriotaSungbacteriaCandidatus Sungiibacterium (návrh)
SynergistotaSynergistetesSynergistes Allison et al. 1993Thermotogati
Candidatus TagaibacteriotaTagabacteriaCandidatus Tagaibacterium (návrh)
Candidatus TayloriibacteriotaTaylorbacteriaCandidatus Tayloriibacterium (návrh)
Candidatus TectimicrobiotaTectomicrobiaCandidatus Tectimicrobium (návrh)
Candidatus TerryibacteriotaTerrybacteriaCandidatus Terryibacterium (návrh)
ThermodesulfobacteriotaThermodesulfobacteria, DesulfobacterotaThermodesulfobacterium Zeikus et al. 1995Pseudomonadati
ThermomicrobiotaThermomicrobiaThermomicrobium Jackson et al. 1973Pseudomonadati
ThermotogotaThermotogaeThermotoga Stetter and Huber 1986Thermotogati
Candidatus TianyaibacteriotaTianyabacteriaCandidatus Tianyaibacterium corrig. Cui et al. 2021
Candidatus TorokiibacteriotaTorokbacteriaCandidatus Torokiibacterium (návrh)
Candidatus UhriibacteriotaUhrbacteriaCandidatus Uhriibacterium (návrh)
Candidatus VebleniibacteriotaVeblenbacteriaCandidatus Vebleniibacterium (návrh)
VerrucomicrobiotaVerrucomicrobiaVerrucomicrobium Schlesner 1988Pseudomonadati
Candidatus VogeliibacteriotaVogelbacteriaCandidatus Vogeliibacterium (návrh)
VulcanimicrobiotaEremiobacterota, EremiobacteraeotaVulcanimicrobium Yabe et al. 2023
Candidatus WalliibacteriotaWallbacteriaCandidatus Walliibacterium (návrh)
Candidatus WildermuthiibacteriotaWildermuthbacteriaCandidatus Wildermuthiibacterium (návrh)
Candidatus WirthibacterotaWirthbacteriaCandidatus Wirthibacter Probst et al. 2017
Candidatus WoeseibacteriotaWoesebacteriaCandidatus Woeseibacterium (návrh)
Candidatus WolfeibacteriotaWolfebacteriaCandidatus Wolfeibacterium (návrh)
Candidatus WoykeibacteriotaWoykebacteriaCandidatus Woykeibacterium (návrh)
Candidatus YanofskyibacteriotaYanofskybacteriaCandidatus Yanofskyibacterium (návrh)
Candidatus YonathiibacteriotaYonathbacteriaCandidatus Yonathiibacterium (návrh)
Candidatus ZambryskiibacteriotaZambryskibacteriaCandidatus Zambryskiibacterium (návrh)
Candidatus ZhurongbacterotaCandidatus Zhurongbacter Leng et al. 2023
Candidatus ZixiibacteriotaZixibacteriaCandidatus Zixiibacterium (návrh)


Fylogenetické stromy

Vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých kmenů lze zobrazit níže uvedeným fylogenetickým stromem. Jeho zdrojem je internetová databáze Genome Taxonomy Database (GTDB), která shrnuje údaje o sekvenovaných genomech všech prokaryot. Na rozdíl od výše uvedeného seznamu platných bakteriálních kmenů uvádí i taxony na úrovni kmene, které dosud nejsou oficiálně pojmenovány, pod pracovními názvy z jednotlivých fylogenomických analýz. Odpovídá stavu z dubna 2023, zahrnujícímu 161 bakteriálních kmenů;[14] aktuální seznam zahrnutých kmenů je zde. Jsou uvedeny i používané názvy linií vyšší úrovně než kmen, které neodpovídají názvoslovnému kódu a proto jsou uváděny v kolmých uvozovkách.

Bazální větvení

Bacteria

Chloroflexota

"Terrabacteria"

Dormibacterota

Armatimonadota

Eremiobacterota

Firmicutes (Bacillota s.l.)

