Tradeoffs between experimental questions and complexity of microbiome systems
Each microbiome system is suited to address different types of questions based on the culturability of microbes, genetic tractability of microbes and host (where relevant), ability to maintain system in laboratory setting, and ability to make host/environment germfree. Three different systems are shown in this figure as examples. (A) Pairwise interactions between B. subtilis and Streptomyces spp. are well-suited for characterizing the functions of secondary metabolites in microbial interactions. (B) The symbiosis between bobtail squid and A. fischeri is fundamental to understanding host and microbial factors that influence colonization. (C) The use of gnotobiotic mice is crucial for making links between host diet and the effects on specific microbial taxa in a community
Relevantní obrázky
Relevantní články
MikrobiomMikrobiom (původně μικρός a βίος je organizované společenství mikroorganismů kolonizující jakýkoliv prostor. Přesněji ji definovali v roce 1988 Whipps et al. jako „mikrobiální společenství zabírající definované stanoviště, které má odlišné fyzikálně-chemické vlastnosti." Termín tedy odkazuje nejen na mikroorganismy přítomné v prostředí, ale také zahrnuje jejich prostředí. V roce 2020 zveřejnil mezinárodní panel odborníků výsledek svých diskusí o definici mikrobiomu. Navrhli definici mikrobiomu založenou na novém uvedení „kompaktního, jasného a komplexního popisu termínu“ původně uvedeného Whipps et al., avšak doplněné o dva hlouběji vysvětlující odstavce. První vysvětlující odstavec se věnuje popisu dynamického charakter mikrobiomu a druhý vysvětlující odstavec jasně odděluje pojem mikrobiota od pojmu mikrobiom. .. pokračovat ve čtení