Pandoravirus

Jak číst taxoboxPandoravirus
alternativní popis obrázku chybí
Pandoravirus salinus pod elektronovým mikroskopem
Baltimorova klasifikace virů
SkupinaI (dsDNA viry)
Vědecká klasifikace
RealmVaridnaviria
ŘíšeBamfordvirae
KmenNucleocytoviricota
TřídaMegaviricetes
ŘádAlgavirales
ČeleďPandoraviridae (návrh)
RodPandoravirus
druhy
  • Pandoravirus dulcis
  • Pandoravirus salinus
Některá data mohou pocházet z datové položky.

Pandoravirus je rod virů s dvouvláknovou DNA, výjimečných svým tvarem, velkými rozměry i velikostí a strukturou genomu. V r. 2013 byly objeveny 2 druhy, pro oba jsou hostitelem měňavky.

Objev

Pandoraviry objevil výzkumný tým, vedený Chantal Abergelovou a Jeanem-Michelem Claveriem z Laboratoře strukturní a genomové informace francouzského národního výzkumného centra CNRS. Objev byl publikován v r. 2013.[1] Claverie tak navázal na svůj předchozí objev mimiviru a využil i obdobnou metodu. Odebrané vzorky sedimentů ze dna vystavil působení antibiotik, aby zahubil obsažené bakterie. Vzorky poté aplikoval k laboratorním měňavkám a zjišťoval, zda nehynou. Měňavky zahubené replikujícími se viry poskytly velké množství pandoravirů pro podrobnou analýzu.

Popis

Pandoraviry mají na viry mimořádně velké rozměry – jejich velikost je přibližně 1 mikrometr, takže je možné je spatřit pouhým optickým mikroskopem. Neobvyklý je i kapkovitý tvar, připomínající spíše bakterie. Mají také nebývale velký genom.[1][2][3]

Dosud (2013) byly popsány 2 druhy:[1][2][3]

  • Pandoravirus dulcis byl objeven v kalech odebraných ze dna sladkovodního jezera v Austrálii. Jeho genom tvoří 1,9 milionu párů bází s 1 502 proteinovými geny.
  • Pandoravirus salinus byl objeven v mořském sedimentu v ústí řeky Tunquen na tichomořském pobřeží Chile. Má v genomu 2,47 milionu párů bází a 2 556 proteinových genů a je tak stávajícím rekordmanem mezi známými viry. Předchozího držitele rekordu, Megavirus chilensis s genomem obsahujícím 1,26 milionu párů bází[4][5], tak překonal téměř dvojnásobně. Nejen to, překonal mnohonásobně i genomy některých bakterií[pozn. 1] a přiblížil se velikosti genomu parazitických eukaryot.[pozn. 2]

Zařazení

Pandoraviry patří k virům s dvouvláknovou DNA, tedy do skupiny (třídy) I. Baltimorovy klasifikace. V systému Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) pro ně byla navržena nová čeleď Pandoraviridae (dosud nebyla uznána ICTV). Genetické analýzy ukazují, že se však může jednat o hodně odvozené druhy zavedené čeledi Phycodnaviridae.[8]

Rod Pandoravirus patří stejně jako např. Mimivirus či Megavirus do skupiny tzv. jaderně-cytoplazmatických virů s velkou DNA, označované NCLDV (z anglického nucleocytoplasmic large DNA viruses). Ta je někdy považována za novou, čtvrtou doménu živých organismů.[9][10][11] Právě neobvyklý tvar a velký genom pandoravirů opět oživil tuto hypotézu,[12] dosud přijímanou skepticky.[13][14] Navíc bylo zjištěno, že celých 93% genů u pandoravirů je dosud neznámých a velká odlišnost od dříve známých NCLDV nabízí hypotézu, že takových domén by mohlo být více.[15]

Poznámky

  1. ↑ Dosud nejmenší známý genom bakterie byl zjištěn u druhu Nasuia deltocephalinicola - tvoří ho 112 091 párů bází.[6]
  2. ↑ Např. parazitická mikrosporidie Encephalitozoon intestinalis má genom redukovaný na pouhých 2,3 milionů párů bází.[7]