Bacillota_E

Bacillota_G

Bacillota_F (Halanaerobiales, Halanaerobiaeota)

Bacillota_B (Desulfotomaculota)

Bacillota_C (Negativicutes, Selenobacteria)

Bacillota_A

Bacillota_D

Bacillota (s.s.)

Actinomycetota

"Cyanoprokaryota"

Margulisbacteria

Cyanobacteriota (vč. Melainabacteria)

"Thermotogida"
"Synergistetes"

Atribacterota

Synergistota

"Thermocalda"

Dictyoglomota

Thermodesulfobiota

Coprothermobacterota

Caldisericota

Thermotogota

"Fusobacterida"

Wallbacteria

Muirbacteria

Riflebacteria

Mcinerneyibacteriota

Fusobacteriota

Patescibacteria

Bipolaricaulota

Deinococcota

"Hydrobacteria"

Goldbacteria

Firestonebacteria

Elusimicrobiota

Desantisbacteria

Aerophobota

Auribacterota

Ratteibacteria

Omnitrophota

"Spirochaetobacteriobiontes"

Lindowbacteria

Dependentiae

Spirochaetota

"Planctobacteria"

Planctomycetota

Chlamydiota

Verrucomicrobiota

OLB16 (Hinthialibacterota)

Sumerlaeota

Poribacteria

Abyssobacteria

Hydrogenedentota

"skupina FCB"

"Proteobacteria"

"skupina FCB"

"skupina FCB"

RBG-13-66-14 (Coatesbacteria)

Fermentibacterota (Fermentibacteria)

Edwardsbacteria

Latescibacterota

Zixibacteria

Krumholzibacteriota

Eisenbacteria

Gemmatimonadota

WOR-3 (Hydrothermota)

Cloacimonadota

Fibrobacterota

Delongbacteria

AABM5-125-24 (Electryoneota)

Marinisomatota

Calditrichota

Bacteroidota

"Proteobacteria"

"Proteobacteria/Pseudomonadota s.l."

Acidobacteriota

"Deltabacteria"

SAR324 (Lambdaproteobacteria)

Bdellovibrionota

FEN-1099 (Lernaellota)

Desulfobacterota_B (Binatota)

Myxococcota

Desulfobacterota_C (Deferrisomatota)

Desulfobacterota_E (Deferrimicrobiota)

Moduliflexota (Modulibacteria)

Methylomirabilota

Schekmanbacteria

Tectomicrobia

Nitrospinota

Nitrospirota

Desulfobacterota_F(Desulfuromonadia)

Desulfobacterota

"Aquificida"

Desulfobacterota_D (Dadabacteria)

Calescibacterota (Calescamantes)

Desulfobacterota_G (Syntrophorhabdota)

SZUA-79 (Acidulidesulfobacterales, Acidulodesulfobacteriota)

Thermosulfidibacterota

Chrysiogenota

Deferribacterota

Aquificota

Campylobacterota

Nitrospirota_A (Leptospirillia, Leptospirillaeota)

Pseudomonadota (s.s.)

