Pentapeptidy se dělí na lineární pentapeptidy (obsahují čtyři peptidové vazby) a cyklické pentapeptidy (cyklizace založena na páté peptidové vazbě nebo jiné intramolekulární kovalentní vazbě).
Příklady
Pentapeptid pentagastrin složený z aminokyselin β-Ala-Trp-Met-Asp-Phe. Červeně označena skupina BOC - N-konec.Pentagastrin se klinicky používá pro diagnostiku žaludeční sekrece.
Enterostatin se nachází ve střevě a podílí se na pocitu sytosti.