Klasifikace eukaryot

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin (superskupin) bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2022. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.^[1]

Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes^[2], který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005^[3] a 2012 ^[4][5]. Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).

Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).^[2][6]

Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.

DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

• Amoebozoa Lühe 1913, sensu Cavalier-Smith 1998 – měňavkovci

  

  • Tubulinea Smirnov et al. 2005 [=Lobosea Cavalier-Smith 2004^[7]] – lalokonozí
    • Corycida Kang et al. 2017
    • Echinamoebida Cavalier-Smith 2004
    • Elardia Kang et al. 2017
      • Leptomyxida Pussard & Pons 1976 sensu Smirnov et al. 2017
      • Arcellinida Kent 1880 – krytenky
        • Sphaerothecina Kosakyan 2016
        • Difflugina Meisterfeld 2002 sensu Kosakyan et al. 2016
        • Heleopera sphagni Leidy 1874
        • Phryganellina Bovee 1985
      • Euamoebida Lepşi 1960 sensu Smirnov et al. 2011
  • Evosea Kang et al. 2017
    • Variosea Cavalier-Smith et al. 2004
      • Flamellidae Cavalier-Smith 2016
      • Filamoeba Page 1967
      • Heliamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
      • Protosteliida Olive & Stoianovitch 1966 sensu Shadwick et Spiegel in Adl et al. 2012 – protostelidy
      • Fractovitellida Lahr et al. 2011, sensu Kang et al. 2017
        • Acramoebidae Smirnov, Nassonova & Cavalier-Smith 2008
        • Schizoplasmodiidae Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
        • Soliformoviidae Lahr & Katz 2011
      • Angulamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
      • Cavosteliida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
      • Ischnamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
      • Darbyshirella Berney, Bass & Geisen 2015
      • Holomastigida Lauterborn 1895
      • Dictyamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
      • Arboramoeba Berney, Bass & Geisen 2015
      • Phalansterium Cienkowski 1870
    • Eumycetozoa Zopf 1884 sensu Kang et al. 2017 – hlenky
      • Dictyostelia Lister 1909, sensu Sheikh et al. 2018 – diktyostelidy
      • Myxogastria Macbride 1899 [Myxomycetes Link 1833, sensu Haeckel 1866] – pravé hlenky
        • Lucisporidia Cavalier-Smith 2013
        • Columellidia Cavalier-Smith 2015
      • Protosporangiida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
        • Protosporangiidae Spiegel in Adl et al. 2012
        • Ceratiomyxa Schroeter 1889
    • Cutosea Cavalier-Smith et al. 2016
    • Archamoebea Cavalier-Smith 1983 sensu Cavalier-Smith et al. 2004 – panoženky
      • Mastigamoebida Frenzel 1897 sensu Cavalier-Smith 2013
      • Pelobiontida Page 1976 sensu Cavalier-Smith 2013
      • Tricholimax Frenzel 1897
      • Entamoeba Casagrandi & Barbagallo 1895
      • Rhizomastix Alexeieff 1911
  • Discosea Cavalier-Smith et al. 2004 sensu Smirnov et al. 2011
    • Flabellinia Smirnov et al. 2005
      • Thecamoebida Schaeffer 1926 sensu Smirnov et al. 2011
      • Dermamoebida Cavalier-Smith 2004
      • Mycamoeba Blandenier et al. 201718
      • Dactylopodida Smirnov et al. 2005 sensu Kang et al. 2017
      • Vannellida Smirnov et al. 2005
    • Stygamoebida Smirnov et al. 2011 (P)
    • Centramoebia Cavalier-Smith et al. 2016
      • Acanthopodida Page 1976
      • Pellitida Smirnov & Cavalier-Smith 2011 sensu Kang et al. 2017
      • Himatismenida Page 1987

• Obazoa Brown et al. 2013
  • Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989 – apusomonády
  • Breviatea Cavalier-Smith & 2004
  • Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005
    • Holozoa Lang et al. 2002

      

      • Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 [Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002] – plísňovky
        • Dermocystida Cavalier-Smith 1998 [Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001]
        • Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 [Ichthyophonae Mendoza et al. 2001; Amoebidiidae Reeves 2003]
      • Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008
      • Choanozoa Brunet & King 2017 [Choanozoa Cavalier-Smith et al. 1991]
        • Choanoflagellata Kent 1880–1882 [Craspedomonadina Stein 1878; Craspedomonadaceae Senn 1900; Craspedophyceae Chadefaud 1960; Craspédomonadophycidées Bourrelly 1968; Craspedomonadophyceae Hibberd 1976; Choanomonadea Krylov et al. 1980; Choanoflagelliida Lee, Hutner & Bovee 1985; Choanoflagellatea Cavalier-Smith 1997 emend. Cavalier-Smith 1998; Choanomonada Adl et al. 2005] – trubénky
          • Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
            • Salpingoecidae Kent 1880–1882, emend. sensu Nitsche et al. 2011
          • Acanthoecida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
            • Acanthoecidae Norris 1965, emend. sensu Nitsche et al. 2011
            • Stephanoecidae Leadbeater 2011
        • Metazoa Haeckel 1874, emend. Adl et al. 2005 [Animalia Linnaeus 1758; Eumetazoa Bütschli 1910] – živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů)
          • Porifera Grant 1836 [Parazoa Sollas 1884] – houbovci, (živočišné) houby
            • Hexactinellida Schmidt 1870 – křemití, křemitky
              • Amphidoscophora Schulze 1886
              • Hexasterophora Schmidt, 1870
            • Demospongiae Sollas 1885 – rohovití
              • Verongimorpha Erpenbeck, Sutcliffe, De Cook, Dietzel, Maldonado, van Soest, Hooper & Wörheide 2012
              • Keratosa Grant 1861
              • Heteroscleromorpha Cárdenas, Pérez & Boury-Esnault, 2012
            • Homoscleromorpha Bergquist 1978 – plakiny
            • Calcarea Bowerbank 1862 [Calcispongia Johnston 1842] – vápenatí
              • Calcinea Bidder 1898
              • Calcaronea Bidder, 1898
          • Trichoplax von Schulze 1883 [Placozoa Grell 1971] – vločkovci
    • Nucletmycea Brown et al. 2009 [=Holomycota Liu et al. 2009]

      

      • Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae Karpov & Aleoshin 2017
      • Rotosphaerida Rainer 1968 [junior syn. Cristidiscoidida Page 1987, Cavalier-Smith 1993, 1998; Nucleariidae Patterson 1983, 1999]
      • Fungi R.T. Moore 1980 – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
        • Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov 2014 (P)^[8][9][10]
          • Aphelidea Gromov 2000 [=Aphelidida Gromov 2000; =Aphelidiomyceta Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycota Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycotina Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycetes Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiaceae Tedersoo et al. 2018] – afelidie
          • Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011 [=Rozellida Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014; =Rozellomycota Doweld 2013; =Rozellosporidia Karpov et al. 2017; =Rozellomycotina Tedersoo et al. 2018]
          • Microsporidia Balbiani 1882 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
        • Blastocladiales Petersen 1909 [=Blastocladiineae Petersen 1909; Blastocladiomycota T. Y. James 2007; Blastocladiomycetes T. Y. James 2007]
        • Chytridiomycota Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 – chytridiomycety
          • Chytridiomycetes de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007
            • Caulochytriales Doweld 2014
            • Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011
            • Cladochytriales Mozl.-Standr. 2009
            • Gromochytriales Karpov & Aleoshin 2014
            • Lobulomycetales D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012
            • Mesochytriales Doweld 2013
            • Polychytriales Longcore & D.R. Simmons 2012
            • Polyphagales Doweld 2014
            • Rhizophydiales Letcher 2006, emend. Letcher 2008
            • Rhizophlyctidales Letcher 2008
            • Spizellomycetales D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983
            • Synchytriales Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016
        • Dikarya Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018
          • Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes Begerow et al., 2007 [=Entorrhizaceae R. Bauer & Oberw. 1997; =Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997; =Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007; =Entorrhizomycota R. Bauer et al. 2015; =Entorrhizomycotina Tedersoo et al. 2018]
          • Ascomycota Cavalier-Smith 1998 – houby vřeckovýtrusé
            • Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 [=Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011; =Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011]
              • Neolecta Spegazzini 1881 [=Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997; =Neolectales Landvik et al. 1997; =Neolectaceae Redhead 1977]
              • Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 [=Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994; =Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997; =Pneumocystidaceae]
              • Schizosaccharomyces Lindner, 1893 [=Schizosaccharomycetaceae Beij. ex Klöcker 1905; Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993; =Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – kvasinkotvaré
              • Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 [=Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
            • Saccharomycetales Kudryavtsev 1960 [=Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997; =Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997] – pravé kvasinky
            • Pezizomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997
              • Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksw. & O. E. Eriksson 1986 [=Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – artoniotvaré
              • Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997, emend. Geiser et al. 2006
              • Geoglossaceae Corda 1838, emend. Schoch et al. 2009 [=Geoglossales Zheng Wang et al. 2009; Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009]
              • Laboulbeniomycetes Engler 1898
              • Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001
              • Leotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Lichinales Henssen & Büdel 1986 [=Lichinomycetes Reeb et al. 2004]
              • Orbiliaceae Nannfeldt 1932 [=Orbiliales Baral et al. 2003; =Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003]
              • Pezizales J. Schröter 1894 [=Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
              • Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Xanthopyreniaceae Zahlbr. 1926 [=Collemopsidiales Pérez-Ortega et al. 2016; Collemopsidiomycetes Tedersoo et al. 2018]
              • Xylonomycetes R. Gazis & P. Chaverri 2012
          • Basidiomycota R. T. Moore 1980 – houby stopkovýtrusé
            • Agaricomycotina Doweld 2001
              • Agaricomycetes Doweld 2001 – houby rouškaté
              • Dacrymycetales Hennings 1898 [=Dacrymycetes Doweld 2001]
              • Tremellomycetes Doweld 2001 – houby mozkovité
            • Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 [=Urediniomycetes Swann & Taylor 1995]
              • Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
              • Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 [=Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006]
              • Classiculales R. Bauer et al. 2003 [=Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006]
              • Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 [=Cryptomycocolacaceae Oberw. & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006]
              • Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
              • Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
              • Mixia Kramer 1959 [=Mixiaceae C.L. Kramer 1987; =Mixiales R. Bauer et al. 2006; Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006]
              • Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 – rzi
              • Spiculogloeaceae Denchev 2009 [=Spiculogloeales R. Bauer et al. 2006; =Spiculogloeomycetes Q.M. Wang et al. 2015]
              • Tritirachium Limber 1940 [=Tritirachiaceae Aime & Schell 2011; =Tritirachiales Aime & Schell 2011; =Tritirachiomycetes Aime & Schell 2011]
            • Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006
              • Exobasidiomycetes Begerow et al. 2007
              • Malassezia Baill. 1889 [=Malasseziales R.T. Moore 1980; =Malasseziaceae Denchev & R.T. Moore 2009; =Malasseziomycetes Boekhout et al. 2014]
              • Moniliella Stolk & Dakin, 1966 [=Moniliellaceae Q.M. Wang et al. 2014; =Moniliellales Q.M. Wang, et al. 2014; =Moniliellomycetes Q.M. Wang et al. 2014]
              • Ustilaginomycetes R. Bauer et al. 1997 – sněti
            • Wallemiomycotina Doweld 2014
              • Wallemia Johan-Olsen 1887 [=Wallemiaceae R.T. Moore 1996; =Wallemiales Zalar et al. 2005; =Wallemiomycetes Zalar et al. 2005]
              • Geminibasidiaceae H.D.T. Nguyen et al. 2013 [=Geminibasidiales H.D.T. Nguyen et al. 2013; =Geminibasidiomycetes H.D.T. Nguyen & Seifert 2015]
        • Monoblepharidomycetes J.H. Schaffn. 1909
        • Mucoromycota Doweld 2001 emend. Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Mucoromyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)^[9]
          • Glomeromycotina C. Walker & A. Schüßler 2016
            • Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 [=Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011]
            • Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
              • Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
              • Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
              • Paraglomus J.B. Morton & D. Redecker 2001 [=Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001; =Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001; =Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011]
          • Mortierellaceae A. Fischer 1892 [Mortierellales Cavalier-Smith 1998; =Mortierellomycotina Kerst et al. 2011; =Mortierellomycetes Doweld 2014; =Mortierellomycota Tedersoo et al. 2018]
          • Mucoromycotina Benny 2007
            • Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979 [=Endogonomycetes Doweld 2014]
            • Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897 [=Mucoromycetes Doweld 2014] (P)
            • Umbelopsidales Spatafora, Stajich & Bonito 2016 [=Umbelopsidomycetes Tedersoo et al. 2018]
        • Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 [=Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993, =Neocallymastigacetes M. J. Powell 2007, =Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007]
        • Olpidium (A. Braun) Rabenh. 1868 [=Olpidiaceae J. Schröt. 1889; =Olpidiales Cavalier-Smith 2013; Olpidiomycota Doweld 2013; =Olpidiomycotina Doweld 2013; =Olpidiomyceta Tedersoo et al. 2018]
        • Zoopagomycota Gryganskyi, M.E. Smith, Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Zoopagomyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)^[9]
          • Entomophthoromycotina Humber 2007
            • Basidiobolus Eidam 1886 [=Basidiobolomycetes Doweld 2001 emend. Humber 2012]
            • Entomophthorales G. Winter 1880 [=Entomophthoromycetes Humber 2012]
            • Neozygitaceae Ben-Ze’ev, R.G. Kenneth & Uziel 1987 [=Neozygitomycetes Humber 2012; =Neozygitales Humber 2012]
          • Zoopagales Bessey ex R.K. Benjamin 1979 [=Zoopagomycotina Benny 2007]
          • Kickxellomycotina Benny 2007
            • Asellariales Manier ex Manier & Lichtwardt 1978 [=Asellariaceae Manier ex Manier & Lichtw. 1968]
            • Dimargaritaceae R.K. Benjamin 1959 [=Dimargaritales R. K. Benjamin 1979]
            • Harpellales Lichtwardt & Manier 1978
            • Kickxellaceae Linder 1943 [=Kickxellales Kreisel ex R. K. Benjamin 1979]

