Klasifikace rostlin

Klasifikace rostlin (Archeaplastida), zejména nižších zelených rostlin („zelených řas“) prošla v posledních desetiletích, podobně jako klasifikace nadřazené úrovně Eukaryota, důkladnou revizí na základě fylogenetických studií, které pomohly odhalit vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých taxonů.

Změnilo se vymezení tradiční rostlinné říše (sinice byly přeřazeny do domény Bacteria, většina „barevných řas“ byla přeřazena do říše Chromista, krásnoočka do říše Excavata).

Do rostlin patří dle současných představ 3 hlavní vývojové linie – glaukofyty, ruduchy a zelené rostliny. Recentní ruduchy pak mají dvě vývojové větve – Cyanidiophyta a Rhodophyta v užším smyslu. Zelené rostliny mají taktéž dvě vývojové větve, z nichž jedna je tvořena pouze zelenými řasami (Chlorophyta), zatímco do druhé (Streptophyta) spadají vedle řas i vyšší rostliny. V roce 2019 byla objevena nepočetná čtvrtá základní, ruduchám blízká, vývojová linie – Rhodelphidia, tvořená volně pohyblivými jednobuněčnými predátory, kteří ztratili schopnost fotosyntézy.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]; k většině taxonů mořských řas však z pochopitelných důvodů nepotřebnosti české ekvivalenty chybějí.

Systém

Níže uvedený systém dobře navazuje např. na uznávané systémy eukaryot (a protože obsahuje aspoň ve své části i taxonomické úrovně, vhodně rozšiřuje například Systém dle Cavaliera-Smithe).

Říše: PLANTAE=ARCHAEPLASTIDA[pozn. 1]

  • Podříše: Glaucophyta=Glaucocystophyta – glaukofyty (někdy též „modrozelené řasy“)
  • Podříše: Rhodophyta – ruduchy (zastarale „červené řasy“)
  • Podříše: Viridiplantae=Chloroplastida – zelené rostliny
  • Kmen: Rhodelphidia

Glaucophyta jsou nepočetnou skupinou (3 rody: Cyanophora, Glaucocystis, Gloeochaete) nevyžadující podrobné členění. Rhodelphidia mají pouze jediný rod Rhodelphis; jakožto predátoři bez schopnosti fotosyntézy se zpravidla klasifikují jako samostatný protistní kmen). Ruduchy již mají poměrně ustálený systém, představený v jim věnovaném článku. Dříve byly glaukofyty a ruduchy řazeny do společné podříše Biliphyta, molekulární analýzy však ukázaly bližší příbuznost ruduch a zelených rostlin, a proto přestal být taxon Biliphyta v tomto smyslu používán.[pozn. 2]

Tento článek se proto soustředí na zelené rostliny, a to zejména na jejich fylogenetický základ – tedy tzv. „nižší rostliny“. Dvě fylogenetické větve zelených rostlin — Chlorophyta a Streptophyta — jsou v tomto systému označené jako infraříše. Systematika řas byla tradičně zkoumána odděleně od systematiky vyšších rostlin (o čemž svědčí i odlišné přípony názvů tříd a podtříd), což v současnosti přináší jisté problémy v návaznosti obou klasifikací, má-li se důsledně dodržovat hledisko fylogenetického původu a příbuznosti. Klasifikace vyšších rostlin je proto pouze naznačena a podrobné zpracování ponecháno na samostatných článcích.

Ruduchy

Jeden z používaných systémů, podle Saunderse, drobně aktualizovaný:[3][4][5]

  • kmen: Cyanidiophyta
    • třída: Cyanidiophyceae
  • kmen: Rhodophyta sensu stricto
    • podkmen: Metarhodophytina
      • třída: Compsopogonophyceae
      • třída: Porphyridiophyceae
      • třída: Stylonematophyceae
    • podkmen: Rhodellophytina
      • třída: Rhodellophyceae
    • podkmen: Eurhodophytina
      • třída: Bangiophyceae
      • třída: Florideophyceae
        • podtřída: Ahnfeltiophycidae
        • podtřída: Corallinophycidae
        • podtřída: Hildenbrandiophycidae
        • podtřída: Nemaliophycidae
        • podtřída: Rhodymeniophycidae

„Zelené řasy“

Následující systém zelených řas včetně naznačené návaznosti vyšších rostlin je zpracován podle databáze AlgaeBase[6], která je odborníky na fykologii průběžně aktualizována a proto odráží současné poznatky o příbuznosti jednotlivých skupin. Zatím v systému přetrvává parafyletická třída Prasinophyceae.

Jsou zohledněny i některé nově definované taxony, do databáze dosud nezahrnuté.[7] Systém tak odráží stav aktuální přibližně k začátku roku 2013 s některými aktualizacemi k r. 2016 (s řádkovými referencemi).

