Pocházel z velmi chudých poměrů. Byl nemanželským synem Viktorie Křížkovské a pokřtěn byl jako Karel. V dětství vyrůstal u svých strýců Jakuba a Jana v Neplachovicích. Jeho talentu si všimli ředitel místního kůru A. Urbánek a učitel Jiří Janáček, otec hudebního skladatele Leoše Janáčka. Pomohli mu, aby byl v roce 1832 přijat jako zpěvák kostela sv. Ducha v Opavě[zdroj?] a mohl tak navštěvovat lepší školu a posléze i opavské gymnázium. Zapsal se sice po maturitě ke studiu na Filosofické fakultě olomoucké univerzity, ale dlouho pro nedostatek finančních prostředků studovat nemohl. Na čas přijal místo učitele češtiny na škole v Jamnici, aby získal prostředky na další studium. Pokračoval pak ve studiu filosofie a hudební teorie.
Křížkovského památník v Brně
Neutěšené podmínky, ve kterých vyrůstal, způsobily, že trvale trpěl pocitem osamění, nedůvěrou ve vlastní schopnosti, nespavostí a duševními krizemi. Možná, že i to přispělo k rozhodnutí, že roku 1845 vstoupil do augustiniánského kláštera v Brně, vykonal řeholní slib a přijal řeholní jméno Pavel. Vysvěcen na kněze byl v roce 1848.
Stal se ředitelem klášterního kůru; pod jeho řízením zpíval i mladý Leoš Janáček. Byl kaplanem v Lískovci a učitelem náboženství na brněnské škole v Bělidlech. Ačkoliv byl kromě studia hudební teorie v hudbě prakticky samouk, stal se virtuosem ve hře na varhany a skvěle hrál na i klarinet a klavír. Dirigoval koncerty v brněnské Redutě, hrál na violu ve smyčcovém kvartetu, založil Mužský pěvecký sbor v Brně a Besedu brněnskou. V obou tělesech působil i jako sbormistr a dirigent.
Seznámil se s jedním z nejpilnějších sběratelů českých národních písní Františkem Sušilem. Toto setkání mělo pro českou hudbu velký význam. Sdílel s ním jeho nadšení pro lidovou tvorbu, která se mu stala velkým zdrojem inspirace. Nejprve jen harmonizoval Sušilovy zápisy, později začal sám komponovat v duchu moravských národních písní. Tak vznikla jeho díla pro pěvecký sbor Utonulá, Dar za lásku, Dívče a mnohé další. Na pozvání Bedřicha Smetany byla Utonulá, za osobního řízení Křížkovského, provedena s velkým úspěchem na koncertě v Praze 1 roku 1861. Též spolupracoval s významným vlasteneckým knězem Janem Soukopem, jemuž zhudebnil některé texty.
Jeho životním úspěchem se stala kantáta komponovaná k Velehradským slavnostem v roce 1863, konaným na počest milénia příchodu slovanských věrozvěstů Cyrila a Metoděje na Moravu. Vedle náboženského obsahu se do díla promítly i vlastenecké myšlenky národního obrození. Kantátu přednesl sbor 940 zpěváků a zpěvaček a dvacet tisíc posluchačů uspořádalo skladateli nadšené ovace.
Všechna tato aktivita však nebyla nijak doceněna nebo spíše naopak byla vyhodnocena jako církvi nepřátelská. Německé církevní kruhy v Brně jeho úspěchu vysloveně nepřály. Vrcholu bylo dosaženo, když jej Prozatímní divadlo vyzvalo ke kompozici opery. Brněnský biskup hrabě Antonín Arnošt Schaffgotsche zakázal Křížkovskému jakékoliv skladatelské aktivity s výjimkou komponování církevních skladeb. Podřídil se. Napsal Rekviem, dvojí Te Deum a přesto byl v roce 1872 prakticky odsunut do Olomouce na místo kapelníka olomouckého dómu. I zde však našel sílu a čas a spolupracoval při založení pěvecko-hudebního spolu Žerotín.
Základní umělecká škola Pavla Křížkovského v Brně;
ulice Pavla Křížkovského v Mokrých Lazcích a v Trutnově;
ulice Křížkovského v Berouně, Brně, Břeclavi, Frýdku-Místku, Hradci Králové, Hranicích, Klimkovicích, Kroměříži, Kuřimi, Liberci, Lipníku nad Bečvou, Olomouci, Ostravě, Praze, Prostějově, Šternberku, Teplicích, Třebíči, Třešťi, ve Valašském Meziříčí, Varnsdorfu, Velké Bystřici a v Zábřehu;
Flags of Austria-Hungary.png Autor:Dragovit (of the collage),
Licence:CC BY-SA 4.0 Both national flags of Austro-Hungary, the collage of flags of the Cisleithania (Habsburg Monarchy) and the Transleithania (Kingdom of Hungary)
Rakouské císařství
Rakousko-Uhersko
multimediální obsah na Commons
Obrázky, zvuky či videa k tématu Pavel Křížkovský na Wikimedia Commons 
Autor Pavel Křížkovský ve Wikizdrojích
Osoba Pavel Křížkovský ve Wikicitátech
↑ Civil flag or Landesfarben of the Habsburg monarchy (1700-1806)
↑ Merchant ensign of the Habsburg monarchy (from 1730 to 1750)
↑ Flag of the Austrian Empire (1804-1867)