• Microheliella Cavalier-Smith 2012
• Ancoracysta Janouškovec et al. 2017
• Rappemonads Kim et al. 2011 [Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis 2015] – rappemonády
• Telonemia Shalchian-Tabrizi 2006 [Telonemea Cavalier-Smith 1993]
• Picozoa Seenivasan et al. 2013 [Picobiliphytes Not et al. 2007; Picomonadea Seenivasan et al. 2013 emend. Cavalier-Smith 2017] – pikomonády
• Haptista Cavalier-Smith 2003
  • Haptophyta Hibberd 1976, ex. Edvardsen & Eikrem 2000
    • Pavlovales Green 1976
    • Prymnesiophyceae Hibberd 1976
      • Prymnesiales Papenfuss 1955, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
      • Phaeocystales Medlin 2000
      • Isochrysidales Pascher 1910, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
      • Coccolithales Schwarz 1932, emend. Edvardsen & Eikrem 2000 – kokolitky
  • Centroplasthelida Febvre-Chevalier & Febvre 1984 [Centrohelea Kühn 1926 sensu Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012; Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987; ne však Centrohelida Kühn 1926 (polyfyletické vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky
    • Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae Shishkin & Zlatogursky 2018
    • Pterocystida Cavalier-Smith & von der Heyden 2007 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
      • Raphidista Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Choanocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
        • Raphidiophryidae Febvre-Chevalier & Febvre 1984 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
      • Pterista Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Oxnerellidae Cavalier-Smith & Chao 2012
        • Pterocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
        • Heterophryidae Poche 1913 emend. Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
    • Panacanthocystida Shishkin & Zlatogursky 2018
      • Yogsothothidae Shishkin & Zlatogursky 2018
• Cryptista Adl et al., 2019 [Cryptista Cavalier-Smith 1989, emend. 2018]
  • Palpitomonas Yabuki & Ishida 2010
  • Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012 [Cryptophyta Silva 1962; Cryptophyta Cavalier-Smith 1986] – skrytěnky
    • Cryptomonadales Pascher 1913
    • Cyathomonadacea Pringsheim 1944
    • Kathablepharidacea Skuja 1939 [Kathablepharidae Vørs 1992]

• Archaeplastida Adl et al. 2005 – rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)

  

  • Glaucophyta Skuja 1954 [Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986] – glaukofyty
  • Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863 [Rhodophyta Wettstein 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
    • Cyanidiales T. Christensen 1962 [Cyanidiophyceae Merola et al. 1981; Cyanidiophyta Moehn ex Doweld 2001]
    • Proteorhodophytina Muñoz-Gómez et al. 2017
      • Compsopogonales Skuja 1939 [Compsopogonophyceae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
      • Porphyridiophyceae H. S. Yoon et al. 2006
      • Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 [Rhodellophytina Cavalier-Smith 1998]
      • Stylonematales K. Drew 1956 [Stylonematophyceae H.S. Yoon et al. 2006]
    • Eurhodophytina G.W.Saunders & Hommersand 2004
      • Bangiales Nägeli 1847 [Bangiophyceae A. Wettstein 1901]
      • Florideophycidae Cronquist 1960
        • Hildenbrandia Nardo 1834 [Hildenbrandiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
        • Nemaliophycidae Christensen 1978
        • Corallinophycidae L. Le Gall & G. W. Saunders 2007
        • Ahnfeltiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
        • Rhodymeniophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
  • Chloroplastida Adl et al. 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith 1981; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
    • Chlorophyta Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004
      • Ulvophyceae Mattox & Stewart 1984 (P) – porostovky
      • Trebouxiophyceae Friedl 1995 [Pleurastrophyceae Mattox et al. 1984; Microthamniales Melkonian 1990] (P?)
      • Chlorophyceae Christensen 1994 – zelenivky
      • Chlorodendrophyceae Fritsch 1917 [prasinophyte clade IV Nakayamaet al. 1998]
      • Pedinophyceae Moestrup 1991, emend. Fawley et al. in Adl et al. 2012
      • Chloropicophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017 [prasinophyte clade VII A & B Lopes dos Santos et al. 2017]
      • Picocystophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017
      • Pyramimonadales Chadefaud 1950 [prasinophyte clade I Nakayama et al. 1998]
      • Mamiellophyceae Marin & Melkonian 2010 [prasinophyte clade II Nakayama et al. 1998]
      • Nephroselmis Stein, 1878 [Nephroselmidophyceae Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011; prasinophyte clade III Nakayama et al. 1998]
      • Pycnococcaceae Guillard 1991 emend. Fawley 1999 [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae Melkonian 1990; prasinophyte clade V Fawley et al. 2000]
      • Palmophyllophyceae Leliaert et al. 2016
        • Palmophyllales Zechman et al. 2010
        • Prasinococcales Guillou et al. 2004, as in Leliaert et al. 2016 [prasinophyte clade VI Fawley et al. 2000]
    • Streptophyta Bremer & Wanntorp 1981 [Charophyta Migula 1897, emend. Karol et al. 2009; Charophyceae Smith 1938; Charophyceae Jeffrey 1967; Streptophyta Mattox & Stewart 1984] – streptofyty
      • Chlorokybus Geitler 1942 [Chlorokybophyceae Lewis & McCourt 2004]
      • Mesostigma Lauterborn 1894 [Mesostigmatophyceae Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004; Mesostigmata Turmel et al. 2002]
      • Klebsormidiophyceae van den Hoek et al. 1995
      • Phragmoplastophyta Lecointre & Guyander 2006
        • Zygnematophyceae van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009 – spájivky
        • Coleochaetophyceae Jeffrey 1982
        • Charophyceae Smith 1938, emend. Karol et al. 2009 [Charales Lindley 1836; Charophytae Engler 1887] – parožnatky
        • Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004 [Cormophyta Endlicher 1836; Plantae Haeckel 1866] – vyšší rostliny

• Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012 [Harosa Cavalier-Smith 2010]

  

  • Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005 [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2017]
    • Bigyra Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
      • Opalozoa Cavalier Smith 1991 emend. 2006
        • Nanomonadea Cavalier-Smith 2012 [linie environmentálních vzorků MAST-3 Massana et al. 2014]
        • Opalinata Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997 [Slopalinida Patterson 1985]
          • Proteromonadea Grasse 1952 (P)
          • Opalinea Wenyon 1926 – opalinky
          • Blastocystis Alexeev 1911
        • Placidida Moriya et al. 2002
        • Bicosoecida Grasse 1926, emend. Karpov 1998
      • Sagenista Cavalier-Smith 1995
        • Labyrinthulomycetes Dick 2001 [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] – labyrintuly
          • Amphitremida Poche 1913 emend. Gomaa et al. 2003
          • Amphifilida Cavalier-Smith 2012
          • Oblongichytrida Bennett et al. 2017
          • Labyrinthulida Doffein 1901
          • Thraustochytrida Sparrow 1943
        • Pseudophyllomitidae Shiratori et al. 2016 [linie environmentálních vzorků MAST-6 Massana et al. 2014]
    • Gyrista Cavalier-Smith 1998
      • Developea Karpov & Aleoshin 2016
      • Hyphochytriales Sparrow 1960
        • Anisolpidiaceae Karling 1943, emend. Dick 2001
        • Hyphochytrium Karling 1939 [Hyphochytridiomycetaceae Fischer 1892, emend. Karling 1939]
        • Rhizidiomycetaceae Karling 1943
      • Peronosporomycetes Dick 2001 [Oomycetes Winter 1897, emend. Dick 1976] – řasovky, oomycety
        • „Saprolegniální linie“ Lara in Adl et al. 2019
        • „Peronosporální linie“ Lara in Adl et al. 2019
      • Pirsoniales Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
      • Actinophryidae Claus 1874, emend. Hartmann 1926
      • Ochrophyta Cavalier-Smith 1986 emend. Cavalier-Smith & Chao 1996 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)^{[pozn. 1]}
        • Chrysista Cavalier-Smith 1986
          • Incertae sedis Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae Horn & Wilhelm 2007, Chrysomerophyceae Cavalier-Smith 1995
          • Chrysophyceae Pascher 1914 – zlativky
            • Chromulinales Pascher 1910
            • Hibberdiales Andersen 1989
            • Ochromonadales Pascher 1910
            • Paraphysomonadida Scoble & Cavalier-Smith 2014
            • Synurales Andersen 1987
          • Eustigmatales Hibberd 1981
          • Phaeophyceae Hansgirg 1886 [Phaeophyceae Kjellman 1891, Phaeophyceae Pfitzer 1894] – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
            • Ascoseirales Petrov 1964
            • Desmarestiales Setchell & Gardner 1925
            • Dictyotales Bory de Saint-Vincent 1828
            • Discosporangiales Kawai et al. 2007
            • Ectocarpales Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000
            • Fucales Bory de Saint-Vincent 1927 – chaluhotvaré
            • Ishige Yendo 1907 [Ishigeacea Okamura 1935; Ishigeales Cho et al. 2004]
            • Laminariales Migula 1908
            • Nemoderma Schousboe ex Bonnet 1892 [Nemodermatales Parente et al. 2008]
            • Onslowiales Draisma & Prud’homme van Reine 2008
            • Ralfsiales Nakamura ex Lim & Kawai 2007
            • Scytothamnales Peters & Clayton 1998
            • Sphacelariales Migula 1908
            • Sporochnales Sauvageau 1926
            • Syringodermatales Henry 1984
            • Tilopteridales Bessey 1907
          • Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
            • Phaeothamniales Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
            • Pleurochloridales Ettl 1956
          • Raphidophyceae Chadefaud 1950, emend. Silva 1980 – chloromonády
          • Schizocladia Henry et al. in Kawai et al. 2003 [Schizocladales Kawai et al. 2003]
          • Xanthophyceae Allorge 1930, emend. Fritsch 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale 1983; Xanthophyta Hibberd 1990] – různobrvky
            • Tribonematales Pascher 1939
            • Vaucheriales Bohlin 1901
        • Diatomista Derelle et al. 2016 emend. Cavalier-Smith 2017
          • Bolidophyceae Guillou et al. 1999 [Parmales Booth & Marchant 1987]
          • Diatomeae Dumortier 1821 [=Bacillariophyta Haeckel, 1878] – rozsivky
            • Leptocylindrophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Leptocylindrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Corethrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Ellerbeckiophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Probosciophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Melosirophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Coscinodiscophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
            • Rhizosoleniophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Arachnoidiscophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
            • Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
              • Mediophyceae Jouse & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004
              • Biddulphiophyceae D. G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Bacillariophyceae Haeckel 1878, emend. Adl et al. 2019
          • Dictyochophyceae Silva 1980
            • Dictyochales Haeckel 1894
            • Pedinellales Zimmermann et al. 1984
            • Rhizochromulinales O’Kelly & Wujek 1994
          • Pelagophyceae Andersen & Saunders 1993
            • Pelagomonadales Andersen & Saunders 1993
            • Sarcinochrysidales Gayral & Billard 1977
          • Pinguiophyceae Kawachi et al. 2003
  • Alveolata Cavalier-Smith 1991

    

    • Colpodellida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005, 2019
      • Vitrellaceae Oborník & Lukeš 2012
      • Colpodellaceae Adl et al. 2019
      • Chromeraceae Oborník & Lukeš 2012
      • Alphamonaceae Adl et al. 2019
    • Perkinsidae Levine 1978, emend. Adl et al. 2005 [Perkinsozoa Moestrup & Rehnstam-Holm, 1999; Perkinsozoa Norén & Moestrup, 1999]
    • Colponemida Cavalier-Smith 1993 emend. Adl et al. 2019 (P)
      • Colponemidia Tikhonenkov et al. 2014
      • Acavomonidia Tikhonenkov et al. 2014
      • Palustrimonas Patterson & Simpson, 1996
      • Oxyrrhis Dujardin 1841 [Oxyrrhinaceae Sournia 1984]
    • Dinoflagellata Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005 – obrněnky
      • Syndiniales Loeblich III 1976
        • Incertae sedis Syndiniales: Ellobiopsidae Coutière 1911
        • Euduboscquellidae Coats & Bachvaroff 2012
        • Amoebophryidae Cachon 1964
        • Syndinidae Chatton 1910
        • Sphaeriparaceae Loeblich III 1970
      • Noctilucales Haeckel 1894 [Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993]
      • Dinophyceae Pascher 1914
        • Gymnodiniphycidae Fensome et al. 1993
          • Gymnodinium F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
          • Amphidinium Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto
          • Gyrodinium Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
          • Kareniaceae Bergholtz et al. 2005
          • Ceratoperidiniaceae Loeblich III 1980, emend. Reñé & de Salas 2013
          • Torodiniales Boutrup, Moestrup & Daugbjerg 2016
          • Levanderina Moestrup et al. 2014
          • Margalefidinium F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017
          • Cochlodinium F. Schütt emend. F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017 sensu stricto
          • Ptychodiscales Fensome et al. 1993
          • Borghiellaceae Moestrup, Lindberg, & Daugbjerg 2009
          • Tovelliaceae Moestrup et al. 2005
          • Suessiaceae Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009
        • Peridiniphycidae Fensome et al. 1993
          • Gonyaulacales Taylor 1980
          • Peridiniales Haeckel 1894
          • Thoracosphaeraceae Schiller 1930
          • Podolampadaceae Lindemann 1928
          • Kryptoperidiniaceae Lindemann 1925
          • Heterocapsaceae Fensome et al. 1993
          • Amphidomataceae Sournia 1984
          • Oxytoxaceae Lindemann 1928
          • Centrodiniaceae Hernández-Becerril 2010
        • Dinophysales Kofoid 1926
        • Prorocentrales Lemmermann 1910
    • Apicomplexa Levine 1980, emend. Adl et al. 2005 – výtrusovci
      • Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida Levine 1979
      • Incertae sedis Apicomplexa: Protococcidiorida Kheisin 1956
      • Aconoidasida Mehlhorn et al. 1980 [=Hematozoa Vivier 1982] (P) – krvinkovky
        • Haemospororida Danilewsky 1885
        • Piroplasmorida Wenyon 1926 – klíštěnky
        • Nephromycida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2019
      • Conoidasida Levine 1988 (P)
        • Coccidia Leuckart 1879 (P) – kokcidie
          • Adeleorina Léger 1911
          • Eimeriorina Léger 1911
        • Gregarinasina Dufour 1828 (P) – gregariny, hromadinky
          • Archigregarinorida Grassé 1953 (P)
          • Eugregarinorida Léger 1900 (P)
          • Neogregarinorida Grassé 1953
          • Cryptogregarinorida Cavalier-Smith 2014 emend Adl et al. 2019
        • Blastogregarinea Chatton & Villeneuve 1936, emend. Simdyanov et al. 2018
    • Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Bütschli, 1887] – nálevníci, obrvení
      • Postodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976
        • Karyorelictea Corliss, 1974
          • Kentrophoridae Jankowski, 1980
          • Loxodida Jankowski, 1980
            • Cryptopharyngidae Jankowski, 1980
            • Loxodidae Bütschli, 1889
          • Geleiidae Kahl, 1933
        • Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví
          • Blepharismidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
          • Climacostomidae Repak, 1972
          • Condylostomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
          • Fabreidae Shazib et al., 2014
          • Gruberiidae Shazib et al., 2014
          • Coliphorina Jankowski, 1967
            • Folliculinidae Dons, 1914
            • Maristentoridae Miao et al., 2005
          • Peritromidae Stein, 1867
          • Spirostomidae Stein, 1867
          • Stentoridae Carus, 1863
      • Intramacronucleata Lynn, 1996
        • Incertae sedis Intramacronucleata: Protocruzia Faria da Cunha & Pinto 1922 [Protocruziidae Jankowski, 1980; Protocruziidia de Puytorac et al., 1987]
        • SAL Gentekaki et al., 2014
          • Incertae sedis SAL: Cariacothrix Orsi et al., 2012 [Cariacotrichea Orsi et al., 2011]
          • Incertae sedis SAL: Mesodiniidae Jankowski, 1980
          • Incertae sedis SAL: Phacodinium Prowazek, 1900 [Phacodiniidia Small & Lynn, 1985]
          • Spirotrichea Bütschli, 1889
            • Euplotia Jankowski, 1979
              • Euplotida Small & Lynn, 1985
              • Discocephalida Wicklow, 1982
            • Perilemmaphora Berger, 2008
              • Hypotrichia Stein, 1859 – spodobrví
              • Oligotrichia Bütschli, 1887 – sporobrví
            • Licnophoridae Bütschli, 1887
            • Kiitrichidae Nozawa, 1941
          • Lamellicorticata Vďačný et al., 2010
            • Armophorea Lynn, 2004
              • Incertae sedis Armophorea: Mylestomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
              • Metopida Jankowski, 1980 (P)
              • Clevelandellida de Puytorac & Grain, 1976
              • Caenomorphidae Poche, 1913
              • Odontostomatida Sawaya, 1940 – hřebenoústí
            • Litostomatea Small & Lynn, 1981
              • Rhynchostomatia Jankowski 1980
              • Haptoria Corliss, 1974 (P)
              • Helicoprorodontidae Small & Lynn, 1985
              • Trichostomatia Bütschli, 1889 – brvoústí
              • Isoendo Adl et al. 2019
        • CONthreeP Lynn in Adl et al., 2012 [Ventrata Cavalier-Smith, 2004]
          • Incertae sedis CONthreeP: Askenasia Blochmann, 1895
          • Incertae sedis CONthreeP: Cyclotrichiidae Jankowski, 1980
          • Incertae sedis CONthreeP: Paraspathidium Noland, 1937
          • Incertae sedis CONthreeP: Pseudotrachelocercidae Song, 1990
          • Incertae sedis CONthreeP: Discotrichidae Jankowski, 1967 [Discotrichida Fan et al., 2014]
          • Phyllopharyngea de Puytorac et al., 1974
            • Synhymeniida de Puytorac et al. in Deroux, 1978
              • Nassulopsidae Deroux in Corliss, 1979
              • Orthodonellidae Jankowski, 1968
              • Scaphidiodontidae Deroux in Corliss, 1979
              • Synhymeniidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
            • Subkinetalia Gong et al., 2009
              • Cyrtophoria Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
              • Rhynchodia Chatton & Lwoff, 1939
              • Suctoria Claparède & Lachmann, 1858 – rournatky
          • Colpodea Small & Lynn, 1981
            • Bursariomorphida Fernández-Galiano, 1978
              • Bryometopidae Jankowski, 1980
              • Bursaridiidae Foissner, 1993
              • Bursariidae Bory de St. Vincent, 1826
            • Colpodida de Puytorac et al., 1974
              • Incertae sedis Colpodida: Bardeliellidae Foissner, 1984
              • Incertae sedis Colpodida: Hausmanniellidae Foissner, 1987
              • Incertae sedis Colpodida: Ilsiellidae Bourland et al., 2011
              • Incertae sedis Colpodida: Pseudochlamydonellidae Buitkamp et al., 1989
              • Incertae sedis Colpodida: Marynidae Poche, 1913
              • Bryophryina de Puytorac et al., 1979
              • Colpodina Foissner et al., 2011
              • Grossglockneriidae Foissner, 1980 [Grossglockneriina Foissner, 1980]
            • Cyrtolophosidida Foissner, 1978
              • Cyrtolophosididae Stokes, 1888
              • Kreyellidae Foissner, 1979
            • Platyophryida de Puytorac et al., 1979
              • Ottowphryidae Foissner et al., 2011
              • Platyophryidae de Puytorac et al., 1979 (P)
              • Sagittariidae Grandori & Grandori, 1935
              • Sorogenidae Bradbury & Olive, 1980
              • Woodruffiidae Gelei, 1954
          • Nassophorea Small & Lynn, 1981 (P)
            • Colpodidiidae Foissner, 1995
            • Nassulida Jankowski, 1967
              • Furgasoniidae Corliss, 1979
              • Nassulidae de Fromentel, 1874
            • Microthoracida Jankowski, 1967
              • Microthoracidae Wrzesniowski, 1870
              • Leptopharyngidae Kahl, 1926
          • Prostomatea Schewiakoff, 1896 (P) – předoústí
            • Apsiktratidae Foissner et al., 1994 [Prostomatida Schewiakoff, 1896]
            • Prorodontida Corliss, 1974
              • Balanionidae Small & Lynn, 1985
              • Cryptocaryonidae Wright & Colorni, 2002
              • Colepidae Ehrenberg, 1838
              • Holophryidae Perty, 1852
              • Lagynidae Sola et al., 1990
              • Metacystidae Kahl, 1926
              • Placidae Small & Lynn, 1985
              • Plagiocampidae Kahl, 1926
              • Prorodontidae Kent, 1881
              • Urotrichidae Small & Lynn, 1985
          • Plagiopylea Small & Lynn, 1985
            • Plagiopylida Small & Lynn, 1985
              • Epalxellidae Corliss, 1960 (možná patří do Odontostomatida)
              • Plagiopylidae Schewiakoff, 1896
              • Sonderiidae Small & Lynn, 1985
              • Trimyemidae Kahl, 1933
          • Oligohymenophorea de Puytorac et al., 1974 – chudoblanní
            • Apostomatia Chatton & Lwoff, 1928
              • Apostomatida Chatton & Lwoff, 1928
              • Astomatophorida Jankowski, 1966
              • Pilisuctorida Jankowski, 1966
            • Astomatia Schewiakoff, 1896
              • Anoplophryidae Cépède, 1910
              • Buetschliellidae de Puytorac in Corliss, 1979
              • Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979
              • Contophryidae de Puytorac, 1972
              • Haptophryidae Cépède, 1923
              • Hoplitophryidae Cheissin, 1930
              • Intoshellinidae Cépède, 1910
              • Maupasellidae Cépède, 1910
              • Radiophryidae de Puytorac, 1972
            • Hymenostomatia Delage & Hérouard, 1896
              • Tetrahymenida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
              • Ophryoglenida Canella, 1964
            • Peniculia Fauré-Fremiet in Corliss, 1956 (P)
              • Peniculida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
              • Urocentridae Claparède & Lachmann, 1858 [Urocentrida de Puytorac, Grain & Mignot, 1987]
            • Peritrichia Stein, 1859 – kruhobrví
              • Sessilida Kahl, 1933
              • Mobilida Kahl, 1933
            • Scuticociliatia Small, 1967 (P)
              • Philasterida Small, 1967
              • Pleuronematida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
              • Thigmotrichida Chatton & Lwoff, 1922
              • Loxocephalida Jankowski, 1964 (P)
  • Rhizaria Cavalier-Smith 2002

