PETáza

PETázy jsou enzymy, patřící mezi hydrolázy a podrobněji do esteráz, které katalyzují hydrolýzu polyethylentereftalátu (PET) na monomer v podobě kyseliny 2-hydroxyethyltereftalové (MHET). Souhrnná rovnice (kde n je počet monomerůpolymerovém řetězci), vypadá takto:[1]

(ethylentereftalát)n + H2O → (ethylentereftalát)n-1 + MHET

Malá množství PET se rozkládají na bis(2-hydroxyethyl)tereftalát (BHET)

PETázy mohou také štěpit PEF (polyethylen-2,5-furandikarboxylát), který je biologicky odvoditelný od PET, na obdobný mono-2-hydroxyethylfuranoát (MHEF). PETázy nekatalyzují hydrolýzy alifatických polyesterů, jako jsou polybutylensukcinát a kyselina polymléčná.[2]

Neenzymatický přirozený rozklad PET může trvat stovky let, ale PETázy jej rozloží za několik dnů.[3]

Historie

První PETáza byla objevena v roce 2016 u kmenu 201-F6 bakterie Ideonella sakaiensis získaného v Japonsku z kalů nedaleko místa, kde byly recyklovány PET lahve.[1][4] Následně byly nalezeny další hydrolázy rozkládající PET,[2] patřící do několika skupin, například mezi lipázy, esterázy a kutinázy.[5] Objevy enzymů rozkládajících polyestery byly učiněny již v letech 1975 (šlo o α-chymotrypsin)[6] a 1977 (v tomto případě se jednalo o lipázu).[7]

PET se začal ve větším rozsahu používat v 70. letech 20. století, PETázy u bakterií byly ale objeveny mnohem později.[2] PETázy mohou mít souvislost s rozkládáním voskovitých vrstev na rostlinách.[8]

Struktura

K dubnu 2019 bylo popsáno 17 trojrozměrných krystalových struktur PETáz: 6QGC, 6ILX, 6ILW, 5YFE, 6EQD, 6EQE, 6EQF, 6EQG, 6EQH, 6ANE, 5XJH, 5YNS, 5XFY, 5XFZ, 5XG0, 5XH2 a 5XH3.

PETázy mají podobné vlastnosti jako lipázy a kutinázy, stejně jako ony patří mezi α/β-hydrolázy; jejich aktivní místa jsou ale otevřenější než u kutináz.[2] PETáza bakterie Ideonella sakaiensis se podle databáze Pfam podobá dienlaktonhydroláze, podle ESTHER patří do skupiny polyesteráz-lipáz-kutináz.

Je známo 69 PETázových enzymů, vyskytujících se u různých skupin organismů; tyto enzymy lze rozdělit do dvou skupin, na typy I a II. K typu I se řadí 57 enzymů a zbylých 12, včetně PETázy u Ideonella sakaiensis, patří do typu II. Všechny popsané PETázy mají v aktivní oblasti stejnou trojici aminokyselin, což naznačuje, že katalytický mechanismus je u všech stejný.[9]

Mutace

V roce 2018 byla objevena mutace původní PETázy, která rozkládá PET výrazně rychleji; ve stejné studii bylo také zjištěno, že PETázy mohou štěpit polyethylen-furan-2,5-dikarboxylát (PEF).[2][10]

Další rozklad u I. sakaiensis

Reakce PETázy a MHETázy[11]

U I. sakaiensis je vzniklý MHET působením MHETázy dále rozkládán na kyselinu tereftalovou a ethylenglykol.[1][12]

Uměle vytvořené proteiny, které spojují MHETázu a PETázu, mají vyšší účinnost než podobné směsi volných enzymů.[13]

Reference

V tomto článku byl použit překlad textu z článku PETase na anglické Wikipedii.