  • Infraříše/kmen: Chlorophyta
    • Třída: Bryopsidophyceae
      • Řád: Bryopsidales
        • Čeledi: Bryopsidaceae, Caulerpaceae, Chaetosiphonaceae, Codiaceae, Derbesiaceae, Dichotomosiphonaceae, Halimedaceae, Ostreobiaceae, Pseudocodiaceae, Rhipiliaceae, Udoteaceae
    • Třída: Dasycladophyceae
      • Řád: Dasycladales
        • Čeledi: Dasycladaceae, Polyphysaceae
    • Třída: Pedinophyceae
      • Řád: Pedinomonadales
        • Čeleď: Pedinomonadaceae
      • Řád: Scourfieldiales
        • Čeleď: Scourfieldiaceae
    • Třída: Pleurastrophyceae
      • Řád: Pleurastrales
        • Čeleď: Pleurastraceae
    • Podkmen: Prasinophytina
      • Třída: Chloropicophyceae[8]
        • Řád: Chloropicales
          • Čeleď: Chloropicaceae
      • Třída: Mamiellophyceae
        • Řád: Dolichomastigales
          • Čeledi: Crustomastigaceae, Dolichomastigaceae
        • Řád: Mamiellales
          • Čeledi: Bathycoccaceae, Mamiellaceae
        • Řád: Monomastigales
          • Čeleď: Monomastigaceae
      • Třída: Nephroselmidophyceae
        • Řád: Nephroselmidales
          • Čeleď: Nephroselmidaceae
      • Třída: Palmophyllophyceae[9]
        • Řád: Palmophyllales
          • Čeleď: Palmophyllaceae
        • Řád: Prasinococcales
          • Čeleď: Prasinococcaceae
      • Třída: Prasinodermophyceae B. Marin & Melkonian 2020[10]
        • Řád: Prasinodermales B. Marin & Melkonian 2020[10]
          • Čeleď: Prasinodermaceae B. Marin & Melkonian 2020[10]
      • Třída: (Prasinophyceae)
        • Řád: Pseudoscourfieldiales
          • Čeleď: Pycnococcaceae
        • Řád: Pyramimonadales
          • Čeledi: Polyblepharidaceae, Pterospermataceae, Pyramimonadaceae
        • incertae sedis Prasinophyceae
          • Čeleď: Pterosphaeridiaceae
      • Třída: Picocystophyceae[8]
        • Řád: Picocystales
          • Čeleď: Picocystaceae
    • Podkmen: Tetraphytina
      • Třída: Chlorodendrophyceae
        • Řád: Chlorodendrales
          • Čeledi: Chlorodendraceae, Halosphaeraceae
      • Třída: Chlorophyceae – zelenivky
        • Řád: Chaetopeltidales
          • Čeleď: Chaetopeltidaceae
        • Řád: Chaetophorales
          • Čeledi: Aphanochaetaceae, Barrancaceae[11], Chaetophoraceae, Schizomeridaceae, Uronemataceae[11]
        • Řád: Chlamydomonadales
          • Čeledi: Chlamydomonadaceae, Haematococcaceae
        • Řád: Chlorococcales
          • Čeledi: Actinochloridaceae, Characiosiphonaceae, Chlorochytriaceae, Chlorococcaceae, Coccomyxaceae, Cylindrocapsaceae, Dictyosphaeriaceae, Endosphaeraceae, Golenkiniaceae, Hormotilaceae, Hypnomonadaceae, Micractiniaceae, Nautococcaceae, Protosiphonaceae, Rhopalosolenaceae, Scotiellocystoidaceae, Sorastraceae, Sphaerodictyaceae, Sphaeropleaceae, Treubariaceae
        • Řád: Dunaliellales
          • Čeledi: Asteromonadaceae, Dunaliellaceae, Raciborskiellaceae
        • Řád: Microsporales
          • Čeleď: Microsporaceae
        • Řád: Oedogoniales
          • Čeleď: Oedogoniaceae
        • Řád: Sphaeropleales
          • Čeledi: Ankistrodesmaceae, Bracteacoccaceae, Characiaceae, Chlorosarcinaceae, Hydrodictyaceae, Neochloridaceae, Radiococcaceae, Scenedesmaceae, Selenastraceae
        • Řád: Tetrasporales
          • Čeledi: Characiochloridaceae, Chlorangiellaceae, Gloeocystaceae, Gloeodendraceae, Palmellaceae, Palmellopsidaceae, Sphaerocystidaceae, Tetrasporaceae
        • Řád: Volvocales
          • Čeledi: Carteriaceae, Dangeardinellaceae, Goniaceae, Phacotaceae, Spondylomoraceae, Tetrabaenaceae, Volvocaceae
        • incertae sedis Chlorophyceae
          • Čeledi: Chlorangiopsidaceae, Tetracystaceae
      • Třída: Siphonocladophyceae
        • Řád: Siphonocladales
          • Čeledi: Boodleaceae, Siphonocladaceae, Valoniaceae
      • Třída: Trebouxiophyceae
        • Řád: Chlorellales
          • Čeledi: Chlorellaceae, Ctenocladaceae, Eremosphaeraceae, Leptosiraceae, Oocystaceae
        • Řád: Ctenocladales
          • Čeleď: Ctenocladaceae
        • Řád: Microthamniales
          • Čeleď: Microthamniaceae
        • Řád: Prasiolales
          • Čeledi: Koliellaceae, Prasiolaceae
        • Řád: Trebouxiales
          • Čeledi: Botryococcaceae, Choricystidaceae, Trebouxiaceae
      • Třída: Ulvophyceae
        • Řád: Cladophorales
          • Čeledi: Anadyomenaceae, Cladophoraceae, Okellyaceae, Pithophoraceae, Pseudocladophoraceae, Wittrockiellaceae
        • Řád: Oltmannsiellopsidales
          • Čeleď: Oltmannsiellopsidaceae
        • Řád: Scotinosphaerales[7]
          • Čeleď: Scotinosphaeraceae
        • Řád: Trentepohliales
          • Čeleď: Trentepohliaceae
        • Řád: Ulotrichales
          • Čeledi: Borodinellaceae, Chlorocystidaceae, Collinsiellaceae, Gayraliaceae, Gloeotilaceae, Gomontiaceae, Ulotrichaceae
        • Řád: Ulvales
          • Čeledi: Bolbocoleonaceae, Capsosiphonaceae, Cloniophoraceae, Jaoaceae, Kornmanniaceae, Phaeophilaceae, Ulvaceae, Ulvellaceae
  • Infraříše: Streptophyta[pozn. 3]
    • Kmen: Charophyta
      • Třída: Charophyceae
        • Řád: Charales – parožnatky
          • Čeledi: Aclistocharaceae, Characeae, Clavatoraceae, Porocharaceae
      • Třída: Chlorokybophyceae[13]
        • Řád: Chlorokybales[13]
        • Čeleď: Chlorokybaceae[13]
      • Třída: Coleochaetophyceae
        • Řád: Coleochaetales
        • Čeleď: Coleochaetaceae
      • Třída: Klebsormidiophyceae
        • Řád: Klebsormidiales
          • Čeledi: Elakatotrichaceae, Klebsormidiaceae
      • Třída: Mesostigmatophyceae
        • Řád: Chaetosphaeridiales
          • Čeleď: Chaetosphaeridiaceae
        • Řád: Mesostigmatales
          • Čeleď: Mesostigmataceae
      • Třída: Zygnematophyceae – spájivky
        • Řád: Desmidiales
          • Čeledi: Closteriaceae, Desmidiaceae, Gonatozygaceae, Peniaceae
        • Řád: Zygnematales
          • Čeledi: Mesotaeniaceae, Zygnemataceae
    • Kmen: Embryophyta