    

    • Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000 (X)
    • Cercozoa Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005, emend. Cavalier-Smith 2018
      • Incertae sedis Cercozoa: Discocelia Cavalier-Smith 2013 [Discocelis Vørs 1988]
      • Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae Golemansky 1974, emend Meisterfeld, 2002 (X) (pravděpodobně součást Euglyphida)
      • Incertae sedis Cercozoa: Volutellidae Sudzuki 1979
      • Cercomonadida Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006, emend Howe et al. 2009, emend Cavalier-Smith 2012 [=Cercomonadidae Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Cercobodonidae Hollande 1942] – kořenonožci
      • Paracercomonadida Cavalier-Smith 2018
      • Glissomonadida Howe & Cavalier-Smith 2009 [Heteromitidae Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Bodomorphidae Hollande 1952]
        • Sandonidae Howe et al. 2009
        • Dujardinidae Howe & Cavalier-Smith, 2011
        • Bodomorphidae Hollande 1952 emend. Cavalier-Smith in Howe et al. 2009
        • Proleptomonadidae Howe et al. 2009
        • Allapsidae Howe & Cavalier-Smith 2009
      • Viridiraptoridae Hess & Melkonian 2013
      • Pansomonadidae Vickerman in Vickerman et al. 2005
      • Sainouroidea Schuler et al. 2018 [Helkesida Cavalier-Smith 2018^[12]]
        • Sainouridae Cavalier-Smith 2008
        • Helkesimastigidae Cavalier-Smith 2008
        • Guttulinopsidae Olive 1970
      • Thecofilosea Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011
        • Phaeodarea Haeckel 1879 [Tripylea Hertwig 1879]
          • Phaeoconchia Haeckel 1879
          • Phaeocystina Haeckel 1879
          • Phaeogromia Haeckel 1879
          • Phaeosphaeria Haeckel 1879
        • Cryomonadida Cavalier-Smith 1993
          • Rhogostomidae Dumack et al. 2017
          • Protaspidae Cavalier-Smith 1993
        • Ventricleftida Cavalier-Smith 2011
        • Tectofilosida Cavalier-Smith 2003
          • Chlamydophryidae de Saedeleer 1934
        • Ebriacea Lemmermann 1901 [Ebriidae Poche 1913; Ebriida Deflandre 1936]
      • Imbricatea Cavalier-Smith 2011 [Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003]
        • Spongomonadida Hibberd, 1983 [Spongomonadidae Karpov 1990]
        • Marimonadida Cavalier-Smith & Bass 2011
        • Variglissida Cavalier-Smith, 2014
        • Silicofilosea Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012
          • Thaumatomonadida Shirkina, 1987 [Thaumatomastigidae Patterson & Zoelfell 1991]
            • Thaumatomonadidae Hollande, 1952
            • Esquamula Shiratori, Yabuki & Ishida, 2012
            • Peregriniidae Cavalier-Smith, 2011
          • Euglyphida Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997
            • Euglyphina Kosakyan et al., 2016
              • Assulinidae Lara et al., 2007
              • Sphenoderiidae Chatelain et al., 2013
              • Trinematidae Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012
              • Euglyphidae Wallich 1864, emend Lara et al. 2007 – křeménky
              • Tracheleuglypha Deflandre, 1928
            • Cyphoderiidae de Saedeleer 1934
            • Paulinellidae de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012
      • Metromonadea Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011
      • Granofilosea Cavalier-Smith & Bass 2009
        • Massisteridae Cavalier-Smith 1993
        • Clathrulinidae Claus 1874 [Desmothoracida Hertwig & Lesser 1874]
      • Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984
    • Endomyxa Cavalier-Smith 2002, emend. Bass & Berney in Adl et al. 2019
      • Vampyrellida West 1901, emend. Hess et al. 2012
      • Phytomyxea Engler & Prantl, 1897 – nádorovky
        • Plasmodiophorida Cook, 1928
        • Phagomyxida Cavalier-Smith 1993
      • Filoreta Bass & Cavalier-Smith, 2009
      • Gromia Dujardin, 1835 – tobolinky
      • Ascetosporea Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009
        • Haplosporida Caullery & Mesnil, 1899 – haplosporidie
        • Microcytida Hartikainen et al. 2013
        • Paramyxida Chatton, 1911
        • Claustrosporidium Larsson, 1987
        • Paradiniidae Schiller 1935
    • Retaria Cavalier-Smith 2002
      • Foraminifera d’Orbigny 1826 – dírkonošci
        • Monothalamea Pawlowski et al. 2013
        • Tubothalamea Pawlowski et al. 2012
          • Miliolida Delage & Hérouard 1896
          • Spirillinida Hohenegger & Piller 1975
          • Ammodiscidae Reuss 1862
        • Globothalamea Pawlowski et al. 2012
          • Rotaliida Delage & Hérouard 1896
            • Planorbulinidae Schwager 1877
            • Discorboidea Ehrenberg 1838
              • Discorbidae Ehrenberg 1838
              • Rosalinidae Reiss, 1963
            • Rotalioidea Ehrenberg 1839 emend. Pawlowski 2013
              • Elphidiidae Galloway 1933
              • Ammoniidae Saidova, 1981
              • Elphidiellidae Holzmann & Pawlowski 2017
              • Haynesinidae Mikhalevich 2013
            • Glabratelloidea Loeblich & Tappan, 1964
              • Rotaliellidae Loeblich & Tappan, 1964
              • Buliminoididae Seiglie, 1970
              • Glabratellidae Loeblich & Tappan, 1964
            • Calcarinoidea Schwager, 1876
              • Calcarinidae Schwager, 1876
            • Nummulitoidea de Blainville, 1827
              • Nummulitidae de Blainville, 1827
            • Serioidea Holzmann & Pawlowski 2017
              • Uvigerinidae Haeckel, 1894
              • Bolivinitidae Glaessner, 1937
              • Cassidulinidae d’Orbigny, 1839
              • Sphaeroidinidae Cushman, 1927
              • Globobuliminidae Cushman, 1927
            • Incertae sedis Rotaliida:
              • Nonionidae Schultze, 1854
              • Virgulinellidae Loeblich & Tappan, 1984
              • Buliminidae Jones, 1875
              • Epistominellidae Holzmann & Pawlowski 2017
              • Stainforthiidae Reiss, 1963
              • Cibicididae Cushman, 1927
              • Chilostomellidae Brady, 1881
              • Pullenidae Schwager, 1877
              • Nuttalidae Saidova, 1981
              • Discorbinellidae Sigal, 1952
              • Astrononionidae Cushman & Edwards, 1937
              • Oridorsalidae Loeblich & Tappan, 1984
              • Melonidae Holzmann & Pawlowski 2017
              • Cymbaloporidae Cushman 1927
              • Rubratelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
              • Murrayinelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
          • Globigerinida Delage & Hérouard 1896 (P)
          • Robertinida Loeblich & Tappan 1984
          • Textulariida Delage & Hérouard 1896 (P)
          • Carterina Brady 1884 [Carterinida Loeblich & Tappan 1981]
      • Radiolaria Müller 1858, sensu Adl et al., 2005
        • Acantharea Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000 – strontnatci
          • Chaunocanthida Schewiakoff 1926
          • Holocanthida Schewiakoff 1926
          • Symphyacanthida Schewiakoff 1926
          • Arthracanthida Schewiakoff 1926
        • Taxopodida Fol 1883
        • Polycystinea Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887
          • Spumellaria Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967
          • Nassellaria Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887
          • Collodaria Haeckel 1887
    • Aquavolonida Bass & Berney, 2018
    • Tremula Howe et al. 2011 [=Tremulida Howe et al. 2011]