  1. a b c S. Yoshida, K. Hiraga, T. Takehana, I. Taniguchi, H. Yamaji, Y. Maeda, K, Toyohara, K. Miyamoto, Y. Kimura, K. Oda. A bacterium that degrades and assimilates poly(ethylene terephthalate). Science. 2016, s. 1196–1199. DOI 10.1126/science.aad6359. PMID 26965627. 
  2. a b c d e H. P. Austin, M. D. Allen, B. S. Donohoe, N. A. Rorrer, F. L. Kearns, R. L. Silveira, B. C. Pollard, G. Dominick, R. Duman, K. El Omari, V. Mykhaylyk, A. Wagner, W. E. Michener, A. Amore, M. S. Skaf, M. F. Crowley, A. W. Thorne, C. W. Johnson, H. L. Woodcock, J. E. McGeehan, G. T. Beckham. Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2018, s. E4350–E4357. DOI 10.1073/pnas.1718804115. PMID 29666242. 
  3. Peter Dockrill. Scientists Have Accidentally Created a Mutant Enzyme That Eats Plastic Waste. [s.l.]: ScienceAlert Dostupné online. 
  4. S. Tanasupawat; T. Takehana; S. Yoshida; K. Hiraga; K. Oda. Ideonella sakaiensis sp. nov., isolated from a microbial consortium that degrades poly(ethylene terephthalate). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2016, s. 2813–2818. DOI 10.1099/ijsem.0.001058. PMID 27045688. 
  5. X. Han, W. Liu, J. W. Huang, J. Ma, Y. Zheng, T. P. Ko, L. Xu, Y. S. Cheng, C. C. Chen, R. T. Guo. Structural insight into catalytic mechanism of PET hydrolase. Nature Communications. 2017, s. 2106. DOI 10.1038/s41467-017-02255-z. PMID 29235460. 
  6. Iwao Tabushi; Hidenori Yamada; Hidetaka Matsuzaki; Junji Furukawa. Polyester readily hydrolyzable by chymotrypsin. Journal of Polymer Science: Polymer Letters Edition. 1975, s. 447–450. DOI 10.1002/pol.1975.130130801. 
  7. Y. Tokiwa; T. Suzuki. Hydrolysis of polyesters by lipases. Nature. 1975, s. 76–78. DOI 10.1038/270076a0. PMID 927523. 
  8. Lab 'Accident' Becomes Mutant Enzyme That Devours Plastic. [s.l.]: Live Science Dostupné online. 
  9. a b S. Joo, I. J. Cho, H. Seo, H. F. Son, H. Y. Sagong, T. J. Shin, S. Y. Choi, S. Y. Lee, K. J. Kim. Structural insight into molecular mechanism of poly(ethylene terephthalate) degradation. Nature Communications. 2018, s. 382. DOI 10.1038/s41467-018-02881-1. PMID 29374183. 
  10. Damian Carrington. New super-enzyme eats plastic bottles six times faster. [s.l.]: The Guardian Dostupné online. 
  11. Allison Chan. The Future of Bacteria Cleaning Our Plastic Waste [online]. 2016. Dostupné online. 
  12. Discovery of a Bacterium that Degrades and Assimilates Poly(ethylene terephthalate) could Serve as a Degradation and/or Fermentation Platform for Biological Recycling of PET Waste Products. [s.l.]: [s.n.], 2016-03-30. Dostupné online. 
  13. B. C. Knott, E. Erickson, M. D. Allen, J. E. Gado, R. Graham, F. L. Kearns, I. Pardo, E. Topuzlu, J. J. Anderson, H. P. Austin, G. Dominick, C. W. Johnson, N. A. Rorrer, C. J. Szostkiewicz, V. Copié, C. M. Payne, H. L. Woodcock, B. S. Donohoe, G. T. Beckham, J. E. McGeehan. Characterization and engineering of a two-enzyme system for plastics depolymerization. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2020, s. 25476–25485. DOI 10.1073/pnas.2006753117. PMID 32989159. 

Média použitá na této stránce

PETase 5XH3 with HEMT-surface.png
Autor: Keministi, Licence: CC0
1.3 Å crystal structure of a PETase R103G/S131A mutant enzyme in complex with HEMT from Ideonella sakaiensis strain 201-F6. Released: 2017-12-20. PDBID: 5XH3.

Surface of the PETase with HEMT (1-(2-hydroxyethyl) 4-methyl terephthalate) bound to its catalytic center.

Organism(s): Ideonella sakaiensis (strain 201-F6) Expression System: Escherichia coli BL21(DE3)

This picture is made with PyMOL version 2.0.4 and is based on the following study:

Han, Xu; Liu, Weidong; Huang, Jian-Wen; Ma, Jiantao; Zheng, Yingying; Ko, Tzu-Ping; Xu, Limin; Cheng, Ya-Shan; Chen, Chun-Chi (2017-12-13). "Structural insight into catalytic mechanism of PET hydrolase". Nature Communications. 8. doi:10.1038/s41467-017-02255-z. ISSN 2041-1723. PMC 5727383. PMID 29235460.
Plastic Breakdown by PETase.png
Autor: Meganlilyanderson, Licence: CC BY-SA 4.0
Plastic breakdown by PETase
PETase active site.png
Autor: Meganlilyanderson, Licence: CC BY-SA 4.0
Ribbon diagram of PETase with three residues Ser160, Asp206, and His237. The catalytic triad is represented by cyan-colored sticks. The active site is shown in orange to represent stimulation by a 2-HE(MHET)4 molecule.