Jiný alternativní přístup klasifikace, nepoužívající klasické taxonomické ranky, nabízí systém dle Adla a kol.

„Vyšší rostliny“

Podrobnější informace naleznete v článku Vyšší rostliny.

Členění vyšších rostlin není ustálené, co se týče biologických ranků. Zpravidla jsou jejich skupiny označovány jako oddělení – což je i případ wikipedie. U některých systémů se však systematika pokouší navázat na jiné botanické systémy, ve kterých již sama Embryophyta mají úroveň vyšší či, mnohem častěji, nižší. Příkladem může být snaha navázat systém krytosemenných rostlin APG III na nižší cévnaté rostliny: V návrhu Chase a Reveala je celá skupina odpovídající embryofytům postavena na úroveň třídy, pro kterou je navrženo jméno Equisetopsida, a tradiční oddělení mají úroveň podtříd.[14] Christenhusz a kol. v tomto smyslu rozpracovali a aktualizovali systém recentních kapraďorostů[15][16] a nahosemenných[17].


Následující přehled je proto úmyslně bez taxonomických ranků a jednotlivé skupiny uvádí pod jmény zakončenými tradiční příponou oddělení (-phyta), případně třídy (-opsida), pod kterými zpravidla vystupují v samostatných článcích wikipedie. Nadřazenost je vyjádřena pouhým odsazením. Závorkou vyznačené „tradiční“ skupiny v mnoha moderních systémech jako samostatné klasifikační úrovně nevystupují a fylogenetickou analýzou není dostatečně potvrzena jejich monofyletičnost či je dokonce naznačena jejich parafyletičnost.

Fylogenetické stromy

Pomocí fylogenetických stromů lze vhodně zobrazit současné představy o původu a příbuznosti jednotlivých linií rostlin. U recentních druhů pak mohou být podpořeny molekulárními analýzami jaderného a mitochondriálního genomu.

Navíc je v níže uvedených stromech naznačen původ sekundárních a terciárních plastidů v souladu s endosymbiotickou teorií.

Bazální větvení a ruduchy

Současné (začátek r. 2013) představy o fylogenetické příbuznosti základních rostlinných skupin[19] i ruduch[5][20] jsou poměrně ustálené:

Archaeplastida
 

Glaucophyta

 
 
ruduchy
 

Cyanidiophyceae

 
 
 
 
 

Compsopogonophyceae

 
 

Stylonematophyceae

 
 
 

Porphyridiophyceae

 
 
 
 

Rhodellophyceae

 
 
 
[21]

plastid chromist

 
 

Bangiophyceae

 
 
Florideophyceae
 

Hildenbrandiophycidae

 
 
 

Nemaliophycidae

 
 
 

Corallinophycidae

 
 
 

Ahnfeltiophycidae

 
 

Rhodymeniophycidae

 
 
 
 
 
 
 
 
 
zelené_rostliny

►

 
 
 

Některé novější analýzy naznačují, že by se uvnitř superskupiny Archaeplastida mohly odvětvovat skrytěnky a jim blízce příbuzná chromistní eukaryota.[22] Potvrzení takové hypotézy by si vyžádalo revizi nejen výše uvedeného schématu (ruduchy by pak mohly být bazální větví), ale i celého fylogenetického stromu kortikátní linie eukaryot.