• „CRuMs“ Brown et al., 2018 [Varisulca Cavalier-Smith 2012 (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)]
  • Collodictyonidae Brugerolle et al. 2002, emend. Adl et al. 2019 [Diphylleidae Cavalier-Smith 1993; Diphylleida Cavalier-Smith 1993; Diphyllatea Cavalier-Smith 2003; Sulcomonadidae Cavalier-Smith 2013]
  • Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012
  • Mantamonas Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011
• Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998 [=Planomonadida Cavalier-Smith 2008]
• Hemimastigophora Foissner et al. 1988
  • Spironemidae Doflein 1916
• Meteora Hausmann et al. 2002

• „Excavates“ [Excavata Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003] (P)

  

  • Discoba Simpson in Hampl et al., 2009
    • Jakobida Cavalier-Smith, 1993
      • Andalucina Cavalier-Smith, 2013
        • Andaluciidae Cavalier-Smith, 2013
        • Stygiellidae Pánek et al. 2016
      • Histionina Cavalier-Smith 2013
    • Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
    • Heterolobosea Page & Blanton 1985
      • Pharyngomonada Cavalier-Smith 2008
      • Tetramitia Cavalier-Smith, 1993
        • Selenaionidae Hanousková et al. 2018
        • Neovahlkampfiidae Hanousková et al. 2018
        • Eutetramitia Hanousková et al. 2018
          • Vahlkampfiidae Jollos 1917 (P)
          • Gruberellidae Page & Blanton 1985
          • Acrasidae Poche, 1913
          • Percolomonadidae Cavalier-Smith, 2008
          • Psalteriomonadidae Cavalier-Smith, 1993
          • Stephanopogonidae Corliss, 1961
          • Creneidae Pánek, et al. 2014
          • Tulamoebidae Kirby et al. 2015
    • Euglenozoa Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997
      • Euglenida Butschli 1884, emend. Simpson 1997 – krásnoočka
        • Heteronematina Leedale 1967 (P)
        • Aphagea Cavalier-Smith, 1993, emend. Busse & Preisfeld, 2002
        • Euglenophyceae Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003 [Euglenea Butschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002]
          • Rapaza Yamaguchi et al. 2012
          • Eutreptiales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
          • Euglenales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
            • Phacaceae Kim et al. 2010
            • Euglenaceae Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010
      • Diplonemea Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997
        • Diplonemidae Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al. 2019
        • Hemistasiidae Cavalier-Smith, 2016 emend. Adl et al. 2019
        • Eupelagonemidae Okamoto & Keeling, 2018
      • Symbiontida Yubuki et al. 2009
      • Kinetoplastea Honigberg 1963 – bičivky
        • Prokinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
        • Metakinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Neobodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Parabodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Eubodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Trypanosomatida Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004 – trypanozomy
            • Leishmaniinae Maslov & Lukeš, 2012
  • Malawimonadidae O’Kelly & Nerad 1999 – malawimonády
  • Metamonada Grassé 1952 emend. Cavalier-Smith 1987
    • Fornicata Simpson, 2003
      • „Organismy podobné Carpediemonas“ Kolisko et al. 2010 (P)
      • Diplomonadida Wenyon, 1926 – diplomonády
        • Hexamitinae Kent, 1880
        • Giardiinae Kulda & Nohýnková, 1978
      • Retortamonadida Grassé, 1952 (P) – retortamonády
      • Caviomonadidae Cavalier-Smith, 2013
    • Parabasalia Honigberg, 1973 – bičenkovci
      • Trichomonadida Kirby, 1947 – bičenky, trichomonády
      • Honigbergiellida Čepička et al., 2010 (P?)
      • Hypotrichomonadida Čepička et al., 2010
      • Tritrichomonadida Čepička et al., 2010 (P)
      • Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001
      • Spirotrichonymphida Grassé, 1952
      • Lophomonadida Light, 1927
      • Trichonymphida Poche, 1913
    • Preaxostyla Simpson 2003
      • Oxymonadida Grassé 1952 – oxymonády
      • Trimastigidae Saville Kent, 1880-1882
      • Paratrimastigidae Zhang et al. 2015

Systém vznikl již v r. 1998^[13] (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981^[14]), nadále aktualizovány ale byly (až do r. 2022, kdy vyšla, již po autorově smrti, poslední revize podložená vedle genomických dat také podrobnou analýzou přechodových struktur mezi cytoskeletem a bičíky) pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.^{[15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][7][25][26][12][27]}. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Rhodophyta, Chloroplastida/Viridiplantae a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.

Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.^[28][29][30]

Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).

NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

• Říše Protozoa Owen 1858 em. Cavalier-Smith 2010^[27] (P)
  • Podříše Malawimonada Cavalier-Smith 2022

    • Kmen Malawimonada Cavalier-Smith 2022

      • Třída Malawimonadea Cavalier-Smith 2003

        • Řád Malawimonadida Cavalier-Smith, 2003

  • Podříše Natozoa Cavalier-Smith 2022 (P)
    • Infraříše Archezoa Cavalier-Smith 1983 stat. n. em. 2022

      • Kmen Metamonada Grassé, 1952 em. stat. n. Cavalier-Smith 2003
        • Podkmen Anaeromonada Cavalier-Smith 1997 (jako infraphylum) [=Preaxostyla Simpson 2003]

          • Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 em. 1999

            • Řád Trimastigida Cavalier-Smith 2003 em. 2022
            • Řád Paratrimastigida Cavalier-Smith 2022
            • Řád Oxymonadida Grassé 1952 – oxymonády

        • Podkmen Trichozoa Cavalier-Smith 1997
          • Infrakmen Parabasalia Honigberg 1973 stat. n. Cavalier-Smith 2022 – bičenkovci

            • Třída Trichomonadea Kirby 1947 stat. n. Margulis 1974 em. Cavalier-Smith 2013 – bičenky, trichomonády
              • Podtřída Eotrichomonadia Cavalier-Smith 2013

                • Řád Trichomonadida Kirby 1947
                  • Podřád Trichomonadina Cavalier-Smith 2013
                  • Podřád Honigbergiellina Čepička et al. 2010 stat. n. Cavalier-Smith 2013
                  • Podřád Hypotrichomonadina Čepička et al. 2010 stat. n. Cavalier-Smith 2013
                • Řád Tritrichomonadina Čepička et al. 2010

              • Podtřída Cristomonadia Cavalier-Smith 2013

                • Řád Cristamonadida Brugerolle & Patterson 2001 em. Cavalier-Smith 2013
                • Řád Spirotrichonymphida Grassé 1952

            • Třída Trichonymphea Cavalier-Smith 2003

              • Řád Trichonymphida Poche 1913
              • Řád Lophomonadida Light 1927

          • Infrakmen Fornicata Cavalier-Smith 2022

            • Třída Carpomonadea Cavalier-Smith 2013

              • Řád Carpediemonadida Cavalier-Smith 2003 em. 2012
              • Řád Chilomastigida Cavalier-Smith 2013
              • Řád Dysnectida Cavalier-Smith 2013

            • Třída Eopharyngea Cavalier-Smith 1993 stat. n. 2013

              • Řád Diplomonadida Klebs 1892 [=Diplozoa Dangeard 1910] – diplomonády
                • Podřád Distomatina Klebs 1892 (jakožto Distomata) stat. n. Cavalier-Smith 2013
                • Podřád Giardiina Cavalier-Smith 1996 stat. n. 2013
              • Řád Retortomonadida Grassé 1952 emend. Cavalier-Smith 2013 – retortamonády

    • Infraříše Eozoa Cavalier-Smith 1997 stat. n., em. Cavalier-Smith et al. 2015 [=Discoba Simpson in Hampl et al. 2009]
      • Nadkmen/Kmen Eolouka Cavalier-Smith 2013 stat. n. 2022 (P)

        • Třída Jakobea Cavalier-Smith 1997 emend. 2003

          • Řád Jakobida Cavalier-Smith 1993

        • Třída Tsukubamonadea Cavalier-Smith 2013 (jako Tsukubea) em. 2022

          • Řád Tsukubamonadida Yabuki et al. 2011

      • Nadkmen Discicristata Cavalier-Smith 1993
        • Kmen Euglenozoa Cavalier-Smith 1981 em. 1998^[25]

          

          • Podkmen Euglenoida Bütschli 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith 1993
            • Infrakmen Entosiphona Cavalier-Smith 2016

              • Třída Entosiphonea Cavalier-Smith 2016

                • Řád Entosiphonida Cavalier-Smith 2016

            • Infrakmen Dipilida Cavalier-Smith 2016
              • Nadtřída Rigimonada Cavalier-Smith 2016 (P)
                • Třída Stavomonadea Cavalier-Smith 2016
                  • Podtřída Homostavia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Decastavida Cavalier-Smith 2016
                    • Řád Petalomonadida Cavalier-Smith 1993

                  • Podtřída Heterostavia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Heterostavida Cavalier-Smith 2016

                • Třída Ploeotarea Cavalier-Smith 2016

                  • Řád Ploeotiida Cavalier-Smith 1993

              • Nadtřída Spirocuta Cavalier-Smith 2016
                • Třída Peranemea Cavalier-Smith 1993 em. 2016 (P)
                  • Podtřída Peranemia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Peranemida Cavalier-Smith 1993

                  • Podtřída Anisonemia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Anisonemida Cavalier-Smith 2016
                    • Řád Natomonadida Cavalier-Smith 2016
                      • Podřád Metanemina Cavalier-Smith 2016
                      • Podřád Rhabdomonadina Leedale 1967 em. Cavalier-Smith 1993

                  • Podtřída Acroglissia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Acroglissida Cavalier-Smith 2016

                • Třída Euglenophyceae Schoenichen 1925 orth. em. Smith 1933 – krásnoočka
                  • Podtřída Rapazia Cavalier-Smith 2016

                    • Řád Rapazida Cavalier-Smith 2016

                  • Podtřída Euglenophycidae Busse and Preisfeld 2003

                    • Řád Eutreptiida Leedale 1967 (P) [=Eutreptiales]
                    • Řád Euglenida Ritter von Stein 1878 stat. n. Calkins 1926 [=Euglenales Leedale 1967]

