TRIM (protein)

TRIM21

TRIM (tripartite motif-containing family) je proteinová rodina v tělech živočichů,[1][2] která na N-konci obsahuje typický TRIM motif. V buňce mají široké spektrum různých fyziologických funkcí, jsou to mj. ubiquitin ligázy. Vyskytují se v cytoplazmě nebo v jádře buněk.[3]

Struktura

Typický TRIM motif je složený z:[2]

  1. RING finger domény;
  2. jednoho nebo dvou B-box zinkových prstů;
    když je přítomen jen jeden B-box, je to vždy B-box 2. typu
    když jdou přítomny dva B-boxy, B-box 1. typu vždy předchází B-box 2. typu
  3. coiled-coil oblasti.

Na C-konci TRIM proteinů se nachází:

(a) u TRIM proteinů skupiny 1: jedna z následujících domén: NHL a IGFLMN doména, PHD finger, MATH doména, ARF doména, EXOIII doména
(b) u TRIM proteinů skupiny 2: SPRY C-terminální doména

Funkce

V lidském genomu se nachází kolem 60 TRIM proteinů.[1] Enzymaticky jsou to (díky své RING finger doméně) tzv. RING-finger ubiquitin ligázy; díky tomu mohou regulovat široké spektrum buněčných procesů.[4][5] Podobají se tím TRAF proteinům, které mají stejnou enzymatickou funkci a podobnou strukturu.[6] Mnohé TRIM proteiny jsou indukovány interferony a umožňují časnou (neadaptivní) odpověď na virovou infekci (tzv. pattern recognition).[1][7] Jisté TRIM proteiny se podílí na regulaci transkripce v jádře – díky vazbě na transkripční faktory.[8] Některé, jako PML (TRIM19), jsou díky tomu i důležitými regulátory buněčné proliferace a diferenciace a hrají tak důležitou roli i v rakovinném bujení.[9] Jiné se účastní regulace důležitých kroků embryonálního vývoje.[4]

Reference

  1. ↑ a b c OZATO, K.; SHIN, D. M.; CHANG, T. H., et al. TRIM family proteins and their emerging roles in innate immunity. Nat Rev Immunol.. 2008, roč. 8, čís. 11, s. 849–60. Dostupné online. ISSN 1474-1741. 
  2. ↑ a b Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L, Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci S, Pelicci PG, Ballabio A. The tripartite motif family identifies cell compartments. EMBO J.. May 2001, s. 2140–51. DOI 10.1093/emboj/20.9.2140. PMID 11331580. (anglicky) 
  3. ↑ BATTY, E. C.; JENSEN, K.; FREEMONT, P. S. PML nuclear bodies and other TRIM-defined subcellular compartments. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 39–58. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 
  4. ↑ a b PETRERA, F.; MERONI, G. TRIM proteins in development. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 131–41. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 
  5. ↑ IKEDA, K.; INOUE, S. TRIM proteins as RING finger E3 ubiquitin ligases. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 27–37. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 
  6. ↑ FLETCHER, A. J.; TOWERS, G. J. Inhibition of retroviral replication by members of the TRIM protein family. Curr Top Microbiol Immunol.. 2013, roč. 371, s. 29–66. Dostupné online. ISSN 0070-217X. 
  7. ↑ YAP, M. W.; STOYE, J. P. TRIM proteins and the innate immune response to viruses. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 93–104. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 
  8. ↑ CAMMAS, F.; KHETCHOUMIAN, K.; CHAMBON, P., et al. TRIM involvement in transcriptional regulation. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 59–76. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 
  9. ↑ CAMBIAGHI, V.; GIULIANI, V.; LOMBARDI, S., et al. TRIM proteins in cancer. Adv Exp Med Biol.. 2012, roč. 770, s. 77–91. Dostupné online. ISSN 0065-2598. 

Média použitá na této stránce

Protein TRIM21 PDB 2iwg.png
Autor: Emw, Licence: CC BY-SA 3.0
Structure of the TRIM21 protein. Based on PyMOL rendering of PDB 2iwg.