Stromy zelených rostlin

Strom „nižších rostlin“

Nadále problematické zůstává bazální větvení skupiny Chlorophyta a dále korunových skupin u Streptophyta.[23][24][25] Na bázi chlorofyt se podle studií z r. 2016 a 2020 pravděpodobně nejdříve odvětvují třídy Palmophyllophyceae[9] a Prasinodermophyceae[10]; podle některých studií dokonce společně tvoří bazální linii zelených rostlin (klasifikovanou jako třetí kmen zelených rostlin, Prasinodermophyta), odvětvující se ještě před rozdělením na Chlorophyta a Streptophyta.[10][26][27][28] Co se týká korunových streptofyt, i na základě rozsáhlých aktuálních fylogenetických analýz dlouho nebylo rozhodnuto, která ze skupin Coleochaetophyceae, Charophyceae a Zygnematophyceae je sesterskou k vyšším rostlinám.[23][25][29][30][31][32] Fylogenetické analýzy se stále větší robustností podporovaly hypotézu, podle které jsou sesterskou skupinou embryofyt Zygnematophyceae samotní nebo ve společném kladu s Coleochaetophyceae,[33][34] až ve 20. letech 21. století převládla první hypotéza a pro společný klad spájivek a embryofyt bylo navrženo jméno Anydrophyta.[35]

Fylogenetické stromy ukazují nepřirozenost některých stále používaných taxonů. Např. z parafyletických prasinofyt (Prasinophytina) bylo již dříve vyčleněno několika linií, jako monofyletickou ji však nelze v molekulárních analýzách identifikovat ani v minimalizovaném rozsahu (Prasinophyceae = Prasinococcales + Pycnococcaceae + Pyramimonadales), uváděném např. v systému dle Adla a kol. Nové analýzy také ukazují na bazálnější postavení Chlorellales (tradičně v Trebouxiophyceae), možná jako sesterské skupiny Pedinophyceae.[36]

zelené_rostliny
Chlorophyta
(Prasinodermophyta)[pozn. 4]
Palmophyllophyceae
 

Palmophyllales

 
 

Prasinococcales

 
 
Prasinodermophyceae

Prasinodermales

 
 
(Chlorophyta s.s.)[pozn. 4]
 
 
[23]

plastid krásnooček

 
 

Pyramimonadales

 
 
Mamiellophyceae
 

Monomastigales

 
 
 

Dolichomastigales

 
Mamiellales
 

Bathycoccaceae

 
 

Mamiellaceae

 
 
 
 
 
 
 
 

Nephroselmidophyceae

 
 

Pycnococcaceae

 
 
 
 

Picocystophyceae[8]

 
 
 

Chloropicophyceae[8]

 
 
(P)
 

Pedinophyceae

 
 

Chlorellales[36]

 
 
 
 

Chlorodendrophyceae

 
[23]

plastid obrněnek rodu Lepidodinium

 
 
 
Trebouxiophyceae[36]
 
 

klad Pleurastrosarcina

 
 
 
 

klad Prasiola (Pabia, Prasiola, Raphidonema, Rosenvingiella, Stichococcus)

 
 

klad Parietochloris

 
 
 
 
 

Microthamniales

 
 

klad Xylochloris (Leptosira, Xylochloris)

 
 
 
 

Trebouxiales

 
 
 

klad Lobosphaera

 
 
 
 

klad Choricystis (Botryococcus, Choricystis)

 
 

klad Elliptochloris (Coccomyxa, Elliptochloris, Paradoxia)

 
 
 

klad Watanebea (Dictyochloropsis, Wataneba)

 
 
 
 
 
 
 
 
 

klad Geminella (Geminella, Gloeotilopsis)

 
 

klad Oocystis (Oocystis, Planctonema)

 
 
 
 
Ulvophyceae
 
 

klad Ignatius (Ignatius, Pseudocharacium)

 
 
[23]

plastid chlorarachniofyt rodu Bigelowiella

 
 

Oltmannsiellopsidales

 
 
 

Scotinosphaerales

 
 
 

Ulotrichales

 
 

Ulvales + Bolbocoleon + Phaeophila

 
 
 
 
 
klad "BCDT"
 
 

Cladophorales + Blastophysa

 
 
 

Bryopsidales

 
 

Dayscladales

 
 
 
 

Trentepohliales

 
 
 
Chlorophyceae
 
 

Sphaeropleales

 
 

Chlamydomonadales

 
 
 
 

Chaetopeltidales

 
 

Chaetophorales

 
 

Oedogoniales

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Streptophyta
[37]
 

Mesostigmatales

 
 

Chlorokybales

 
 
 
 

Klebsormidiophyceae

 
Phragmoplastophyta
 

Charophyceae

 
[34]
 