          • Podkmen Postgaardia Cavalier-Smith 2016

            • Třída Postgaardea Cavalier-Smith 1998 [=Symbiontida Yubuki et al. 2009]

              • Řád Postgaardida Cavalier-Smith 2003
              • Řád Bihospitida Cavalier-Smith 2016

          • Podkmen Glycomonada Cavalier-Smith 2016

            • Třída Diplonemea Cavalier-Smith 1993

              • Řád Diplonemida Cavalier-Smith 1993

            • Třída Kinetoplastea Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis 1974 – bičivky
              • Podtřída Prokinetoplastina Vickerman 2004

                • Řád Prokinetoplastida Vickerman 2004

              • Podtřída Metakinetoplastina Vickerman 2004

                • Řád Bodonida Hollande 1952 em. Vickerman 1976, Krylov et al 1980 (P)
                  • Podřád Neobodonina Vickerman 2004 stat. n. Cavalier-Smith 2016
                  • Podřád Parabodonidina Vickerman 2004 stat. n. Cavalier-Smith 2016
                  • Podřád Eubodonidina Vickerman 2004 stat. n. Cavalier-Smith 2016
                • Řád Trypanosomatida Saville Kent 1880 stat. n. Hollande 1952

        • Kmen Percolozoa Cavalier-Smith 1991^[17] [=Heterolobosea sensu lato^[31]]
          • Podkmen Orthozoa Cavalier-Smith 2022

            • Třída Pharyngomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008

              • Řád Pharyngomonadida Cavalier-Smith 1991

            • Třída Lunosea Cavalier-Smith 2022

              • Řád Selenaionida Hanousková et al. 2019

          • Podkmen Tetramitia Cavalier-Smith 1993 em. 2008 em. 2022

            • Třída Neovahlkampfea Cavalier-Smith 2022

              • Řád Neovahlkampfida Cavalier-Smith 2022

            • Infrakmen Eutetramitia Hanousková et al. ex Cavalier-Smith 2020

              • Třída Heterolobosea (sensu stricto) Page and Blanton 1985

                • Řád Acrasida Schröter 1886
                • Řád Schizopyrenida (sensu stricto) Singh 1952

              • Třída Lyromonadea Cavalier-Smith 1993 em. 2022

                • Řád Lyromonadida Cavalier-Smith 1993
                • Řád Creneida Cavalier-Smith 2022

              • Třída Percolatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008

                • Řád Percolomonadida Cavalier-Smith 1993
                • Řád Pseudociliatida Corliss & Lipscomb, 1982

    • Infraříše Hemimastigophora Cavalier-Smith 2022

      • Kmen Hemimastigophora Foissner, Blatterer and Foissner 1998

        • Třída Hemimastigea Foissner, Blatterer and Foissner 1988

  • Podříše Sarcomastigota Cavalier-Smith 1993 em. 2022
    • Infraříše Sulcozoa Cavalier-Smith 2022

      • Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith 2013 em. 2022^[21] (P)
        • Podkmen Planomonada Cavalier-Smith 2022

          • Třída Planomonadea Cavalier-Smith 2022

        • Podkmen Varisulca Cavalier-Smith 2013 em. 2022

          • Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003 em. 2022

            • Řád Diphylleida Cavalier-Smith 1993

          • Třída Glissodiscea Cavalier-Smith 2013 em. 2022

            • Řád Mantamonadida Cavalier-Smith, Glücksman et al. 2011

          • Třída Hilomonadea Cavalier-Smith 2008 em. 2012

            • Řád Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2013

    • Infraříše Diacentrida Cavalier-Smith 2022 (P)

      • Kmen Apusozoa Cavalier-Smith 1997 em. 2013 (P)

        • Třída Thecomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2013

          • Řád Apusomonadida Karpov & Mylnikov, 1989

        • Třída Breviatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2004

          • Řád Breviatida Cavalier-Smith, 2004

      • Kmen Amoebozoa Lühe 1913 stat. n. Corliss 1984 em. Cavalier-Smith 1998^[7] – měňavkovci
        • Podkmen Tevosa (Kang et al. 2017 ex Cavalier-Smith 2020) Cavalier-Smith 2022
          • Infrakmen Lobosa Carpenter em. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 2004 stat. n. 2022 (P)^[32]

            • Třída Tubulinea Smirnov et al., 2005 emend. 2011 [Lobosea Cavalier-Smith, 2004] – lalokonozí
              • Podtřída Neolobosia Cavalier-Smith, 2016
                • Nadřád Eulobosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Euamoebida Lepşi 1960 emend. Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                    • Podřád Amoebina Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Nolandina Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Arcellinida Saville Kent, 1880 – krytenky
                • Nadřád Trichosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Trichosida Möbius, 1889
              • Podtřída Leptomyxia Cavalier-Smith, 2016

                • Řád Leptomyxida (Pussard & Pons, 1976) Page, 1987

              • Podtřída Echinamoebia Cavalier-Smith, 2016

                • Řád Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 em. stat. n. Smirnov et al., 2011

          • Infrakmen Conosa Cavalier-Smith 1998 em. stat. n. 2022

            • Třída Archamoebea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2004

              • Řád Mastigamoebida Frenzel, 1897
              • Řád Pelobiontida Page, 1976 em. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Rhizomastigida Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Entamoebida Cavalier-Smith, 1993)

            • Třída Cutosea Cavalier-Smith, 2016

              • Řád Squamocutida Cavalier-Smith, 2016

            • Třída Variosea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016

              • Řád Holomastigida Lauterborn, 1895
              • Řád Phalansteriida Hibberd, 1983
              • Řád Artodiscida Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Varipodida Cavalier-Smith, 2004
              • Řád Protostelida Olive, 1967
              • Řád Ramamoebida Cavalier-Smith, 2016

            • Nadtřída Mycetozoa de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873 – hlenky
              • Třída Stelamoebea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Podtřída Exosporeae Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016 [Ceratiomyxomycetidae Martin, 1961]

                  • Řád Protosporangida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Ceratiomyxida Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos

                • Podtřída Dictyostelia Olive, 1975

                  • Řád Dictyostelida Lister, 1909 – diktyostelidy

                • Podtřída Myxogastria Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 [Myxomycetes Link, 1883] – pravé hlenky
                  • Nadřád Lucisporidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Liceida Jahn, 1928
                    • Řád Trichiida Macbride, 1922
                  • Nadřád Columellidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Echinosteliida Martin, 1961
                    • Řád Fuscisporida Cavalier-Smith, 2013
        • Podkmen Discosa Cavalier-Smith 2022

          • Třída Discosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 2004
            • Podtřída Flabellinia Smirnov et al. 2005

              • Řád Glycostylida Cavalier-Smith, 2004 em. 2016 (P)^[33]
                • Podřád Vannellina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Dactylopodina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Stygamoebina Smirnov & Cavalier-Smith, 2011 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Dermamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Thecamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011

            • Podtřída Centramoebia Cavalier-Smith et al. 2016 (P)^[33]

              • Řád Centramoebida Rogerson & Patterson, 2002
              • Řád Himatismenida Page, 1987
                • Podřád Tectiferina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                • Podřád Parvamoebina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011

    • Infraříše Opizoa Cavalier-Smith 2022

      • Kmen Choanozoa Cavalier-Smith 1981 em. 1983^[21] (P) – trubénky v širším smyslu
        • Podkmen Choanofila Cavalier-Smith 2013 (P)

          • Třída Choanoflagellatea Cavalier-Smith, 1998

            • Řád Craspedida Cavalier-Smith, 1997
            • Řád Acanthoecida Cavalier-Smith, 1997

          • Třída Filasterea Cavalier-Smith, 2008^{[pozn. 2]}

            • Řád Ministeriida Cavalier-Smith, 1997

          • Třída Ichthyosporea Cavalier-Smith, 1998^{[pozn. 2]} – plísňovky

            • Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995 em. 2022
            • Řád Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998
            • Řád Dermocystida Cavalier-Smith, 1998

        • Podkmen Paramycia Cavalier-Smith 2013 em. 2022

          • Třída Cristidiscoidea Cavalier-Smith, 1998 [=Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014^[36]] – nukleárie v širším smyslu

            • Řád Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 – nukleárie v užším smyslu
            • Řád Fonticulida Cavalier-Smith, 1993

      • Kmen Opisthosporidia (Karpov et al. 2014 ex Cavalier-Smith 2020) Cavalier-Smith 2022 (P)^[37]
        • Podkmen Rozellidia Cavalier-Smith 2022

          • Třída Rozellidea Cavalier-Smith 2013 em. 2022

        • Podkmen Aphelidia Cavalier-Smith 2022 – afelidie

          • Třída Aphelidea Gromov 2000

            • Řád Aphelida Cavalier-Smith 2013

        • Podkmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Cavalier-Smith 2022 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)

          • Třída Microsporea Delphy, 1963
          • Třída Metchnikovellea Weiser, 1977 [=Rudimicrosporea Sprague, 1977]

Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998^[13], je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů).

• Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 [=Metazoa Haeckel, 1874] – živočichové

• Říše Fungi Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998^[21][27] – houby (podrobnější systém je uveden v článku Klasifikace hub)

  

  • Podříše Eomycota Cavalier-Smith, 1998^{[pozn. 3]}

    • Kmen Archemycota Cavalier-Smith, 1998
      • Podkmen Chytridiomycotina Cavalier-Smith, 2013 – chytridiomycety

        • Třída Parachytriomycetes Cavalier-Smith, 2022

          • Řád Neocallimastigales Li et al., 1993
          • Řád Monoblepharidales Schröter in Engler & Prantl, 1883

        • Třída Chytridiomycetes Cavalier-Smith, 1998
          • Podtřída Rumpomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013

            • Řád Chytridiales Cohn, 1879
            • Řád Spizellomycetales Barr, 1980
            • Řád Rhizophlyctidales Letcher in Letcher et al., 2007
            • Řád Polychytriales Longcore & Simmons, 2012

      • Podkmen Melanomycotina Cavalier-Smith, 1998
        • Infrakmen Allomycotina Cavalier-Smith, 1998

          • Třída Allomycetes Cavalier-Smith, 1998 [=Blastocladiomycetes James, 2007]

            • Řád Blastocladiales Petersen, 1910
            • Řád Physodermatales Cavalier-Smith, 2013

        • Infrakmen Zygomycotina Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011

          • Třída Zoomycetes Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
            • Podtřída Bolomycetidae Cavalier-Smith, 2013

              • Řád Olpidiales Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Basidiobolales Cavalier-Smith, 1998

            • Podtřída Pedomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012 (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
            • Podtřída Entomomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013 (řád Entomophorales)
          • Třída Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998

            • Řád Archaeosporales C. Walker& A. Schuessler, 2001 [=Geosiphonales Cavalier-Smith, 1998]
            • Řád Diversisporales C. Walker & A. Schuessler, 2004
            • Řád Glomerales J. B. Morton & Benny, 1990 [=Glomales]^[27]
            • Řád Paraglomerales C. Walker & A. Schuessler, 2001
            • Řád Sanchytriales Cavalier-Smith, 2022^[27]

          • Třída Mucoromycetes Doweld, 2001 (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)

  • Podříše Neomycota Cavalier-Smith, 1998 [=Dikarya Hibbett et al., 2007]

    • Kmen Ascomycota Cavalier-Smith, 1978 – houby vřeckovýtrusé
    • Kmen Basidiomycota Moore, 1980 – houby stopkovýtrusé

Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998^[13], byla značně zastaralá a je zde proto uvedena v rozsahu obecnější verze z r. 2004^[15], pokrývající pouze nejvyšší taxony, ale aktualizované a revidované (doplněné o Pararhoda) poslední verzí z r. 2022^[27] (podrobný systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin).