Poznámky

  1. návrh schválen ICSP, změna nomenklaturního kódu dosud neratifikována

Reference

  1. HUG, Laura A.; BAKER, Brett J.; ANANTHARAMAN, Karthik; BROWN, Christopher T.; PROBST, Alexander J.; CASTELLE, Cindy J.; BUTTERFIELD, Cristina N. A new view of the tree of life. Nature Microbiology [online]. 2016-04-11. Roč. 1, čís. 5. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/nmicrobiol.2016.48. PMID 27572647. (anglicky) 
  2. ANANTHARAMAN, Karthik; BROWN, Christopher T.; HUG, Laura A.; SHARON, Itai; CASTELLE, Cindy J.; PROBST, Alexander J.; THOMAS, Brian C. Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system. Nature Communications [online]. 2016-10-24 [cit. 2024-03-25]. Roč. 7, čís. 1. Dostupné online. DOI 10.1038/ncomms13219. PMID 27774985. (anglicky) 
  3. PARKS, Donovan H.; RINKE, Christian; CHUVOCHINA, Maria; CHAUMEIL, Pierre-Alain; WOODCROFT, Ben J.; EVANS, Paul N.; HUGENHOLTZ, Philip. Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. S. 1533–1542. Nature Microbiology [online]. 2017-09-11 [cit. 2024-03-25]. Roč. 2, čís. 11, s. 1533–1542. DOI 10.1038/s41564-017-0012-7. PMID 28894102. (anglicky) 
  4. OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; GÖKER, Markus; MOORE, Edward R. B.; ROSSELLO-MORA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C. International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-05-01 [cit. 2024-01-25]. Roč. 73, čís. 5a. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.005585. PMID 37219928. (anglicky) 
  5. OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; ROSSELLÓ-MÓRA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C.; MOORE, Edward R. B. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-06-23 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 6. DOI 10.1099/ijsem.0.004851. PMID 34161220. (anglicky) 
  6. a b OREN, Aharon. Emendation of Principle 8, Rules 5b, 8, 15, 33a, and Appendix 7 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the categories of kingdom and domain. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-11-01 [cit. 2024-05-28]. Roč. 73, čís. 11. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.006123. PMID 37909283. (anglicky) 
  7. YARZA, Pablo; YILMAZ, Pelin; PRUESSE, Elmar; GLÖCKNER, Frank Oliver; LUDWIG, Wolfgang; SCHLEIFER, Karl-Heinz; WHITMAN, William B. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences. S. 635–645. Nature Reviews Microbiology [online]. 2014-09 [cit. 2024-03-25]. Roč. 12, čís. 9, s. 635–645. ISSN 1740-1534. DOI 10.1038/nrmicro3330. PMID 25118885. (anglicky) 
  8. OREN, Aharon; GARRITY, George M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-10-20 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 10. DOI 10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. (anglicky) 
  9. GÖKER, Markus; OREN, Aharon. Valid publication of four additional phylum names. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2023-09-11. Roč. 73, čís. 9. DOI 10.1099/ijsem.0.006024. (anglicky) 
  10. a b OREN, Aharon; GÖKER, Markus. Candidatus List. Lists of names of prokaryotic Candidatus phyla. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2023-05-09. Roč. 73, čís. 5. DOI 10.1099/ijsem.0.005821. PMID 37159402. (anglicky) 
  11. LPSN. Domain Bacteria. Dostupné online (anglicky)
  12. LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Dostupné online (anglicky)
  13. GÖKER, Markus; OREN, Aharon. Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2024-01-22 [cit. 2024-05-28]. Roč. 74, čís. 1. DOI 10.1099/ijsem.0.006242. (anglicky) 
  14. Genome Taxonomy Database, Release 214. Dostupné online (anglicky)

Média použitá na této stránce

A Novel Representation Of The Tree Of Life.png
Autor: Laura A. Hug, Brett J. Baker, Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Alexander J. Probst, Cindy J. Castelle, Cristina N. Butterfield, Alex W. Hernsdorf, Yuki Amano, Kotaro Ise, Yohey Suzuki, Natasha Dudek, David A. Relman, Kari M. Finstad, Ronald Amundson, Brian C. Thomas and Jillian F. Banfield, Licence: CC BY 4.0
92 bacterial phyla, 26 archaael phyla, and all eukaryotic phyla are given in this tree of life built from 16 ribosomal proteins. The diagram is color coded. Details: The tree includes 92 named bacterial phyla, 26 archaeal phyla and all five of the Eukaryotic supergroups. Major lineages are assigned arbitrary colours and named, with well-characterized lineage names, in italics. Lineages lacking an isolated representative are highlighted with non-italicized names and red dots. For details on taxon sampling and tree inference, see Methods. The names Tenericutes and Thermodesulfobacteria are bracketed to indicate that these lineages branch within the Firmicutes and the Deltaproteobacteria, respectively. Eukaryotic supergroups are noted, but not otherwise delineated due to the low resolution of these lineages. The CPR phyla are assigned a single colour as they are composed entirely of organisms without isolated representatives, and are still in the process of definition at lower taxonomic levels.