Coleochaetophyceae

 
Anydrophyta[35]
Zygnematophyceae

►

 
Embryophyta

►

 
 
 
 
 
 
 

Strom „vyšších rostlin“

Současné (k r. 2020) představy o fylogenetickém stromu recentních vyšších rostlin lze zobrazit následovně:[38][39][40][41][42][43][44][45][46][47][48]

Embryophyta
mechorosty
 

Anthocerotophyta – hlevíky

 
Setaphyta
Bryophyta – mechy

►

 
 

Marchantiophyta – játrovky

 
 
 
Tracheophyta
 

Lycopodiophyta – plavuně

 
Euphyllophyta
Monilophyta
 

Equisetopsida – přesličky

 
Polypodiopsida – kapradiny

►

 
 
Spermatophyta
nahosemenné
 
Cycadales – cykasotvaré
 

Cycadaceae – cykasovité

 
 

Zamiaceae – kejákovité[pozn. 5]

 
 
 

Ginkgoales – jinanotvaré

 
 
Coniferophyta – jehličnany[pozn. 9]
 
Gnetales – liánovcotvaré
 

Ephedraceae – chvojníkovité

 
 
 

Gnetaceae – liánovcovité

 
 

Welwitschiaceae – welwitschiovité

 
 
 
Pinales – borovicotvaré

Pinaceae - borovicovité

 
 
Cupressales – cypřišotvaré[pozn. 8]
 
 

Araucariaceae – blahočetovité

 
 

Podocarpaceae – nohoplodovité

 
 
 
 

Sciadopityaceae – pajehličníkovité

 
 
 

Cupressaceae – cypřišovité[pozn. 6]

 
 

Taxaceae – tisovité[pozn. 7]

 
 
 
 
 
 
krytosemenné

►

 
 
 
 
 

Poznámky

  1. ↑ Plantae se mohou svým vymezením lišit; ve starších vymezeních obsahovala tato říše i fotosyntetizující chromisty a ještě dříve i houby a sinice, novější vymezení do nich zpravidla (na rozdíl od fylogeneticky přirozeně vymezených Archaeplastida) neřadí predátorská nefotosyntetizující Rhodelphidia.
  2. ↑ V současnosti se název Biliphyta někdy nevhodně používá jako synonymum pro nepočetnou skupinu chromistních mořských heterotrofních eukaryot Picozoa (dříve považovaných za autotrofní řasy a nazývaných Picobiliphyta či pouze Biliphyta).[2]
  3. ↑ V některých systémech, např. v systému dle Adla a kol. z r. 2012, je tato infraříše nazývána Charophyta a termín Streptophyta je použit pro hypoteticky přirozenou skupinu tvořenou parožnatkami (Charales) a vyššími rostlinami (Embryophyta).[12]
  4. ↑ a b Podle některých studií tvoří společný klad Palmophyllophyceae a Prasinodermophyceae bazální linii zelených rostlin (klasifikovanou jako třetí kmen zelených rostlin, Prasinodermophyta), odvětvující se ještě před rozdělením na Chlorophyta a Streptophyta.[10]
  5. ↑ v širším smyslu včetně někdejší čeledi Stangeriaceae - stangeriovité
  6. ↑ v širším smyslu včetně někdejší čeledi tisovcovitých (Taxodiaceae)
  7. ↑ v širším smyslu včetně někdejší čeledi hlavotisovitých (Cephalotaxaceae)
  8. ↑ v širším smyslu včetně části někdejšího řádu Araucariales
  9. ↑ v širším smyslu včetně liánovcotvarých