• Říše Plantae Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981 [=Archaeplastida Adl 2005] – rostliny
  • Podříše Biliphyta Cavalier-Smith, 1981 (P)
    • Infraříše Glaucophyta Cavalier-Smith, 1998 [Glaucophyta Skuja 1954; Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986] – glaukofyty
    • Infraříše Rhodaria Cavalier-Smith, 2022
      • Kmen Pararhoda Cavalier-Smith, 2022^[27]
        • Třída Rhodelphea Tikhonenkov, Gawryluk, Mylnikov & Keeling in Gawryluk et al. 2019
          • Řád Rhodelphales Tikhonenkov, Gawryluk, Mylnikov & Keeling in Gawryluk et al. 2019 orth. em. Cavalier-Smith, 2022
        • Třída Picomonadea Seenivasan et al. 2013 em. Cavalier-Smith, 2022 [=Picozoa Seenivasan et al. 2013] – zast. pikomonády
      • Kmen Rhodophyta Wettstein 1901 [Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
  • Podříše Viridaeplantae Cavalier-Smith, 1981 [Chloroplastida Adl et al. 2005; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
    • Infraříše Chlorophyta Cavalier-Smith, 1993 (v širším smyslu, zahrnuje i Streptophyta kromě vyšších rostlin) (P) – zelené řasy
    • Infraříše Cormophyta Endlicher, 1836 stat. n. Cavalier-Smith, 1998 [Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004] – vyšší rostliny

• Říše Chromista Cavalier-Smith 1981^[26][12] (P)^{[pozn. 4]}
  • Podříše Harosa Cavalier-Smith, 2010 [=Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012]
    • Infraříše Halvaria Cavalier-Smith, 2013
      • Nadkmen Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2018 [=Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005]
        • Kmen Gyrista Cavalier-Smith, 1998 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
          • Podkmen Ochrophytina Cavalier-Smith, 1986 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)^{[pozn. 1]}
            • Infrakmen Chrysista Cavalier-Smith, 1991

              • Nadtřída Limnistia Cavalier-Smith, 1996 emend. 2006
                • Třída Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale, 1971
                • Třída Chrysomonadea Saville-Kent, 1881 stat. n. Pascher, 1910 emend. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Chrysophyceae] – zlativky
                • Třída Picophagea Cavalier-Smith, 2006 em. 2018 [=Synchromophyceae Horn et al., 2007]
              • Nadtřída Raphidoistia Cavalier-Smith, 1986 orth. mut. 2006
                • Třída Raphidomonadea Chadefaud ex Silva, 1980
                  • Podtřída Raphidophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 (P) – chloromonády
                  • Podtřída Raphopoda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
              • Nadtřída Fucistia Cavalier-Smith, 1995
                • Třída Chrysomerophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 1995
                • Třída Xanthophyceae Allorge ex Fritsch, 1935 – různobrvky
                • Třída Aurophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Podtřída Aurearenophycidae Kai et al. 2008 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Podtřída Phaeothamniophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 em. 2013 [=Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al., 1998]
                • Třída Phaeophyceae Kjellman, 1891 – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
                  • Podtřída Schizocladiophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=Schizocladiophyceae Henry et al. in Kawai et al., 2003]
                  • Podtřída Melanophycidae Rabenhorst, 1863 stat. n. Cavalier-Smith & Chao, 2006 – chaluhy v užším smyslu (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales)

            • Infrakmen Diatomista Derelle et al. ex Cavalier-Smith, 2018

              • Nadtřída Hypogyrista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006
                • Třída Dictyochophyceae Silva, 1980
                  • Podtřída Pedinellia Cavalier-Smith, 1986 stat. n. 2018 [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia]
                  • Podtřída Pelagophycidae Andersen & Saunders 1993 ex Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006
                  • Podtřída Sulcophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Třída Pinguiophyceae Kawachi et al., 2002
              • Nadtřída Khakista Cavalier-Smith, 2000 stat. n. 2018

                

                • Třída Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet, 1999
                • Třída Diatomeae Dumortier, 1822 stat. n. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Bacillariophyceae] – rozsivky
                  • Podtřída Corethrophycidae Round & Crawford, 1990
                  • Podtřída Rhizosoleniophycidae Round & Crawford, 1990
                  • Podtřída Eucentricophycidae Cavalier-Smith, 2000
                  • Podtřída Bacillariophycidae Pennatia Schütt, 1896 [=Pennatophycidae]

          • Podkmen Bigyromonada Cavalier-Smith, 1998 (P)

            • Třída Developea Aleoshin et al. 2016 ex Cavalier-Smith, 2018 [Biyromonadea Cavalier-Smith (1997) not valid]

              • Řád Developayellida Cavalier-Smith, 1987

            • Třída Pirsonea Cavalier-Smith, 2018

              • Řád Pirsoniida Cavalier-Smith & Chao 2006

          • Podkmen Pseudofungi Cavalier-Smith, 1986

            • Třída Oomycetes Winter in Rabenhorst, 1879 – řasovky, oomycety
            • Třída Hyphochytrea Cavalier-Smith, 1986

        • Kmen Bigyra Cavalier-Smith, 1998 em. 2006
          • Podkmen Opalozoa Cavalier-Smith, 1991 em., stat. n. 2006
            • Infrakmen Placidozoa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013

              • Nadtřída Wobblata Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 stat. n. 2013
                • Třída Placididea Moriya et al., 2002
                • Třída Nanomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Třída Opalomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=MAST-12]
              • Nadtřída Opalinata Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 2006 stat. n. 2013
                • Třída Opalinea Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013 – opalinky
                • Třída Blastocystea Zierdt, 1978

            • Infrakmen Bikosia Cavalier-Smith, 2018

              • Třída Bikosea Cavalier-Smith, 1986 (jakožto Bicosoecea), orth. em. 2013
                • Podtřída Bikosidia Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013 (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida)
                • Podtřída Rictidia Cavalier-Smith, 2013

          • Podkmen Sagenista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006

            • Třída Eogyrea Cavalier-Smith, 2018 (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11)
            • Třída Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986 – labyrintuly

          • Bigyra incertae sedis:

            • Třída Platysulcea Cavalier-Smith, 2018

              • Řád Platysulcida Cavalier-Smith, 2018

      • Nadkmen Alveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 2013
        • Kmen Miozoa Cavalier-Smith, 1987
          • Podkmen Protalveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 1999 em. 2018 (P)^[21]

            • Třída Colponemea Cavalier-Smith, 1993^{[pozn. 5]}

              • Řád Colponemida Cavalier-Smith, 1993
              • Řád Palustrimonadida Cavalier-Smith, 2018

            • Třída Acavomonadea Tikhonenkov et al., 2014

              • Řád Acavomonadida Tikhonenkov et al., 2014

          • Podkmen Myzozoa Cavalier-Smith & Chao, 2004
            • Infrakmen Dinozoa Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2013 em. 2018
              • Parvkmen Perkinsozoa Norén & Moestrup in Norén et al, 1999 em. Cavalier-Smith, 2014 stat. n. 2018

                • Třída Perkinsea Levine, 1878

                  • Řád Acrocoelida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                  • Řád Perkinsida Levine, 1978
                  • Řád Rastrimonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004

                • Třída Squirmidea Cavalier-Smith, 2014

              • Parvkmen Dinoflagellata Bütschli, 1885 stat. n. em. Cavalier-Smith, 2018 – obrněnky
                • Nadtřída Eodina Cavalier-Smith, 2018
                  • Třída Myzodinea Cavalier-Smith, 2018

                    • Řád Myzodinida Cavalier-Smith, 2018

                  • Třída Oxyrrhea Cavalier-Smith, 1987
                • Nadtřída Syndina Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                  • Třída Endodinea Cavalier-Smith, 2018

                    • Řád Ichthyodinida Cavalier-Smith, 2018

                  • Třída Ellobiopsea Loeblich III, 1970
                  • Třída Syndinea Chatton, 1920 stat. n. Loeblich, 1976 em. 2018
                • Nadtřída Dinokaryota Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                  • Třída Peridinea Ehrenberg, 1830
                    • Podtřída Dinophycidae Bourelly, 1970
                      • Infratřída Peridinoidia Poche, 1913 stat. n. Fritsch, 1935
                      • Infratřída Gymnodinoidia Poche, 1913 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2018 [=Gymnodiniphycidae Fensome et al., 1993]
                        • Řád Gymnodiniales Apstein, 1909
                        • Řád Spirodinida Cavalier-Smith, 2018
                      • Infratřída Epidinia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Torodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Podtřída Karlodinia Cavalier-Smith, 2018
                  • Třída Sulcodinea Cavalier-Smith, 2018

                    • Řád Gyrodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Řád Amphidinida Cavalier-Smith, 2018

                  • Třída Noctilucea Haeckel, 1866 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
            • Infrakmen Apicomplexa Levine 1970 em., stat. n. Cavalier-Smith, 2013
              • Parvkmen Apicomonada Cavalier-Smith, 1993 stat. n., em. 2018

                • Třída Apicomonadea Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                  • Podtřída Myzomonadia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004 stat. n., em. 2018
                    • Nadřád Chromovoridia Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Algovorida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                      • Řád Chromerida Moore et al., 2008 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                      • Řád Voracida Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Voromonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                    • Nadřád Paraconoidia Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Colpodellida Cavalier-Smith, 1993
                  • Podtřída Vitrelloidia Cavalier-Smith, 2018

                    • Řád Vitrellida Cavalier-Smith, 2018

              • Parvkmen Sporozoa Leukart, 1879 stat. n. Cavalier-Smith, 2014

                • Třída Paragregarea Cavalier-Smith, 2014
                • Třída Gregarinomorphea Grassé, 1953 em. Cavalier-Smith, 2014 – gregariny/hromadinky
                  • Podtřída Histogregaria Cavalier-Smith, 2014
                  • Podtřída Cryptogregaria Cavalier-Smith, 2014
                  • Podtřída Orthogregarinia Cavalier-Smith, 2014
                • Třída Coccidiomorphea Doflein, 1901 em. Cavalier-Smith, 2014
                  • Podtřída Coccidia Leuckart, 1879 – kokcidie
                  • Podtřída Hematozoa Vivier, 1982 [Aconoidasida Mehlhorn et al., 1980] – krvinkovky