Reference

  1. ↑ a b c PHILIPPE, Nadège, et al. Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes. S. 281–286. Science [online]. 19. červenec 2013. Svazek 341, čís. 6143, s. 281–286. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1239181. (anglicky) 
  2. ↑ a b Huge viruses may open 'Pandora's' box: French study (popularizační článek k předchozí referenci). PhysOrg, 18. červenec 2013. Dostupné online. (anglicky)
  3. ↑ a b MIHULKA, Stanislav: Mimiviry jsou out, teď vládnou pandoraviry! O.S.E.L., 20. červenec 2013. Dostupné online
  4. ↑ ARSLAN,, Defne; LEGENDRE, Matthieu; SELTZER, Virginie, ABERGE Chantal, CLAVERIE Jean-Michel. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. S. 17 486 – 17 491. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 10. říjen 2011. Svazek 108, čís. 42, s. 17 486 – 17 491. Dostupné online. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1110889108. (anglicky) 
  5. ↑ Mega beats Mimi for world's biggest virus (popularizační článek k předchozí referenci). PhysOrg, 10. říjen 2011. Dostupné online. (anglicky)
  6. ↑ BENNETT, GM.; MORAN, NA. Small, smaller, smallest: the origins and evolution of ancient dual symbioses in a Phloem-feeding insect.. Genome Biol Evol. 2013, roč. 5, čís. 9, s. 1675-88. Dostupné online. DOI 10.1093/gbe/evt118. PMID 23918810. 
  7. ↑ CORRADI, Nicolas; POMBERT, Jean-François; FARINELLI, Laurent, DIDIER, Elizabeth S.; KEELING, Patrick J. The complete sequence of the smallest known nuclear genome from the microsporidian Encephalitozoon intestinalis.. S. 1–7. Nature Communications [online]. 21. září 2010. Svazek 1, čís. 77, s. 1–7. Dostupné online. pdf [1]. ISSN 2041-1723. DOI 10.1038/ncomms1082. PMID 20865802. (anglicky) 
  8. ↑ YUTIN, Natalya; KOONIN, Eugene V. Pandoraviruses are highly derived phycodnaviruses. S. 1–8. Biology Direct [online]. 23. říjen 2013. Svazek 8, čís. 25, s. 1–8. Dostupné online. PDF [2]. DOI 10.1186/1745-6150-8-25. (anglicky) 
  9. ↑ BOYER, Mickaël; MADOUI, Mohammed-Amine; GIMENEZ, Gregory, Bernard La Scola, Didier Raoult. Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses. E15530. PLoS One [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2011-05-03]. Svazek 5, čís. 12. Dostupné online. PDF [3]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0015530. (anglicky) 
  10. ↑ COLSON, Philippe; GIMENEZ, Gregory; BOYER, Mickaël, Ghislain Fournous, Didier Raoult. The Giant Cafeteria roenbergensis Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life. E18935. PLoS One [online]. 29. duben 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 4. Dostupné online. PDF [4]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0018935. (anglicky) 
  11. ↑ LHOTSKÝ, Josef. Úvod do studia symbiotických interakcí mikroorganismů. Nový pohled na viry a bakterie.. Praha: Academia, 2015. 208 s. ISBN 978-80-200-2480-0. S. 48–51. 
  12. ↑ BRUMFIEL, Geoff: World's Biggest Virus May Have Ancient Roots. NPR.org, 18. červenec 2013. Dostupné online. (anglicky)
  13. ↑ HIGHFIELD Roger. Bizarre New Organism May Be 'Fourth Domain Of Life'. Rense.com, 15. duben 2010. Dostupné online (anglicky)
  14. ↑ WILLIAMS, Tom A.; EMBLEY, T. Martin; HEINZ, Eva. Informational Gene Phylogenies Do Not Support a Fourth Domain of Life for Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses. S. 1–11, e21080. PLoS ONE [online]. 16. červen 2011. Svazek 6, čís. 6, s. 1–11. Dostupné online. PDF [5]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0021080. (anglicky) 
  15. ↑ VILČEK, Štefan. Vedci objavili ďalší megavírus. S. 539. Vesmír [online]. 3. říjen 2013. Svazek 92, čís. 2013/10, s. 539. (pro předplatitele). Dostupné online. PDF [6]. ISSN 1214-4029. (slovensky) 

Média použitá na této stránce

Information-silk.svg
Autor: , Licence: CC BY 2.5
A tiny blue 'i' information icon converted from the Silk icon set at famfamfam.com
Pandoravirus salinus 298x300.png
Autor: Provided by Vincent Racaniello, Licence: CC BY-SA 4.0
Pandoravirus salinus observed by electron microscopy