Reference

  1. ↑ BioLib – Archaeplastida
  2. ↑ NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253–255. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky) 
  3. ↑ SAUNDERS, Gary W.; HOMMERSAND, Max H. Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. S. 1494–1507. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004 [cit. 2013-04-03]. Svazek 91, čís. 10, s. 1494–1507. Dostupné v archivu pořízeném dne 2009-12-05. PDF [1]. ISSN 1537-2197. (anglicky) 
  4. ↑ LE GALL, Line; SAUNDERS, Gary W. A nuclear phylogeny of the Florideophyceae (Rhodophyta) inferred from combined EF2, small subunit and large subunit ribosomal DNA: Establishing the new red algal subclass Corallinophycidae. Molecular Phylogenetics and Evolution. 26. listopad 2006, svazek 43, čís. 3, s. 1118–1130. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2006.11.012. PMID 17197199. (anglicky) 
  5. ↑ a b Hwan Su Yoon, K. M. Müller, R. G. Sheath, F. D. Ott, D. Bhattacharya. Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). Journal of Phycology. 3. duben 2006, svazek 42, čís. 2, s. 482–492. Dostupné online [abstrakt, cit. 2010-01-21]. ISSN 0022-3646. DOI 10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x. (anglicky) 
  6. ↑ AlgaeBase: Plantae
  7. ↑ a b ŠKALOUD, Pavel; KALINA, Tomáš; NEJMOVÁ, Katarína, De CLERK, Olivier; LELIAERT, Frederik. Morphology and phylogenetic position of the freshwater green microalgae Chlorochytrium (Chlorophyceae) and Scotinosphaera (Scotinosphaerales, ord. nov., Ulvophyceae). S. 115–129. Journal of Phycology [online]. 10. leden 2013. Svazek 49, čís. 1, s. 115–129. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1529-8817. DOI 10.1111/jpy.12021. (anglicky) 
  8. ↑ a b c d LOPES DOS SANTOS, Adriana; POLLINA, Thibaut; GOURVIL, Priscillia; CORRE, Erwan; MARIE, Dominique; GARRIDO, José Luis; RODRÍGUEZ, Francisco. Chloropicophyceae, a new class of picophytoplanktonic prasinophytes. Scientific Reports [online]. Springer Nature Limited, 2017-10-25, rev. 2020-04-17 [cit. 2021-03-10]. Svazek 7: 14019. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. Dále dostupné na: [4]. ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/s41598-017-12412-5. PMID 29070840. (anglicky) 
  9. ↑ a b LELIAERT, Frederik; TRONHOLM, Ana; LEMIEUX, Claude; TURMEL, Monique; DEPRIEST, Michael S.; BHATTACHARYA, Debashish; KAROL, Kenneth G., FREDERICQ, Suzanne; ZECHMAN, Frederick W.; LOPEZ-BAUTISTA, Juan M. Chloroplast phylogenomic analyses reveal the deepest-branching lineage of the Chlorophyta, Palmophyllophyceae class. nov.. S. 1–13. Scientific Reports [online]. 9. květen 2016. Svazek 6: 25367, s. 1–13. Dostupné online. PDF [5]. Dále dostupné na: [6]. ISSN 2045-2322. DOI 10.1038/srep25367. PMID 27157793. (anglicky) 
  10. ↑ a b c d e f LI, Linzhou, et al. The genome of Prasinoderma coloniale unveils the existence of a third phylum within green plants. S. 1220–1231. Nature Ecology & Evolution [online]. Springer Nature Limited, 2020-06-22 [cit. 2022-05-10]. Roč. 4, čís. 9, s. 1220–1231. Dostupné online. ISSN 2397-334X. DOI 10.1038/s41559-020-1221-7. PMID 32572216. (anglicky) 
  11. ↑ a b CAISOVÁ, Lenka; REYES, Carolina Pérez; ÁLAMO, Virginia Cruz; QUINTANA, Antera Martel; SUREK, Barbara; MELKONIAN, Michael. Barrancaceae: A new green algal lineage with structural and behavioral adaptations to a fluctuating environment. S. 1482–1492. American Journal of Botany [online]. 7. září 2015 [cit. 2016-11-22]. Svazek 102, čís. 9, s. 1482–1492. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-06-23. PDF [7]. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500199. PMID 26391710. (anglicky) 
  12. ↑ ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429–514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429–514. Dostupné online. PDF [8]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky) 
  13. ↑ a b c IRISARRI, Iker; DARIENKO, Tatyana; PRÖSCHOLD, Thomas; FÜRST-JANSEN, Janine M. R.; JAMY, Mahwash; DE VRIES, Jan. Unexpected cryptic species among streptophyte algae most distant to land plants. Proceedings of the Royal Society B [online]. 2021-11-24 [cit. 2021-12-15]. Roč. 288, čís. 1963: 20212168. Dostupné online. Dostupné také na: [9]. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2021.2168. PMID 34814752. (anglicky) 
  14. ↑ CHASE, Mark W.; REVEAL, James L. A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III. S. 122–127. Botanical Journal of the Linnean Society [online]. 8. říjen 2009. Svazek 161, čís. 2, s. 122–127. Dostupné online. ISSN 1095-8339. DOI 10.1111/j.1095-8339.2009.01002.x. (anglicky) 