        • Kmen Ciliophora Doflein, 1901 – nálevníci
          • Podkmen Intramacronucleata Lynn, 1996
            • Infrakmen Spirotrichia Cavalier-Smith, 2004 em. 2018

              • Třída Spirotrichea Bütschli, 1889
              • Třída Cariacotrichea Orsi et al., 2011
              • Třída Armophorea Lynn, 2004
              • Třída Litostomatea Small & Lynn, 1981

            • Infrakmen Ventrata Cavalier-Smith, 2004

              • Třída Phyllopharyngea De Puytorac et al., 1974 (včetně Suctoria)
              • Třída Colpodea Small & Lynn, 1981 em. Cavalier-Smith, 2018, včetně Nassophorea Small & Lynn, 1981 jakožto podtřída Nassophoria
              • Třída Prostomatea Shewiakoff, 1896
              • Třída Plagiopylea Small & Lynn, 1985
              • Třída Oligohymenophorea De Puytorac et al., 1984 – chudoblanní

            • Infrakmen Protocruzia Cavalier-Smith, 2018

              • Třída Protocruzea Cavalier-Smith, 2018
                • Podtřída Protocruziidia De Puytorac et al., 1987

          • Podkmen Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976

            • Třída Karyorelictea Corliss, 1974
            • Třída Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví

    • Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 em. 2003^[12]

      • Kmen Cercozoa Cavalier-Smith, 1998 em. 2018 – kořenonožci
        • Podkmen Reticulofilosa Cavalier-Smith, 1997 (P)

          • Třída Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984 (jakožto Chlorarachniophyceae)

            • Řád Chlorarachnida Ishida et al., 1996 (jakožto Chlorarachniales)
            • Řád Minorisida Cavalier-Smith, 2018

          • Třída Granofilosea Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009

            • Řád Cryptofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
            • Řád Desmothoracida Hertwig & Lesser, 1874
            • Řád Leucodictyida Cavalier-Smith, 1993
            • Řád Limnofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009

          • Třída Skiomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012

            • Řád Tremulida Cavalier-Smith & Howe in Howe et al., 2011
            • Řád Aquavolonida Bass et al. 2018

        • Podkmen Monadofilosa Cavalier-Smith, 1997

          • Nadtřída Eoglissa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Oates, 2011 em. Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Metromonadea Cavalier-Smith, 2007

              • Řád Metopiida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003
              • Řád Metromonadida Bass & Cavalier-Smith, 2004

            • Třída Helkesea Cavalier-Smith, 2018

              • Řád Helkesida Cavalier-Smith, 2018

          • Nadtřída Ventrifilosa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012 em. Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 em. 2018
              • Podtřída Paracercomonada Cavalier-Smith, 2018

                • Řád Paracercomonadida Cavalier-Smith, 2018

              • Podtřída Pediglissa Cavalier-Smith, 2018

                • Řád Cercomonadida Poche, 1913 em. Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Glissomonadida Howe et al., 2009
                  • Podřád Allapsina Cavalier-Smith, 2018
                  • Podřád Sandonina Cavalier-Smith, 2018
                  • Podřád Pansomonadina Vickerman in Vickerman et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2018

            • Třída Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Podtřída Placonuda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Nadřád Nudisarca Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Variglissida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
                  • Řád Marimonadida Cavalier-Smith & Bass in Howe et al. 2011
                • Nadřád Euglyphia Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Euglyphida Copeland, 1956 em. Cavalier-Smith, 1987
                  • Řád Zoelucasida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014 (X)
                • Nadřád Discomonada Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Discomonadida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
              • Podtřída Placoperla Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Nadřád Placofila Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Thaumatomonadida Shirkina, 1987
                  • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
                • Nadřád Perlatia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Spongomonadida Hibberd, 1983
                  • Řád Perlofilida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012 (X)
              • Podtřída Krakenia Cavalier-Smith, 2018

                • Řád Krakenida Dumack et al., 2017 ex Cavalier-Smith, 2018

            • Třída Thecofilosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. 2012
              • Podtřída Ventricleftia Cavalier-Smith, 2018

                • Řád Ventricleftida Cavalier-Smith in Howe et al., 2011

              • Podtřída Eothecia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012

                • Řád Matazida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Řád Ebriida Deflandre, 1936
                • Řád Cryomonadida Cavalier-Smith, 1993

              • Podtřída Phaeodaria Haeckel, 1879

                • Řád Eodarida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Řád Opaloconchida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012

              • Podtřída Tectosia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012

                • Řád Tectofilosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
                  • Podřád Fiscullina Cavalier-Smith, 2018

      • Kmen Retaria Cavalier-Smith, 1999 em. 2018
        • Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith, 2002

          • Nadtřída Marimyxia Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Gromiidea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018 (P)

              • Řád Gromiida Claparède & Lachmann, 1856
              • Řád Reticulosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018

            • Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. n. Cavalier-Smith, 2002

              • Řád Claustrosporida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (X)
              • Řád Haplosporida Caullery & Mesnil, 1889 orth. em. Lühe, 1900
              • Řád Mikrocytida Hartikainen et al., 2014
              • Řád Paradinida Cavalier-Smith in Bass et al., 2009
              • Řád Paramyxida Chatton, 1911

          • Nadtřída Proteomyxia Lankester 1885 ex Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Vampyrellidea Cavalier-Smith, 2018

              • Řád Vampyrellida West 1901 ex Cavalier-Smith, 2018 [=Aconchulinida De Saedeleer 1934]

            • Třída Phytomyxea Engler & Prantl, 1897

              • Řád Phagomyxida Cavalier-Smith, 1993
              • Řád Plasmodiophorida Cook, 1928

        • Podkmen Ectoreta Cavalier-Smith, 2018
          • Infrakmen Foraminifera (D’Orbigny 1826) Eichwald, 1830 stat. n. Cavalier-Smith, 2018 – dírkonošci

            • Třída Monothalamea Schultze, 1854
            • Třída Globothalamea Pawlowski et al., 2013
            • Třída Tubothalamea Pawlowski et al., 2013

              • Řád Miliolida Delage & Herouard, 1896 em. Pawlowski et al. 2013
              • Řád Spirillinida Hohenhegger & Piller, 1975 em. Pawlowski et al. 2013

          • Infrakmen Radiozoa Cavalier-Smith, 1987 em. stat. n. 2018

            • Třída Polycystinea Ehrenberg, 1838 stat. n. Cavalier-Smith, 1993

              • Řád Collodarida Haeckel, 1881 (jakožto Collodaria)
              • Řád Nassellaria Ehrenberg, 1875
              • Řád Spumellaria Ehrenberg, 1875

            • Třída Acantharea Haeckel, 1881 stat. n. Cavalier-Smith, 1993

              • Řád Arthracanthida Schewiakoff, 1926 (včetně Symphyacanthida)
              • Řád Chaunacanthida Schewiakoff, 1926
              • Řád Holacanthida Schewiakoff, 1926
              • Řád Acanthoplegmida Rechetniak, 1981 (X)

          • Infrakmen Sticholonchia Cavalier-Smith, 2018

            • Třída Sticholonchea Poche, 1913 stat. n. Petruschevskaya, 1977

              • Řád Taxopodida Fol, 1883

    • Infraříše Telonemia Cavalier-Smith, 2022^[27]

      • Kmen Telonemia Shalchian-Tabrizi et al. 2006

        • Třída Telonemea Cavalier-Smith 1993

  • Podříše Hacrobia Okamoto et al. ex Cavalier-Smith, 2010 (P)^[38][42][24]

    • Kmen Cryptista Cavalier-Smith, 1989 em. 2015
      • Podkmen Rollomonadia Cavalier-Smith, 2013

        • Nadtřída Cryptomonada Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015
          • Třída Cryptophyceae Fritsch in West & Fritsch, 1927
          • Třída Goniomonadea Cavalier-Smith, 1993
        • Nadtřída Leucocrypta Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015 [=Kathablepharida Cavalier-Smith, 1993 (jakožto řád)]
          • Třída Leucocryptea Cavalier-Smith, 2004

      • Podkmen Palpitia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012

        • Třída Palpitea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012

      • Podkmen Endohelia Cavalier-Smith, 2022^[27]

        • Nadtřída Endohelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
          • Třída Endohelea Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012 em. Cavalier-Smith, 2022

            • Řád Microhelida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
            • Řád Axomonadida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012

    • Kmen Haptista Cavalier-Smith, 2003 stat. n. 2015
      • Podkmen Haptophytina Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015 [≈Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986]^[43]

        • Třída Coccolithophyceae Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951 [=Prymnesiophyceae Hibberd em. Cavalier-Smith, 1996] – kokolitky
        • Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986
        • Třída Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis, 2015 – rappemonády

      • Podkmen Heliozoa Haeckel 1866 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2015

        • Třída Centrohelea Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993 [=Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987] – centrohelidní slunivky

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”^[44] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2020) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:

• Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea^[4] (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád^[21][45]) a Diaphoretickes^[4] (obdobná dříve zavedené skupině Corticata^[46][47]).
• Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) ^[48], neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu není dosud přesvědčivě rozhodnuto.
• Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly,^[49][47] ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas.^{[2][pozn. 6]}
• Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),^[4][50][51] namíslo skupiny Hacrobia^{[52][53][54][50]} s nedostatečně potvrzenou přirozeností^{[pozn. 7]} uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu),^[24][2] a to podle aktuálních (2020) představ o jejich přirozeném postavení, tedy Cryptista jako sesterskou skupinu k Archaeplastida a Haptista jako sesterskou k TSAR.^[57][58]

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.^[121][48]

V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:

• Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.^[122] Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba).^[123] Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.^[124] Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti^[48], nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.^{[125][pozn. 25]} Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády), jak ukazuje první schéma vpravo.

• Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty,^[18][12] vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády^[21][34]). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie^[126] a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
• Dle starší překonané hypotézy bylo uvažováno umístění eukaryotického kořene v metamonádách^[127]; k podobné pozici došla i nová (2023) hypotéza, která předpokládá sériálovou endosymbiózu mitochondrie: nejprve došlo k endosymbióze γ- a/nebo δ-proteobakterie, ze které vznikly mitochondriím podobné organely jako hydrogenozomy a mitozomy, ty byly později (po oddělení linií Parabasalia, Fornicata a Preaxostyla) nahrazeny endosymbiotickou α-proteobakterií schopnou buněčného dýchání, ze které vznikla mitochondrie.^[128]
• Jako spíše překonané je možno považovat umístění eukaryotického kořene uvnitř Discoba na větvi k jakobidům^[129].

Určitou analytickou podporu nalezly některé další hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:

• Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida.^[130] Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.^[48]
• Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami^[118] byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin,^[131] i novější (2022) fylogenomickou analýzou 2 786 genů ve 158 eukaryotických liniích.^[132] Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.^[48]
• Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta)^[133]. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělení eukaryot.^[123] Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií^[120], ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.^[48]