  15. ↑ CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; ZHANG, Xian-Chun; SCHNEIDER, Harald. A linear sequence of extant families and genera of lycophytes and ferns. S. 7–54. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 7–54. Dostupné online. PDF [10]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  16. ↑ CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; SCHNEIDER, Harald. Corrections to Phytotaxa 19: Linear sequence of lycophytes and ferns. S. 50–52. Phytotaxa [online]. 14. září 2011. Čís. 28, s. 50–52. Dostupné online. PDF [11]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  17. ↑ CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; REVEAL, James L.; FARJON, Aljos, GARDNER, Martin F.; MILL, Robert R.; CHASE, Mark W. A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. S. 55–70. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 55–70. Dostupné online. PDF [12]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  18. ↑ MAARTEN J. M. CHRISTENHUSZ; MARK W. CHASE. Trends and concepts in fern classification. S. 571–594. Annals of Botany [online]. 13. únor 2014. Svazek 113, čís. 4, s. 571–594. Dostupné online. ISSN 1095-8290. DOI 10.1093/aob/mct299. (anglicky) 
  19. ↑ RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. htm [13]. PDF [14]. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. PMID 16051178. (anglicky) 
  20. ↑ VERBRUGGEN, Heroen; MAGGS, Christine A.; SAUNDERS, Gary W., Line Le Gall, Hwan Su Yoon, Olivier De Clerck. Data mining approach identifies research priorities and data requirements for resolving the red algal tree of life. S. 1–40. BMC Evolutionary Biology [online]. 20. leden 2010. Svazek 10, čís. 16, s. 1–40. Dostupné online. PDF [15]. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-10-16. (anglicky) 
  21. ↑ HOEF-EMDEN, Kerstin; MARIN, Birger; MELKONIAN, Michael. Nuclear and Nucleomorph SSU rDNA Phylogeny in the Cryptophyta and the Evolution of Cryptophyte Diversity. S. 161–179. Journal of Molecular Evolution [online]. Srpen 2002. Svazek 55, čís. 2, s. 161–179. Dostupné online. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2313-5. (anglicky) 
  22. ↑ BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky) 
  23. ↑ a b c d e LELIAERT, Frederik; SMITH, David R.; MOREAU, Hervé, HERRON, Matthew D.; VERBRUGGEN, Heroen; DELWICHE, Charles F.; De CLERCK, Olivier. Phylogeny and molecular evolution of the green algae. S. 1–46. Critical Reviews in Plant Sciences [online]. 14. únor 2012. Svazek 31, s. 1–46. Dostupné online. PDF [16]. ISSN 1549-7836. DOI 10.1080/07352689.2011.615705. (anglicky) 
  24. ↑ LAURIN-LEMAY, Simon; BRINKMANN, Henner; PHILIPPE, Hervé. Origin of land plants revisited in the light of sequence contamination and missing data. S. R593-R594. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. R593-R594. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.06.013. PMID 22877776. (anglicky) 
  25. ↑ a b TIMME, Ruth E.; BACHVAROFF, Tsvetan R.; DELWICHE, Charles F. Broad Phylogenomic Sampling and the Sister Lineage of Land Plants. S. 1–8. PLoS ONE [online]. 13. leden 2012. Svazek 7, čís. 1: e29696, s. 1–8. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0029696. PMID 22253761. (anglicky) 
  26. ↑ PIGANEAU, Gwenael. A planktonic picoeukaryote makes big changes to the green lineage. S. 1160–1161. Nature Ecology & Evolution [online]. Springer Nature Limited, 2020-06-26 [cit. 2022-05-10]. Roč. 4, čís. 9, s. 1160–1161. Dostupné online. ISSN 2397-334X. DOI 10.1038/s41559-020-1244-0. (anglicky) 
  27. ↑ MCGRANE, Sadie. Scientists discover a brand new phylum of plants. Scimos [online]. 2020-12-14. Dostupné online. (anglicky) [nedostupný zdroj]
  28. ↑ JAMSHEER, Muhammed K.; GAZARA, Rajesh Kumar; JINDAL, Sunita; KUMAR, Manoj. Stepwise origin and evolution of a transcriptional activator and repressor system integrating nutrient signaling in plants. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 2022-04-15. Dostupné online. DOI 10.1101/2022.04.15.488190. (anglicky) 
  29. ↑ FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 2217–2222. Current Biology [online]. 9. prosinec 2010. Svazek 20, čís. 24, s. 2217–2222. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2010.11.035. PMID 21145743. (anglicky) 
  30. ↑ FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Erratum: Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants. S. 1456–1457. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. 1456–1457. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cub.2012.07.021. PMID 23050273. (anglicky) 
  31. ↑ MARIN, Birger. Nested in the Chlorellales or Independent Class? Phylogeny and Classification of the Pedinophyceae (Viridiplantae) Revealed by Molecular Phylogenetic Analyses of Complete Nuclear and Plastid-encoded rRNA Operons. S. 778–805. Protist [online]. 20. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 5, s. 778–805. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.11.004. PMID 22192529. (anglicky) 
  32. ↑ TURMEL, Monique; OTIS, Christian; LEMIEUX, Claude. Tracing the Evolution of Streptophyte Algae and their Mitochondrial Genome. S. 1–43. Genome Biology and Evolution [online]. 10. září 2013. S. 1–43. Online před tiskem. Dostupné online. PDF [17]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt135. PMID 24022472. (anglicky) 
  33. ↑ ZHONG, Bojian; Liang Liu; Zhen Yan, PENNY, David. Origin of land plants using the multispecies coalescent model. S. 492–495. Trends in Plant Science [online]. 24. květen 2013. Svazek 18, čís. 9, s. 492–495. Dostupné online. ISSN 1360-1385. DOI 10.1016/j.tplants.2013.04.009. PMID 23707196. (anglicky) 
  34. ↑ a b ZHONG, Bojian; Zhenxiang Xi; GOREMYKIN, Vadim V., FONG, Richard; McLENACHAN, Patricia A.; NOVIS, Philip M.; DAVIS, Charles C.; PENNY, David. Streptophyte Algae and the Origin of Land Plants Revisited Using Heterogeneous Models with Three New Algal Chloroplast Genomes. S. 177–183. Molecular Biology and Evolution [online]. 17. říjen 2013. Svazek 31, čís. 1, s. 177–183. Dostupné online. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/mst200. PMID 24136916. (anglicky) 
  35. ↑ a b RENSING, Stefan A. How Plants Conquered Land. S. 964–966. Cell [online]. Elsevier Inc., 2020-05-28 [cit. 2022-11-03]. Svazek 181, čís. 5, s. 964–966. Dostupné online. PDF [18]. ISSN 0092-8674. DOI 10.1016/j.cell.2020.05.011. (anglicky) 
  36. ↑ a b c LEMIEUX, Claude; OTIS, Christian; TURMEL, Monique. Chloroplast phylogenomic analysis resolves deep-level relationships within the green algal class Trebouxiophyceae. S. 1–15. BMC Evolutionary Biology [online]. 1. říjen 2014 [cit. 2014-10-21]. Svazek 14:211, s. 1–15. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2014-11-13. PDF [19]. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/s12862-014-0211-2. (anglicky) 
  37. ↑ Lemieux C, Otis C, Turmel M. A Clade uniting the green algae mesostigma viride and chlorokybus atmophyticus represents the deepest branch of the streptophyta in chloroplast genome-based phylogenies. BMC Biology. 2007, roč. 5, čís. 2. Dostupné online. DOI 10.1186/1741-7007-5-2. (anglicky) 
  38. ↑ PALMER, Jeffrey D.; SOLTIS, Douglas E.; CHASE, Mark W. The plant tree of life: an overview and some points of view. S. 1437–1445. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004 [cit. 2013-04-03]. Svazek 91, čís. 10, s. 1437–1445. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2012-10-23. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.91.10.1437. PMID 21652302. (anglicky) 
  39. ↑ WU, Chung-Shien; CHAW, Shu-Miaw; HUANG, Ya-Yi. Chloroplast Phylogenomics Indicates that Ginkgo biloba Is Sister to Cycads. S. 243–254. Genome Biology and Evolution [online]. 12. leden 2013. Svazek 5, čís. 1, s. 243–254. Dostupné online. PDF [20]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evt001. (anglicky) 
  40. ↑ HROUDA, Lubomír: Změny ve fylogenetické klasifikaci cévnatých rostlin. Dostupné online. BOTANY.cz, 21. srpen 2008
  41. ↑ Systematika vyšších rostlin. Stránka Katedry botaniky, Přírodovědecká fakulta Jihočeské Univerzity.
  42. ↑ ROTHFELS, Carl J.; LI, Fay-Wei; SIGE, Erin M.; HUIET, Layne; LARSSON, Anders; BURGE, Dylan O.; RUHSAM, Markus, DEYHOLOS, Michael; SOLTIS, Douglas E.; STEWART, C. Neal, Jr.; SHAW, Shane W.; POKORNY, Lisa; CHEN, Tao; DePAMPHILIS, Claude; DeGIRONIMO, Lisa; CHEN, Li; WEI, Xiaofeng; SUN, Xiao; KORA, Petra; STEVENSON, Dennis W.; GRAHAM, Sean W.; WONG, Gane K-S.; PRYER, Kathleen M. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes. S. 1089–1107. American Journal of Botany [online]. 16. červenec 2015 [cit. 2016-10-20]. Svazek 102, čís. 7, s. 1089–1107. Dostupné v archivu pořízeném dne 2016-06-05. ISSN 1537-2197. DOI 10.3732/ajb.1500089. (anglicky) 
  43. ↑ TESTO, Weston; SUNDUE, Michael. A 4000-species dataset provides new insight into the evolution of ferns. S. 200–211. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 9. září 2016. Svazek 105, s. 200–211. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.09.003. (anglicky) 
  44. ↑ LEEBENS-MACK, James H.; BARKER, Michael S.; CARPENTER, Eric J., et al. (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative). One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. S. 679–685. Nature [online]. Springer Nature Limited, 23. říjen 2019. Svazek 574, čís. 7780, s. 679–685. Dostupné online. Dostupné také na: [21]. Dále dostupné na: [22]. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-019-1693-2. PMID 31645766. (anglicky) 
  45. ↑ Setaphyta：A New Family Tree Given to Plants----Chinese Academy of Sciences. english.cas.cn [online]. [cit. 2020-09-03]. Dostupné online. 
  46. ↑ SCHNEIDER, Harald, et al. (The Pteridophyte Phylogeny Group). A community-derived classification for extant lycophytes and ferns. S. 563–603. Journal of Systematics and Evolution [online]. Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences & John Wiley & Sons, Inc., 7. listopad 2016 [cit. 2020-10-20]. Svazek 54, čís. 6, s. 563–603. Dostupné online. Dostupné také na: [23]. ISSN 1759-6831. DOI 10.1111/jse.12229. (anglicky) 
  47. ↑ COLE, Theodor C. H.; BACHELIER, Julien B.; HILGER, Hartmut H. Tracheophyte phylogeny poster - Vascular plants: systematics and characteristics. PeerJ Preprints [online]. 2019-02-21. Svazek 7: e2614v3. Dostupné online. Dostupné také na: [24]. DOI 10.7287/peerj.preprints.2614v3. (anglicky) 
  48. ↑ COLE, Theodor C. H.; HILGER, Hartmut H.; GOFFINET, Bernard. Bryophyte Phylogeny Poster (BPP). PeerJ Preprints [online]. 2019-05-24. Svazek 7: e27571v3. Dostupné online. Dostupné také na: [25]. DOI 10.7287/peerj.preprints.27571v3. (anglicky) 

Související články